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标题: 求助：系统爆破问题 [打印本页]

作者
Author: 1971806673 时间: 2021-8-1 16:15
标题: 求助：系统爆破问题
老师您好，我模拟聚合物分子，每条链20个原子，我用packmol生成了2000个链，40000个原子，模型体积为3.5nm*3.5nm*21nm,我首先进行能量最小化，nsteps=10000 ，emtol= 500.0 ，势能图我以图片形式上传，势能稳定之后特别高，是不是由于packmol生成的时候，3.5nm*3.5nm*21nm的体积内原子数量太多呢？
em之后我进行了100ps的nvt弛豫，没有报错，能量也比较稳定，图片我已上传，
nvt弛豫之后我做了200ps的npt弛豫，模拟过程中程序没有报错，但是最后体系爆破了，我将这个阶段的能量图也上传了，请老师看一下，大概是什么问题？
麻烦老师了。

作者
Author: lyj714 时间: 2021-8-1 18:35
什么叫

模拟过程中程序没有报错，但是最后体系爆破了

？如果你指的是正常结束模拟，但是最终查看轨迹发现体系乱了或者结构严重不合理，那基本上就是你参数有问题。
我不久前测试过这种体系，用的是oplsaa力场参数，并没有任何报错和不合理结构：
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作者
Author: 1971806673 时间: 2021-8-1 19:33

lyj714 发表于 2021-8-1 18:35
什么叫？如果你指的是正常结束模拟，但是最终查看轨迹发现体系乱了或者结构严重不合理，那基本上就是你参数 ...

老师，您这个模型怎么建立的啊，我就想建立这么一个模型，每条链整齐放在一起的的这种，求助老师这种方法啊。我用Gaussview建立了一个长链，就是堆不到一起啊

作者
Author: lyj714 时间: 2021-8-1 20:05
本帖最后由 lyj714 于 2021-8-1 20:09 编辑

1971806673 发表于 2021-8-1 19:33
老师，您这个模型怎么建立的啊，我就想建立这么一个模型，每条链整齐放在一起的的这种，求助老师这种方法 ...

方法就是自己写程序或者脚本做平移不就完事了，你要是说这不会那你就是没动脑筋想问题，excel做坐标也可以。
要是自己机灵一点也立马可以想到社长的生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem工具就可以拿来直接用，建模完成以后删除一层后就是想要的。自己有点fortran基础直接改源码，社长的这些小工具都是提供了源码的。

作者
Author: 1971806673 时间: 2021-8-1 22:19

lyj714 发表于 2021-8-1 20:05
方法就是自己写程序或者脚本做平移不就完事了，你要是说这不会那你就是没动脑筋想问题，excel做坐标也可 ...

老师，这个坐标平移的方法我试了一下，我可以直接用gaussview保存的pdb文件直接坐标平移吗？还有就是一条链与一条链之间的距离有什么参考距离吗？谢谢老师。

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