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标题: 求助Multiwfn和Gromacs计算的分子间弱相互作用力相差较大 [打印本页]

作者
Author: Ymw2021 时间: 2021-7-26 15:58
标题: 求助Multiwfn和Gromacs计算的分子间弱相互作用力相差较大
我用Multiwfn和Gromacs计算了同一构型两个分子之间的弱相互作用，计算结果如下图所示。
计算方法：Gromacs gmx energy 计算了50帧动力学的能量，coulombtype = cut-off，rcoulomb = 1.4。将第一帧构型另存为pdb文件，导入到Multiwfn里面计算（分子的电荷采用拟合静电势电荷）。比较gromacs第一帧和multiwfn两者计算得到的结果差异较大。
如果repulsion+dispersion 可以看做是vdW能量，和gromacs计算的LJ(SR)相差不大。但是Electrostatic和Coulomb (SR)之间相差就太大了（即使没有采用拟合静电势电荷而采用gromacs里面的电荷，结果还是一样差异较大）。请问原因是什么？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-27 00:33
要对比，必须用的原子电荷一致。

gmx里库仑作用只截断到1.4 nm，明显可能会有很大误差，要对比的话应当设到无穷大（如果你的模拟没用PBC）

我不知道你给出的gmx里的能量是所有帧平均还是只是第一帧的，如果是前者，和Multiwfn给的没有可比性

还要说清楚力场。弄清楚到底gromacs里当前用的力场和Multiwfn的EDA-FF能量分解功能当前选的力场，以及指认的原子类型是否一致

亦有可能你在Multiwfn里使用不当，或者gmx energy数据读取不当，需要仔细检查

作者
Author: Ymw2021 时间: 2021-7-29 14:01

sobereva 发表于 2021-7-27 00:33
要对比，必须用的原子电荷一致。

gmx里库仑作用只截断到1.4 nm，明显可能会有很大误差，要对比的话应当 ...

谢谢sob老师，问题已解决。是gromacs计算Coulomb（SR）的算法问题。

作者
Author: nianbin 时间: 2023-4-17 21:48
Multiwfn中这个数据怎么获得的呀

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