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标题: 基于TrEsp计算的激子耦合能中出现的计算问题以及对说明书中公式的理解问题 [打印本页]

作者
Author: 量化新生 时间: 2021-7-31 10:31
标题: 基于TrEsp计算的激子耦合能中出现的计算问题以及对说明书中公式的理解问题
本帖最后由量化新生于 2021-7-31 15:04 编辑

3.8版本的Multiwfn说明书中4.A.9 Calculate TrEsp 3. Evaluating excitonic coupling energy based on TrEsp 补充了基于TrEsp计算的激子耦合能的计算方法以及公式,遇到以下困惑问题一、对于P893的公式，截图示于图一中，V00,00，V00,11和V01,10.是指Multiwfn第7模块的-2指令都可以计算吗。下角标的00,11,10以及01分别代表的什么？以及如何计算？
个人理解01是dimer1中的基态到激发态（S0-S1）的吸收过程，10是dimer中另一个单分子激发态到基态（S1-S0）的发射过程。那在计算激发态那步我们需要如何考虑到这两个过程。这三个库伦能在程序中又是如何操作得到？
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二、回到对激子耦合能的计算
具体说明书中步骤示于图2.有以下不理解的地方望指教。
step1. 优化二体结构。想要计算激子耦合能，我们是优化基态的二体结构吗？还是为得到10过程还需要优化激发态的二体结构？
step2. 如果上一步所示优化基态二体结构，这一步将二体拆分可理解。但如果还需计算激发态优化是取一个基态优化的几何结构，取一个激发态的几何结构，分别再做激发态计算吗？
(, 下载次数 Times of downloads: 121)
三、我的计算过程以及结果与文献中激子耦合能的对比我计算了Pengqian组的文章中的一个分子DPA激子耦合能，结果我的计算结果要比文献中的大两个量级。具体步骤以及二体结构和文章如下。希望帮助我指出我计算的问题，并请教一下：Multiwfn软件计算的激子耦合能与文献中的激子耦合能是同一个物理量吧？
列出DPA的dimer结构图如下
(, 下载次数 Times of downloads: 113)
1.opt freq b3lyp/6-31g(d)  优化二体基态计算
2.# td cam-b3lyp/6-31g(d) density=transition=1 nosymm out=wfn  激发态计算
3.利用.chg文件计算TrESP电荷，电荷如下图所示
(, 下载次数 Times of downloads: 118) (, 下载次数 Times of downloads: 115)

4.选择7模块，-2.分子片段。计算结果如下
(, 下载次数 Times of downloads: 128)
5.重复的文献以及文献结果
J. Phys. Chem. Lett. 2021, 12, 938-946
https://dx.doi.org/10.1021/acs.jpclett.0c03453
(, 下载次数 Times of downloads: 114)
不知道怎么能把mol文件上传。只能贴在帖子上了。抱歉
DPA-dimer
  MatStudio       3D                            0
88 96  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
2.8457 4.4472 9.2755 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
3.0678 4.9972 10.0174 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
1.5364 4.4266 8.8087 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
0.8734 4.9552 9.2371 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
1.1935 3.6392 7.7241 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
0.2965 3.6194 7.4120 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
2.1690 2.8790 7.0967 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
1.9428 2.3460 6.3436 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
3.4772 2.8937 7.5647 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
4.1353 2.3666 7.1276 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
3.8424 3.6709 8.6691 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
5.2422 3.6981 9.1747 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
5.5206 4.1539 10.5062 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
4.7967 4.3605 11.0845 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
6.7930 4.2972 10.9627 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
6.9389 4.6038 11.8497 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
7.9141 3.9943 10.1288 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
7.6567 3.4715 8.8147 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
6.3049 3.3363 8.3790 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
6.1338 2.9856 7.5129 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
9.2303 4.1877 10.5474 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
9.3939 4.5362 11.4161 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
15.1262 0.7712 12.3794 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
14.9041 1.3212 11.6375 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
16.4354 0.7506 12.8461 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
17.0984 1.2792 12.4177 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
16.7783 -0.0368 13.9308 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
17.6753 -0.0566 14.2429 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
15.8028 -0.7970 14.5581 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
16.0291 -1.3300 15.3112 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
14.4947 -0.7823 14.0902 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
13.8365 -1.3094 14.5272 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
14.1295 -0.0051 12.9858 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
12.7296 0.0221 12.4801 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
12.4513 0.4779 11.1487 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
13.1752 0.6845 10.5704 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
11.1789 0.6212 10.6922 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
11.0329 0.9278 9.8052 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
10.0578 0.3183 11.5260 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
10.3151 -0.2045  12.8402 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
11.6670 -0.3397 13.2758 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
11.8381 -0.6904 14.1420 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
8.7415 0.5117 11.1075 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
8.5780 0.8602 10.2388 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  15.1262 2.9048 9.2569 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  14.9041 2.3548 8.5150 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  16.4354 2.9254 9.7236 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  17.0984 2.3968 9.2952 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  16.7783 3.7128 10.8083 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  17.6753 3.7326 11.1204 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  15.8028 4.4730 11.4356 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  16.0291 5.0060 12.1887 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  14.4947 4.4583 10.9677 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  13.8365 4.9854 11.4047 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  14.1295 3.6811 9.8633 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  12.7296 3.6539 9.3576 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  12.4513 3.1981 8.0262 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  13.1752 2.9915 7.4479 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  11.1789 3.0548 7.5697 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  11.0329 2.7482 6.6827 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  10.0578 3.3577 8.4035 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  10.3151 3.8805 9.7177 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  11.6670 4.0157 10.1533 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  11.8381 4.3664 11.0195 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  8.7415 3.1643 7.9850 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  8.5780 2.8158 7.1163 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  2.8457 -0.7712 12.3980 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  3.0678 -1.3212 13.1399 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1.5364 -0.7506 11.9312 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  0.8734 -1.2792 12.3596 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1.1935 0.0368 10.8466 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  0.2965 0.0566 10.5345 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  2.1690 0.7970 10.2192 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1.9428 1.3300 9.4661 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  3.4772 0.7823 10.6872 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  4.1353 1.3094 10.2501 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  3.8424 0.0051 11.7916 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  5.2422 -0.0221 12.2972 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  5.5206 -0.4779 13.6287 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  4.7967 -0.6845 14.2070 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  6.7930 -0.6212 14.0852 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  6.9389 -0.9278 14.9722 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  7.9141 -0.3183 13.2513 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  7.6567 0.2045 11.9372 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  6.3049 0.3397 11.5015 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  6.1338 0.6904 10.6354 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  9.2303 -0.5117 13.6699 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  9.3939 -0.8602 14.5386 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  2  1  1  0  0  0 3  1  4  0  0  0
  4  3  1  0  0  0
  5  3  4  0  0  0
  6  5  1  0  0  0
  7  5  4  0  0  0
  8  7  1  0  0  0
  9  7  4  0  0  0
10  9  1  0  0  0
11  1  4  0  0  0
11  9  4  0  0  0
12 11  1  0  0  0
13 12  4  0  0  0
14 13  1  0  0  0
15 13  4  0  0  0
16 15  1  0  0  0
17 15  4  0  0  0
18 17  4  0  0  0
19 18  4  0  0  0
19 12  4  0  0  0
20 19  1  0  0  0
21 17  4  0  0  0
22 21  1  0  0  0
18 65  4  0  0  0
24 23  1  0  0  0
25 23  4  0  0  0
26 25  1  0  0  0
27 25  4  0  0  0
28 27  1  0  0  0
29 27  4  0  0  0
30 29  1  0  0  0
31 29  4  0  0  0
32 31  1  0  0  0
33 23  4  0  0  0
33 31  4  0  0  0
34 33  1  0  0  0
35 34  4  0  0  0
36 35  1  0  0  0
37 35  4  0  0  0
38 37  1  0  0  0
39 37  4  0  0  0
40 39  4  0  0  0
41 40  4  0  0  0
41 34  4  0  0  0
42 41  1  0  0  0
43 39  4  0  0  0
44 43  1  0  0  0
40 87  4  0  0  0
46 45  1  0  0  0
47 45  4  0  0  0
48 47  1  0  0  0
49 47  4  0  0  0
50 49  1  0  0  0
51 49  4  0  0  0
52 51  1  0  0  0
53 51  4  0  0  0
54 53  1  0  0  0
55 45  4  0  0  0
55 53  4  0  0  0
56 55  1  0  0  0
57 56  4  0  0  0
58 57  1  0  0  0
59 57  4  0  0  0
60 59  1  0  0  0
61 59  4  0  0  0
62 61  4  0  0  0
63 62  4  0  0  0
63 56  4  0  0  0
64 63  1  0  0  0
65 61  4  0  0  0
66 65  1  0  0  0
62 21  4  0  0  0
68 67  1  0  0  0
69 67  4  0  0  0
70 69  1  0  0  0
71 69  4  0  0  0
72 71  1  0  0  0
73 71  4  0  0  0
74 73  1  0  0  0
75 73  4  0  0  0
76 75  1  0  0  0
77 67  4  0  0  0
77 75  4  0  0  0
78 77  1  0  0  0
79 78  4  0  0  0
80 79  1  0  0  0
81 79  4  0  0  0
82 81  1  0  0  0
83 81  4  0  0  0
84 83  4  0  0  0
85 84  4  0  0  0
85 78  4  0  0  0
86 85  1  0  0  0
87 83  4  0  0  0
88 87  1  0  0  0
84 43  4  0  0  0
M  END

最后，辛苦大佬们解答疑惑！！！

作者
Author: 量化新生 时间: 2021-7-31 10:33
本帖最后由量化新生于 2021-7-31 15:03 编辑

mol文件有一丢丢问题，串行了两个，重新附上
DPA-dimer
  MatStudio       3D                            0
88 96  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
2.8457 4.4472 9.2755 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
3.0678 4.9972 10.0174 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
1.5364 4.4266 8.8087 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
0.8734 4.9552 9.2371 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
1.1935 3.6392 7.7241 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
0.2965 3.6194 7.4120 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
2.1690 2.8790 7.0967 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
1.9428 2.3460 6.3436 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
3.4772 2.8937 7.5647 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
4.1353 2.3666 7.1276 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
3.8424 3.6709 8.6691 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
5.2422 3.6981 9.1747 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
5.5206 4.1539 10.5062 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
4.7967 4.3605 11.0845 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
6.7930 4.2972 10.9627 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
6.9389 4.6038 11.8497 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
7.9141 3.9943 10.1288 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
7.6567 3.4715 8.8147 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
6.3049 3.3363 8.3790 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
6.1338 2.9856 7.5129 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
9.2303 4.1877 10.5474 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
9.3939 4.5362 11.4161 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
15.1262 0.7712 12.3794 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
14.9041 1.3212 11.6375 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
16.4354 0.7506 12.8461 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
17.0984 1.2792 12.4177 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
16.7783 -0.0368 13.9308 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
17.6753 -0.0566 14.2429 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
15.8028 -0.7970 14.5581 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
16.0291 -1.3300 15.3112 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
14.4947 -0.7823 14.0902 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
13.8365 -1.3094 14.5272 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
14.1295 -0.0051 12.9858 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
12.7296 0.0221 12.4801 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
12.4513 0.4779 11.1487 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
13.1752 0.6845 10.5704 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
11.1789 0.6212 10.6922 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
11.0329 0.9278 9.8052 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
10.0578 0.3183 11.5260 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
10.3151 -0.2045  12.8402 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
11.6670 -0.3397 13.2758 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
11.8381 -0.6904 14.1420 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
8.7415 0.5117 11.1075 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
8.5780 0.8602 10.2388 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  15.1262 2.9048 9.2569 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  14.9041 2.3548 8.5150 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  16.4354 2.9254 9.7236 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  17.0984 2.3968 9.2952 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  16.7783 3.7128 10.8083 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  17.6753 3.7326 11.1204 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  15.8028 4.4730 11.4356 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  16.0291 5.0060 12.1887 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  14.4947 4.4583 10.9677 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  13.8365 4.9854 11.4047 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  14.1295 3.6811 9.8633 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  12.7296 3.6539 9.3576 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  12.4513 3.1981 8.0262 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  13.1752 2.9915 7.4479 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  11.1789 3.0548 7.5697 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  11.0329 2.7482 6.6827 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  10.0578 3.3577 8.4035 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  10.3151 3.8805 9.7177 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  11.6670 4.0157 10.1533 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  11.8381 4.3664 11.0195 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  8.7415 3.1643 7.9850 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  8.5780 2.8158 7.1163 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  2.8457 -0.7712 12.3980 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  3.0678 -1.3212 13.1399 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1.5364 -0.7506 11.9312 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  0.8734 -1.2792 12.3596 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1.1935 0.0368 10.8466 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  0.2965 0.0566 10.5345 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  2.1690 0.7970 10.2192 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1.9428 1.3300 9.4661 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  3.4772 0.7823 10.6872 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  4.1353 1.3094 10.2501 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  3.8424 0.0051 11.7916 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  5.2422 -0.0221 12.2972 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  5.5206 -0.4779 13.6287 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  4.7967 -0.6845 14.2070 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  6.7930 -0.6212 14.0852 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  6.9389 -0.9278 14.9722 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  7.9141 -0.3183 13.2513 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  7.6567 0.2045 11.9372 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  6.3049 0.3397 11.5015 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  6.1338 0.6904 10.6354 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  9.2303 -0.5117 13.6699 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  9.3939 -0.8602 14.5386 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  2  1  1  0  0  0
  3  1  4  0  0  0
  4  3  1  0  0  0
  5  3  4  0  0  0
  6  5  1  0  0  0
  7  5  4  0  0  0
  8  7  1  0  0  0
  9  7  4  0  0  0
10  9  1  0  0  0
11  1  4  0  0  0
11  9  4  0  0  0
12 11  1  0  0  0
13 12  4  0  0  0
14 13  1  0  0  0
15 13  4  0  0  0
16 15  1  0  0  0
17 15  4  0  0  0
18 17  4  0  0  0
19 18  4  0  0  0
19 12  4  0  0  0
20 19  1  0  0  0
21 17  4  0  0  0
22 21  1  0  0  0
18 65  4  0  0  0
24 23  1  0  0  0
25 23  4  0  0  0
26 25  1  0  0  0
27 25  4  0  0  0
28 27  1  0  0  0
29 27  4  0  0  0
30 29  1  0  0  0
31 29  4  0  0  0
32 31  1  0  0  0
33 23  4  0  0  0
33 31  4  0  0  0
34 33  1  0  0  0
35 34  4  0  0  0
36 35  1  0  0  0
37 35  4  0  0  0
38 37  1  0  0  0
39 37  4  0  0  0
40 39  4  0  0  0
41 40  4  0  0  0
41 34  4  0  0  0
42 41  1  0  0  0
43 39  4  0  0  0
44 43  1  0  0  0
40 87  4  0  0  0
46 45  1  0  0  0
47 45  4  0  0  0
48 47  1  0  0  0
49 47  4  0  0  0
50 49  1  0  0  0
51 49  4  0  0  0
52 51  1  0  0  0
53 51  4  0  0  0
54 53  1  0  0  0
55 45  4  0  0  0
55 53  4  0  0  0
56 55  1  0  0  0
57 56  4  0  0  0
58 57  1  0  0  0
59 57  4  0  0  0
60 59  1  0  0  0
61 59  4  0  0  0
62 61  4  0  0  0
63 62  4  0  0  0
63 56  4  0  0  0
64 63  1  0  0  0
65 61  4  0  0  0
66 65  1  0  0  0
62 21  4  0  0  0
68 67  1  0  0  0
69 67  4  0  0  0
70 69  1  0  0  0
71 69  4  0  0  0
72 71  1  0  0  0
73 71  4  0  0  0
74 73  1  0  0  0
75 73  4  0  0  0
76 75  1  0  0  0
77 67  4  0  0  0
77 75  4  0  0  0
78 77  1  0  0  0
79 78  4  0  0  0
80 79  1  0  0  0
81 79  4  0  0  0
82 81  1  0  0  0
83 81  4  0  0  0
84 83  4  0  0  0
85 84  4  0  0  0
85 78  4  0  0  0
86 85  1  0  0  0
87 83  4  0  0  0
88 87  1  0  0  0
84 43  4  0  0  0
M  END

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-31 10:37

量化新生发表于 2021-7-31 10:33
mol文件有一丢丢问题，串行了两个，重新附上
DPA-dimer
MatStudio 3D ...

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了

作者
Author: 量化新生 时间: 2021-7-31 15:06

sobereva 发表于 2021-7-31 10:37
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

抱歉抱歉，我以为发完贴就编辑不了了。不好意思。主要还是望解答疑惑，萌新下次注意

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-1 10:34
分清楚3.8和3.8(dev)，前者迄今没发布过

一
就是你说的含义。Multiwfn目前只能基于TrESP电荷近似计算，没法按照你截图里那个式子严格按照积分来计算。
怎么算在4.A.9第三部分已经明确描述了，先用Multiwfn算相应跃迁对应的TrESP电荷，再通过TrESP电荷让Multiwfn直接根据库仑公式计算

二
就是优化基态二聚体结构（如果你想计算其它有特殊意义的结构下的激子耦合也可以用其它结构）

三
明显不能直接用B3LYP优化，这是弱相互作用体系最基本的计算常识，仔细看
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557（http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html）

你贴的文件我没法正常载入
mol不可能不能上传，例： (, 下载次数 Times of downloads: 1) 。
重新用恰当的级别优化、算激发态，如果还有问题，直接上传结构文件我再看

你说的那篇文章我目前没时间看。你可以看看之前一些Multiwfn用户通过Multiwfn算TrESP研究库仑耦合的文章，试图予以重复：
J. Phys. Chem. Lett. 2020, 11, 7908−7913
Chemical Physics https://doi.org/10.1016/j.chemphys.2019.110439
J. Phys. Chem. B 2020, 124, 10653−10662
Phys. Chem. Chem. Phys. DOI: 10.1039/c9cp05753f
NATURE COMMUNICATIONS, (2019) 10, 2048

作者
Author: chunlinxxx 时间: 2024-11-13 18:09
本帖最后由 chunlinxxx 于 2024-11-13 18:11 编辑

请问老师们，如果只考虑晶体环境，用默认Multiwfn计算需要考虑特定的真空电容率值吗？我看文献公式前面还乘以了一个1/(4πε0)项

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-14 06:03

chunlinxxx 发表于 2024-11-13 18:09
请问老师们，如果只考虑晶体环境，用默认Multiwfn计算需要考虑特定的真空电容率值吗？我看文献公式前面还乘 ...

Multiwfn用的原子单位，此时没1/(4πε0)项

作者
Author: chunlinxxx 时间: 2024-11-14 07:50

sobereva 发表于 2024-11-14 06:03
Multiwfn用的原子单位，此时没1/(4πε0) ...

谢谢老大。那所得的值默认就是真空吗

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-14 08:16

chunlinxxx 发表于 2024-11-14 07:50
谢谢老大。那所得的值默认就是真空吗

是

作者
Author: zhangwei2713 时间: 2025-5-28 10:38

sobereva 发表于 2021-8-1 10:34
分清楚3.8和3.8(dev)，前者迄今没发布过

一

请问一下sob老师，这种计算两个单体之间的耦合时，如果两个单体上各连着一些取代基，计算时是否需要把取代基也算进去？比如单体原子序号分别为1-10，15-24，单体取代基分别是11-14，25-30。
我计算的时候写原子序号只写1-10和15-24还是1-14和15-30？因为我发现这两种写法最后结果不一样，不清楚哪个才是准确的结果。请sob老师指导一下。谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-29 07:40

zhangwei2713 发表于 2025-5-28 10:38
请问一下sob老师，这种计算两个单体之间的耦合时，如果两个单体上各连着一些取代基，计算时是否需要把取 ...

算进去

1-14和15-30

作者
Author: zhangwei2713 时间: 2025-6-11 21:49

sobereva 发表于 2025-5-29 07:40
算进去

1-14和15-30

还有一个问题想请问一下sob老师。采用TrEsp方法计算同一个分子的两个片段（比如两个单体组成的dimer）之间的coupling时，根据手册（英文版，962-963页）中的介绍需要分别计算两个单体并得到chg文件。我有一个疑问，此时拆分得到的单体需要补足氢原子吗？因为直接将两个单体相连的共价键打断并生成两个单体的gjf文件，不补氢原子则会使自旋变为2。请问一下补和不补哪个才是对的？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-12 05:22

zhangwei2713 发表于 2025-6-11 21:49
还有一个问题想请问一下sob老师。采用TrEsp方法计算同一个分子的两个片段（比如两个单体组成的dimer）之 ...

通常单体是指一个分子。你的情况需要给出具体结构图

作者
Author: zhangwei2713 时间: 2025-6-12 10:02

sobereva 发表于 2025-6-12 05:22
通常单体是指一个分子。你的情况需要给出具体结构图

谢谢sob老师的回复。比如向附件图片这种PDI二体，其通过一个C原子连接，将其拆分后每个单体都会缺失两个C原子。
请问此时计算两个单体时，需要分别补足两个氢原子吗？
这篇文章也是采用TrEsp方法进行的coupling计算，但是没有写细节

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-13 02:21

zhangwei2713 发表于 2025-6-12 10:02
谢谢sob老师的回复。比如向附件图片这种PDI二体，其通过一个C原子连接，将其拆分后每个单体都会缺失两个C ...

诸如这作为第一个片段。断C-C键的地方补氢
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作者
Author: zhangwei2713 时间: 2025-6-13 08:58

sobereva 发表于 2025-6-13 02:21
诸如这作为第一个片段。断C-C键的地方补氢

谢谢sob老师，我试了一下不补氢，结果得到的coupling是0

作者
Author: 895098540wkw 时间: 6 day ago
你好，请问你算对了吗？这第二步里是计算每个单体计算S0和S1之间的tresp吗

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