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标题: 求问ORCA算单点能报错原因 [打印本页]

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Author: 雪见容馥 时间: 2021-7-27 16:58
标题: 求问ORCA算单点能报错原因
小白第一次用ORCA算单点能，用Multiwfn构造了输入文件，在64核超算服务器上运行了一会报错，不知道是什么原因？模型图如下图所示，由Ti3C2和碳纳米管组成，已上传输入文件和输出文件，求求大佬指出问题，谢谢

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-7-27 17:34
减少核数、增大单核内存、用5.0.1版本。届时还有问题再上传输出文件或贴出报错信息

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-27 17:52
大概率是openmpi安装问题，比如没有装gfortran。参见https://orcaforum.kofo.mpg.de/vi ... t=7566&start=30

作者
Author: 雪见容馥 时间: 2021-7-27 19:00

zjxitcc 发表于 2021-7-27 17:34
减少核数、增大单核内存、用5.0.1版本。届时还有问题再上传输出文件或贴出报错信息

可是用的超算服务器是64核的，不满核也会满核提交

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-7-27 19:05
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-7-27 19:07 编辑

雪见容馥发表于 2021-7-27 19:00
可是用的超算服务器是64核的，不满核也会满核提交

不会的，队列系统脚本中的核数是申请，而不是一定用那么多，ORCA真正的核数控制在inp文件里。例如你可以申请一台64核的节点，但是只用16核并行算ORCA，这样在你算的时候别人无法蹭你的机器，队列系统不会再分配任务到此节点上。另外，按照楼上说的检查一下有无gfortran，或者是否加载了gfortran环境变量。

作者
Author: 雪见容馥 时间: 2021-7-27 19:07
本帖最后由雪见容馥于 2021-7-27 19:09 编辑

wzkchem5 发表于 2021-7-27 17:52
大概率是openmpi安装问题，比如没有装gfortran。参见https://orcaforum.kofo.mpg.de/viewtopic.php?f=9&t=7 ...

小白不是很懂，我是上传安装包到超算平台上，管理员帮我装的，点开链接没有看到gfortran的下载，换成5.0.1能解决这个问题吗

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-7-27 19:07

雪见容馥发表于 2021-7-27 19:07
小白不是很懂，我是上传安装包到超算平台上，管理员帮我装的，点开链接没有看到gfortran的下载

你问管理员就行了，自己不会就不要操作。不过新手小白算这种体系，下一个问题就是SCF不收敛了。。。

作者
Author: 雪见容馥 时间: 2021-7-27 19:11

zjxitcc 发表于 2021-7-27 19:07
你问管理员就行了，自己不会就不要操作。不过新手小白算这种体系，下一个问题就是SCF不收敛了。。。

麻烦问一下这种体系用什么软件算比较好？我用gaussian跑不动才换的ORCA

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-27 20:14

雪见容馥发表于 2021-7-27 12:07
小白不是很懂，我是上传安装包到超算平台上，管理员帮我装的，点开链接没有看到gfortran的下载，换成5.0. ...

你告诉管理员orca需要装最新版openmpi了吗？openmpi是在orca安装包之外，需要单独去获取、编译的

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-7-27 21:14
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-7-27 21:16 编辑

雪见容馥发表于 2021-7-27 19:11
麻烦问一下这种体系用什么软件算比较好？我用gaussian跑不动才换的ORCA

如果你的Ti3C2建模合适，该体系确实不小，适合用ORCA跑。ORCA 5需要搭配openmpi-4.1.1使用，你需要告诉管理员这个。一个个问题解决，每解决完一个，还有问题再贴出来。新手的问题可能有一堆，先把能确定弄成的给搞定掉。如果你的集群管理员也不是很懂，你们俩可以看《ORCA 5.0安装及运行》

作者
Author: 雪见容馥 时间: 2021-7-27 21:38

wzkchem5 发表于 2021-7-27 20:14
你告诉管理员orca需要装最新版openmpi了吗？openmpi是在orca安装包之外，需要单独去获取、编译的

好的，谢谢老师

作者
Author: 雪见容馥 时间: 2021-7-27 21:38

zjxitcc 发表于 2021-7-27 21:14
如果你的Ti3C2建模合适，该体系确实不小，适合用ORCA跑。ORCA 5需要搭配openmpi-4.1.1使用，你需要告诉管 ...

好的，谢谢老师

作者
Author: 雪见容馥 时间: 2021-7-28 10:38

zjxitcc 发表于 2021-7-27 21:14
如果你的Ti3C2建模合适，该体系确实不小，适合用ORCA跑。ORCA 5需要搭配openmpi-4.1.1使用，你需要告诉管 ...

老师，麻烦问一下这个算例是不是用256GB的内存不太够啊，才运行没几分钟就内存溢出了，是设置的问题吗

作者
Author: winnerwill 时间: 2021-7-28 10:45

雪见容馥发表于 2021-7-28 10:38
老师，麻烦问一下这个算例是不是用256GB的内存不太够啊，才运行没几分钟就内存溢出了，是设置的问题吗

单核内存设到20GB以上试试

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-7-28 11:40

雪见容馥发表于 2021-7-28 10:38
老师，麻烦问一下这个算例是不是用256GB的内存不太够啊，才运行没几分钟就内存溢出了，是设置的问题吗

由于你是新手，为免你判断失误，说“内存溢出”时应该贴出报错截图，让大家分析一下。另外，我早在2L就回复过了“减少核数、增大单核内存”，你没注意看。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-28 16:12

雪见容馥发表于 2021-7-28 03:38
老师，麻烦问一下这个算例是不是用256GB的内存不太够啊，才运行没几分钟就内存溢出了，是设置的问题吗

先检查openmpi有没有安装正确，如果你不知道，问你们管理员，openmpi装的是什么版本，如果和orca要求的不一样，叫你们管理员装最新版。
把这个问题解决了再谈其他的。现在这个报错信息，有时是内存溢出导致的，但不代表这个报错信息一定是因为内存溢出，也可能是因为openmpi没装对，而且我觉得后者的概率非常大。
在网上查错误信息的时候，一定要注意一个错误信息是不是只有一种可能的解释，还是有多种可能的解释，但你查到的网页只说了其中一种。

作者
Author: 雪见容馥 时间: 2021-7-28 16:36

wzkchem5 发表于 2021-7-28 16:12
先检查openmpi有没有安装正确，如果你不知道，问你们管理员，openmpi装的是什么版本，如果和orca要求的不 ...

老师，已经重新安装了openmpi，现在装的是5.0.1,openmpi也是匹配的，但是出现了以下报错信息D:\163222.png

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-28 16:40

雪见容馥发表于 2021-7-28 09:36
老师，已经重新安装了openmpi，现在装的是5.0.1,openmpi也是匹配的，但是出现了以下报错信息

这些都是警告，不是错误，注意分清警告和错误的区别。
除了第一张图的警告以外，其他都不重要。先跑着，要是跑崩了，按照第一个警告重新设定maxcore，要是没有崩掉，就继续跑，结果是可以用的

作者
Author: 雪见容馥 时间: 2021-7-30 09:19
本帖最后由雪见容馥于 2021-7-30 09:31 编辑

zjxitcc 发表于 2021-7-28 11:40
由于你是新手，为免你判断失误，说“内存溢出”时应该贴出报错截图，让大家分析一下。另外，我早在2L就回 ...

老师，运行了20多个小时后又报错了？这是不是不收敛，要怎么改？下一次怎么在这次的基础上继续算下去。 (, 下载次数 Times of downloads: 63)

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-7-30 13:01
你看吧，跟我在7L预测的一样。你研究的Ti3C2应该是周期性体系吧？这种体系强行截成团簇，边界效应很明显，看你也没怎么加氢饱和，（即使适当加氢饱和后）SCF难收敛是必然的。最合理的做法是换成更严谨的周期性体系做，采用第一性原理的程序算（如CP2K，QE，VASP等）。

不过，总有人对这种不适合截成团簇的体系强行当成孤立体系算，此时有以下建议：
（1）在ORCA内部解决SCF不收敛问题，官方手册9.7章节（以ORCA 5.0.1版手册为例）有详细的讲解如何解决SCF不收敛问题；
（2）从Gaussian算个单点，传轨道给ORCA：用高斯算个单点（加关键词nosymm int=nobasistransform）后，用fch2mkl小程序从高斯fch文件生成ORCA的inp和mkl文件。即依此运行
formchk xxx.chk xxx.fch（将chk文件转化为fch文件）
fch2mkl xxx.fch （从高斯fch文件生成ORCA的inp和mkl文件）
orca_2mkl xxx_o -gbw （将mkl转化为gbw文件）
高斯SCF收敛性更好，一般不会有SCF不收敛问题，算好了传给ORCA SCF会迅速收敛，就可以结构优化了。自己修改一下inp文件添加一些结构优化的关键词即可。

作者
Author: 雪见容馥 时间: 2021-7-30 14:42

zjxitcc 发表于 2021-7-30 13:01
你看吧，跟我在7L预测的一样。你研究的Ti3C2应该是周期性体系吧？这种体系强行截成团簇，边界效应很明显， ...

主要是这个体系gaussian跑不动，64核的服务器算好久也算不动，不划算。因为我研究的是用MXene制成的膜与有机体系的反应，先要算MXene也就是有Ti3C2的单点，再算他们结合的单点，感觉用VASP不太合适，这种情况下是不是用MS比较适合呀？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-7-30 15:01
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-7-30 15:02 编辑

雪见容馥发表于 2021-7-30 14:42
主要是这个体系gaussian跑不动，64核的服务器算好久也算不动，不划算。因为我研究的是用MXene制成的膜与 ...

白回复了。复读机：CP2K，QE，VASP。

另：高斯算单点不可能跑不动，你是没仔细看输出文件计算进度吧？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-30 15:18

雪见容馥发表于 2021-7-30 02:19
老师，运行了20多个小时后又报错了？这是不是不收敛，要怎么改？下一次怎么在这次的基础上继续算下去。
...

能量出现这么大幅度的变化，说明是基组线性相关问题，应该按基组线性相关问题的处理办法来处理，而不应该盲目套用解决scf不收敛的方法

作者
Author: 雪见容馥 时间: 2021-7-30 16:22

wzkchem5 发表于 2021-7-30 15:18
能量出现这么大幅度的变化，说明是基组线性相关问题，应该按基组线性相关问题的处理办法来处理，而不应该 ...

老师，不太懂怎么解决，是更换基组吗？对于这样的体系有没有什么比较便宜的基组可以计算，计算精度要求不高

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-30 16:25

雪见容馥发表于 2021-7-30 09:22
老师，不太懂怎么解决，是更换基组吗？对于这样的体系有没有什么比较便宜的基组可以计算，计算精度要求不 ...

仔细看orca手册Detailed documentation -> Choice of basis set -> Linear dependence一节

作者
Author: 雪见容馥 时间: 2021-7-31 16:37

wzkchem5 发表于 2021-7-30 16:25
仔细看orca手册Detailed documentation -> Choice of basis set -> Linear dependence一节

老师，解决了上个问题之后又出现了新的问题，一直提示HUMO-LUMO gap是负的，单点能计算了好久都没结束，需要怎么处理这个警告

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-31 16:53

雪见容馥发表于 2021-7-31 09:37
老师，解决了上个问题之后又出现了新的问题，一直提示HUMO-LUMO gap是负的，单点能计算了好久都没结束， ...

初始结构严重不合理。建议调研文献，看看多大的碳管可以嵌套多大的碳管。你现在这个结构，内外两层碳管的距离明显小于碳原子的范德华半径的2倍，所以根本不可能存在

作者
Author: 雪见容馥 时间: 2021-7-31 16:55

wzkchem5 发表于 2021-7-31 16:53
初始结构严重不合理。建议调研文献，看看多大的碳管可以嵌套多大的碳管。你现在这个结构，内外两层碳管的 ...

好的，谢谢老师

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