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标题: 如何定义包含某一溶质B的溶剂化模型，并计算另一溶质A的相关性质。 [打印本页]

作者
Author: knockturn 时间: 2021-7-28 23:06
标题: 如何定义包含某一溶质B的溶剂化模型，并计算另一溶质A的相关性质。
利用高斯进行化合物的谱学性质模拟是天然产物研究的重要部分。对映体化学性质一样，只有在手性环境下才体现出差别，常见的绝对构型确定方法有单晶，ORD和ECD计算。笔者想，对映体在非手性溶剂中NMR无差别，但在手性环境中NMR理论上会存在差别，故可以直接加入某一手性物质而不用化学反应（如mosher试剂）去做核磁共振谱（此时体系中包含三个物质：溶质A，手性物质B和溶剂C），通过高斯计算两个对映体的NMR比较来确定化合物的绝对构型。
故求助交流如何合理的定义溶质A的溶剂（包含手性物质B和溶剂C）。
谢谢！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-29 00:30
把A和B的复合物当作溶质，溶剂设为C即可。不过需要注意把A和B的复合物的所有重要的构型都sample到

作者
Author: knockturn 时间: 2021-7-29 12:16

wzkchem5 发表于 2021-7-29 00:30
把A和B的复合物当作溶质，溶剂设为C即可。不过需要注意把A和B的复合物的所有重要的构型都sample到

谢谢！我想请教一下怎么把AB的复合物合在一起当溶质呀？那gjf文件里面的分子坐标要怎么写呢？

作者
Author: knockturn 时间: 2021-7-29 12:25

wzkchem5 发表于 2021-7-29 00:30
把A和B的复合物当作溶质，溶剂设为C即可。不过需要注意把A和B的复合物的所有重要的构型都sample到

或者可不可以用动力学模拟，把两个小分子放在一起跑再提取构象

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-29 14:43

knockturn 发表于 2021-7-29 05:25
或者可不可以用动力学模拟，把两个小分子放在一起跑再提取构象

可以，而且推荐这样做。尽量把所有优势构象都找到，结果做Boltzmann平均

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