计算化学公社

标题: 求助:请问关于环肽的构象搜索问题 [打印本页]

作者
Author: zjn 时间: 2021-7-27 09:33
标题: 求助:请问关于环肽的构象搜索问题
看到有文献说，因为环肽的柔性较大，存在的构象空间较大，所以采用了增强采样，然后利用REMD，GaMD等。但是也有人用传统的CMD就跑了10ns作用，然后从中选取构象，请问各位大神，哪种方法更可靠一些呢？

作者
Author: panernie 时间: 2021-7-27 10:34
我觉得通过动力学采样是一种不错的方法。
传统动力学虽然可以延长时间达到长时间采样，但由于构象能垒的存在，该方法可能不容易越过能垒。相比之下，副本交换可以更好的解决这个问题

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-27 10:36
如果温度够高，10 ns的普通动力学采样往往也够了

作者
Author: k64_cc 时间: 2021-7-27 12:25
肯定是enhanced sampling更靠谱，10 ns brute-force md能不能看到构象变化都难说。

作者
Author: zjn 时间: 2021-7-27 16:50

sobereva 发表于 2021-7-27 10:36
如果温度够高，10 ns的普通动力学采样往往也够了

那老师温度多高合适呢，如果是用amber跑普通动力学采样只需要改变加热的温度的参数吗，其他不用改动是吗

作者
Author: zjn 时间: 2021-7-27 16:52

panernie 发表于 2021-7-27 10:34
我觉得通过动力学采样是一种不错的方法。
传统动力学虽然可以延长时间达到长时间采样，但由于构象能垒的存 ...

嗯嗯，我也是看到有说副本交换是个不错的选择，就是不知道实际操作起来难度如何，因为我是个新手
非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-28 01:21

zjn 发表于 2021-7-27 16:50
那老师温度多高合适呢，如果是用amber跑普通动力学采样只需要改变加热的温度的参数吗，其他不用改动是吗

跟具体体系有关。实际跑跑轨迹看看，看是否构象在模拟过程中发生了较多、较自如的变化便知。用周期性退火也可以，我也更推荐，采样效率更高

作者
Author: zjn 时间: 2021-7-28 10:24

sobereva 发表于 2021-7-28 01:21
跟具体体系有关。实际跑跑轨迹看看，看是否构象在模拟过程中发生了较多、较自如的变化便知。用周期性退火 ...

好的老师，那得到的构象是要做聚类吗，如何判断哪些构象是更合理可能存在的呢？是接下来个跟复合物再一起跑传统MD吗，根据RMSD和MMPBSA吗

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-29 02:12

zjn 发表于 2021-7-28 10:24
好的老师，那得到的构象是要做聚类吗，如何判断哪些构象是更合理可能存在的呢？是接下来个跟复合物再一起 ...

如果直接跑MD，每隔一定帧数将结构做能量极小化，对比哪个结构是能量最低的

如果是周期性退火，把对应0K参考温度的结构都拿出来做能量极小化，对比哪个结构是能量最低的

复合物是另一码事，你得交代清楚具体情况

作者
Author: zjn 时间: 2021-7-29 09:35

sobereva 发表于 2021-7-29 02:12
如果直接跑MD，每隔一定帧数将结构做能量极小化，对比哪个结构是能量最低的

如果是周期性退火，把对应 ...

好的，老师，我的情况是从复合物蛋白相互作用界面上截取了一段，设计一个环肽抑制剂，所以就想先找到找个肽的最低的能量构象，然后再对接，跑cmd分析相互作用

作者
Author: zjn 时间: 2021-7-30 19:48

sobereva 发表于 2021-7-29 02:12
如果直接跑MD，每隔一定帧数将结构做能量极小化，对比哪个结构是能量最低的

如果是周期性退火，把对应 ...

请问老师如果是环肽和蛋白的复合物的话为什么是另外一回事呢，那应该怎么处理呢

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-1 05:52

zjn 发表于 2021-7-30 19:48
请问老师如果是环肽和蛋白的复合物的话为什么是另外一回事呢，那应该怎么处理呢

你一开始说的是环肽，后面又不知道怎么冒出来一个复合物。只是环肽的构象搜索牵扯不到复合物的事

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