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标题: Dmol3优化晶胞参数时计算很慢，如何加快 [打印本页]

作者
Author: a9471163 时间: 2021-7-29 18:14
标题: Dmol3优化晶胞参数时计算很慢，如何加快
本帖最后由 a9471163 于 2021-7-29 18:25 编辑

各位老师，我用24核心至强E5-2678V3加128G内存跑190个原子的有机晶体的晶胞参数优化，发现计算很慢，图上是我设置的参数，请教一下有什么办法能加快该计算，计算慢到什么程度呢，我3万原子的动力学模拟已经跑了80%的进度了，计算晶胞还卡在：“Cell Optim. Cycle : 1 of 2Cell Displacement : 4 of 28
Local Optim. Step : 35”
这个计算速度难以接受
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作者
Author: 乐平 时间: 2021-7-31 15:30
第一性原理跑 190个原子…… 还优化晶胞参数…… 不慢才怪呢

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-7-31 16:07
DMol3算190原子的单点不慢，别说190，原子数目翻一倍都能很轻松跑出来。
核心问题在于DMol3没有做stress计算的部分，stress是通过某种算法（不能确定怎么来的）进行有限差分得来的，这个过程需要走相当多的Cell Displacement，所以涉及到晶格自由度比较复杂的情况，优化晶胞尽量不要用DMol3来做。

作者
Author: a9471163 时间: 2021-8-1 22:30

卡开发发发表于 2021-7-31 16:07
DMol3算190原子的单点不慢，别说190，原子数目翻一倍都能很轻松跑出来。
核心问题在于DMol3没有做stress计 ...

好的，谢谢，那是不是CASTEP优化晶胞参数，会更快呢

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-8-2 09:01

a9471163 发表于 2021-8-1 22:30
好的，谢谢，那是不是CASTEP优化晶胞参数，会更快呢

小体系CASTEP计算单点能和受力、stress更快，也方便优化晶格，体系大了速度就会比较慢。

作者
Author: a9471163 时间: 2021-8-2 13:30

卡开发发发表于 2021-8-2 09:01
小体系CASTEP计算单点能和受力、stress更快，也方便优化晶格，体系大了速度就会比较慢。

那具体到我这个190原子的体系，用CASTEP更合适还是Dmol3，E5-2678V3双路，128G内存，感谢老师~

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-8-2 14:13

a9471163 发表于 2021-8-2 13:30
那具体到我这个190原子的体系，用CASTEP更合适还是Dmol3，E5-2678V3双路，128G内存，感谢老师~

都不是太合适，可以试试看siesta openmx或abacus这些程序。

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