计算化学公社

标题: gromacs用gpu极限能加速多少? [打印本页]

作者
Author: htlzkahsy 时间: 2021-7-28 17:41
标题: gromacs用gpu极限能加速多少?
考虑gpu耗时为0的极限情况，总ns/day能降到纯cpu的多少%？

作者
Author: htlzkahsy 时间: 2021-7-28 17:42
能升到纯cpu的多少%。。笔误

作者
Author: jessi 时间: 2021-7-28 17:48
极限具体要看你测例能用gpu算的力场的占比，github上有个gpu单卡3倍加速的测例: https://github.com/Biu-G/gromacs-rocm ，用的是AMD的MI100显卡

作者
Author: jessi 时间: 2021-7-28 17:48
我没钱没试过，谁有条件试试。。

作者
Author: htlzkahsy 时间: 2021-7-28 17:51

jessi 发表于 2021-7-28 17:48
极限具体要看你测例能用gpu算的力场的占比，github上有个gpu单卡3倍加速的测例: https://github.com/Biu-G/ ...

amd的怎么比nvidia的还快。。双卡只加这么点吗？

作者
Author: jessi 时间: 2021-7-28 17:54

htlzkahsy 发表于 2021-7-28 17:51
amd的怎么比nvidia的还快。。双卡只加这么点吗？

amd instinct系列专门搞HPC的所以快，nvidia显卡设置兼顾AI和HPC。Gromacs多卡增益听说不行，高性能单卡比低性能多卡有优势，加多卡损耗太大。不过都是说pcie互联，fabric link / nvlink互连不知道损耗能不能接受。

作者
Author: Graphite 时间: 2021-7-29 00:16
讨论这个极限意义不大，一看软硬件配置，二看体系，耗时主要花在一些长程pair形式、PME等能吃到GPU的加速就快，不断刷新neighbour列表、并行comm消耗大的加速就慢。
有些计算4核+单GPU都能拼32核CPU，有些带了GPU反而变慢，甚至16核>32核>32核+双卡都是有可能的。
只能说对于你算的东西能加速几倍，建议跑大批量之前先拿短时长把各种组合（n个CPU+m个GPU）都试一试，不总是资源投的越多越快。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-29 05:40

htlzkahsy 发表于 2021-7-28 17:42
能升到纯cpu的多少%。。笔误

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了

作者
Author: sun666 时间: 2021-7-29 10:47
8核+3070显卡跑GPU加速跟64核差不多....

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