在NAMD使用极化力场计算NH4+在水中的溶剂化自由能时,出现了如下错误:ERROR: HardWallDrude> The drude is too far away from atom 3021 d = 0.506849! (此处为SWM4-NDP模型中的O)
ERROR: Constraint failure in HardWallDrude(); simulation may become unstable.
我参考了NAMD-L的建议,增加最小化的时间,降低nonBondedFreq和fullElecfrequency,但还会出现类似的错误。请教大家,该如何解决呢?
下面是有关于Drude模型的参数设置:
# Use Drude polarizable model
drude on
drudeTemp 1
drudeHardwall on
drudeDamping 10.0
drudeBondLen 0.25
drudeBondConst 40000
drudeNbtholeCut 5.0