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标题: 计算振动分辨荧光光谱出错 [打印本页]

作者
Author: qidong8 时间: 2021-7-26 21:11
标题: 计算振动分辨荧光光谱出错
本帖最后由 qidong8 于 2021-7-26 21:18 编辑

最近根据sob老师的方法计算5个分子的振动分辨荧光光谱（使用PBE0/6-31G**)，其中两个分子得到优化的基态和激发态后，在计算产生光谱这一步总产生一些错误，想请教一下各位老师。
以下是输入文件：

%Oldchk=M0470_S0.chk
%nproc=8
%mem=17GB
#p Geom=Check Freq=(ReadFC,ReadNM,emission,ReadFCHT)

M0460

0 1

PrtInt=0.01
Spectrum=(Lower=-6000,Upper=+24000,HWHM=250.)
RedDim=(BlockThresh=.6)

M0470_S1.chk

按这个输入，其他3个分子都没问题，但有两个分子出错（136和140原子），报错如下

-- To: combinations of  2 simultaneously excited modes --
Spectrum progression: 90.79%

-- To: combinations of  3 simultaneously excited modes --
Out-of-memory error in routine OPFCCx (IEnd=************** MxCore= 2276326619)
Use %mem=************MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.
Error termination via Lnk1e in /software/g16/l718.exe at Fri Jul 23 10:34:14 2021.
Job cpu time:    0 days  0 hours  1 minutes 11.9 seconds.
Elapsed time:    0 days  0 hours  0 minutes  9.1 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    22 Int=    0 D2E=    0 Chk= 175 Scr=    1

最初查到时应该是内存不够导致的，于是加大了内存，加大到8核100GB都出现这样错误。另外slurm记录错误如下

Starting G16 run at Fri Jul 23 14:56:12 CST 2021
Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx ffffffffffffffff
rdx 0000000000010ea7, rsp 00007fff8c97db28, rbp 00007fff8c97e0a0
rsi 000000000000000b, rdi 0000000000010ea7, r8  0000000000000020
r9  00007fff8c97d240, r10 00007fff8c97cf20, r11 0000000000000206
r12 00007fff8c97e0e8, r13 0000000000000000, r14 0000000000000000
r15 00000000000003e6
  /lib64/libpthread.so.0(+0xf6d0) [0x2abda67426d0]
  /lib64/libc.so.6(kill+0x7) [0x2abda6c87547]
  /software/g16/l718.exe() [0x490e30]
  /software/g16/l718.exe() [0x4a69c1]
  /software/g16/l718.exe() [0x4bb961]
  /software/g16/l718.exe() [0x4e25bf]
  /software/g16/l718.exe() [0x44893f]
  /software/g16/l718.exe() [0x447420]
  /software/g16/l718.exe() [0x425169]
  /software/g16/l718.exe() [0x40f9d3]
  /software/g16/l718.exe() [0x4038e7]
  /software/g16/l718.exe() [0x40381d]
  /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf5) [0x2abda6c73445]
  /software/g16/l718.exe(sched_setaffinity+0xa1) [0x403729]

real       0m9.316s
user       1m8.628s
sys       0m4.509s
Finished G16 run at Fri Jul 23 14:56:21 CST 2021

无奈之下增加到一个节点（56核360GB内存），此时就处于薛定谔态了，有时跟上面错误一样，有时slurm记录不报错，但输出文件末尾只有一部分（如下），有时slurm报错但输出文件也只有这一部分

-- To: vibronic fundamental state --
Spectrum progression: 37.37%

-- To: single overtones --
Spectrum progression: 73.00%

-- To: combinations of 2 simultaneously excited modes --
Spectrum progression: 90.79%

-- To: combinations of 3 simultaneously excited modes --

而且这计算时间也飘忽不定（输出文件大小都一样），有时不到1分钟，有时20多分钟。另
也用别的机器算过，因为只有16核64gb内存，也同样报这个错误。
所以想请教一下各位老师，这究竟是什么问题导致的这个错误呢，真的是内存还不够大吗？

作者
Author: qidong8 时间: 2021-7-26 21:23
重新试了一下，推测计算时间可能因为设置的内存占机器内存比过高导致的，设为360GB，380GB就会慢很多（总384GB），设340GB（占比不超过0.9），就很快报错结束了

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-26 21:30
你的分子有多大？

作者
Author: qidong8 时间: 2021-7-26 21:44

wzkchem5 发表于 2021-7-26 21:30
你的分子有多大？

这5分子都基本碳氢（1：1），有一两个N，两个报错的分子136和140个原子，其余3个在100左右

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-26 22:22
本帖最后由 wzkchem5 于 2021-7-26 15:24 编辑

qidong8 发表于 2021-7-26 14:44
这5分子都基本碳氢（1：1），有一两个N，两个报错的分子136和140个原子，其余3个在100左右

这个大小的分子估计跑起来确实有点太吃力了。而且这个大小的分子，构象平均效应比较显著，用单个构象做计算可能也描述不好，可能需要基于动力学的方法。基于动力学的方法没有内存问题，但是耗时就大得刹不住车了，这个也很难办

作者
Author: qidong8 时间: 2021-7-26 23:52
但是基态和激发态的结构优化耗时最久（2-3天），都算出来，最后一步就卡在这里。。。。总感觉是不是Gaussian出了问题。。。。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-27 00:19
这么大体系TDDFT的Hessian计算是相当耗时耗资源的
找个大内存机子，内存给物理内存的95%（假设没其它任务再跑），如果核多的时候跑不成功，不断把并行线程数降低再试

作者
Author: qidong8 时间: 2021-7-27 11:09

sobereva 发表于 2021-7-27 00:19
这么大体系TDDFT的Hessian计算是相当耗时耗资源的
找个大内存机子，内存给物理内存的95%（假设没其它任务 ...

384GB内存的节点，试过1-2个核心370GB去算，但看到使用的内存一点一点上升，到了370GB后还是同样报错；另外试过同时使用两个节点共600GB内存去算还是同样的问题。请教sob老师，有没有简化一点的方法，精度可以低一点？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-27 13:06

qidong8 发表于 2021-7-27 11:09
384GB内存的节点，试过1-2个核心370GB去算，但看到使用的内存一点一点上升，到了370GB后还是同样报错；另 ...

氢的极化完全没必要加
不重要的区域，可以降到6-31G

作者
Author: qidong8 时间: 2021-7-27 14:05

sobereva 发表于 2021-7-27 13:06
氢的极化完全没必要加
不重要的区域，可以降到6-31G

好的，谢谢sob老师，我先试试

作者
Author: qidong8 时间: 2021-8-3 16:09
感谢两位老师的指导，尤其是sob老师，我终于发现问题所在了。
应该是我们安装的G16 A03版本的bug（或者就是这个版本bug），C01版本一下子就算出来了，根本也不需要这么多内存，8核12Gb足够了

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