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标题: 如何解决在计算溶剂化自由能中出现Constraint failure in HardWallDrude [打印本页]

作者
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s99r    时间: 2021-7-28 15:53
标题: 如何解决在计算溶剂化自由能中出现Constraint failure in HardWallDrude
本帖最后由 s99r 于 2021-7-28 15:53 编辑

在NAMD使用极化力场计算NH4+在水中的溶剂化自由能时,出现了如下错误:ERROR: HardWallDrude> The drude is too far away from atom 3021 d = 0.506849!  (此处为SWM4-NDP模型中的O)
ERROR: Constraint failure in HardWallDrude(); simulation may become unstable.
我参考了NAMD-L的建议,增加最小化的时间,降低nonBondedFreq和fullElecfrequency,但还会出现类似的错误。请教大家,该如何解决呢?

下面是有关于Drude模型的参数设置:
# Use Drude polarizable model
drude               on
drudeTemp           1
drudeHardwall       on      
drudeDamping        10.0
drudeBondLen        0.25     
drudeBondConst      40000
drudeNbtholeCut     5.0



作者
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zhutroy    时间: 2021-10-28 15:26
请问问题解决了吗?遇到一样的问题,总不能一直增大drudeBondLen吧

作者
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s99r    时间: 2022-2-21 10:36
zhutroy 发表于 2021-10-28 15:26
请问问题解决了吗?遇到一样的问题,总不能一直增大drudeBondLen吧

可以试试减小步长看




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