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标题: PLUMED的MPI安装求助 [打印本页]

作者
Author: sun666 时间: 2021-7-25 19:36
标题: PLUMED的MPI安装求助
本帖最后由 sun666 于 2021-7-26 00:47 编辑

在超算上安装了MPI版本的PLUMED2.6.3和MPI版的gromacs2018.8
安装MPI版本的PLUMED2.6.3过程如下

tar zxvf plumed-2.6.3.tgz

cd plumed-2.6.3

./configure --prefix=/public1/home/sc61049/plumed-2.6.3 --enable-mpi --disable-almost --enable-matheval

make

make install

plumed help 输出正常

plumed --has-mpi && echo ok 输出OK

感觉plumed的MPI版本已经安装好了。

gmx安装进行了plumed patch -p

输入 gmx_mpi mdrun -plumed 显示正常（我认为，截图如图一）

但是在模拟时命令：

mpirun -np 64 gmx_mpi mdrun -deffnm npt 可以运行

mpirun -np 64 gmx_mpi mdrun -deffnm npt -plumed plumed.dat 报错“mpirun noticed that process rank 36 with PID 126865 on node da0607 exited on signal 11 (Segmentation fault).”输出的文件见附件

gmx可以用但是加速plumed就不行了，应该是plumed的问题，但是plumed --has-mpi && echo ok 又输出了OK 不知道是哪里的问题

求大佬帮助

作者
Author: Exodus 时间: 2023-10-25 10:53
我也遇到了一样的问题，plumed-2.9.0和相应的MD engine都是MPI编译的，但是-plumed只能在单核状态下运行，使用mpirun就会出现段错误，也不知道什么原因

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2023-10-25 12:06
您的当前目录里有topol.tpr文件吗？

您的slurm的输出文件里面有一句“Please consider rebuilding gmx mdrun with the GMX_USE_RDTSCP=ON CMake option.”

我一般只有在跑Hamiltonian replica exchange时才用有MPI的plumed。一般的超算上会有多个MPI，比如openmpi的不同版本、mpich的不同版本。我曾经试过用不同的MPI的module来编译有MPI的plumed。

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