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标题: g-c3n4的自旋密度分布不均问题 [打印本页]

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Author: din5g 时间: 2021-8-1 18:56
标题: g-c3n4的自旋密度分布不均问题
各位老师好，关于加一个正电荷后的g-c3n4自旋密度分布图我有一个问题不太明白，我的优化过程（b3lyp/6-31g* em=gd3bj scrf=(smd,solvent=water)）是这样的，考虑边界问题，固定顶端和边界的共6个N原子，并补上H原子自行优化，优化成功后，把电荷数和自旋电子数改为 1 2，在继续优化。优化成功后读取fchk文件，画出以下自旋密度图。图中电荷主要只分布在里面三角形的一侧N原子上，这让我感到很困惑，这种对称结构不应该是三个边上的N原子上都有分布吗？

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Author: wzkchem5 时间: 2021-8-1 19:16
说明你的体系不是严格对称的。你量一下键长键角，就会发现不一样

作者
Author: din5g 时间: 2021-8-1 20:35

wzkchem5 发表于 2021-8-1 19:16
说明你的体系不是严格对称的。你量一下键长键角，就会发现不一样

多谢wzkchem5老师，我猜也是这样了，体系最后的结构是自行优化出来的，是不是证明我的优化有问题，需要加上空间群去优化吗

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-8-1 21:01

din5g 发表于 2021-8-1 13:35
多谢wzkchem5老师，我猜也是这样了，体系最后的结构是自行优化出来的，是不是证明我的优化有问题，需要加 ...

不对称不一定是错的，可能是因为Jahn-Teller效应导致对称性自发破缺的

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-8-2 01:16

din5g 发表于 2021-8-1 20:35
多谢wzkchem5老师，我猜也是这样了，体系最后的结构是自行优化出来的，是不是证明我的优化有问题，需要加 ...

你把这个体系截成了团簇用高斯算是吧？那哪里有地方给你考虑空间群。。。周期性都没了哪来空间群

作者
Author: ChemG 时间: 2021-8-2 12:38
如果做频率肯定会发现三个环共面的此结构有虚频。部分文献是没有固定原子，优化至没有虚频的结构。这样就有个疑问，是固定原子不考虑虚频，还是放开原子消除虚频，哪种会更合理一些呢

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-8-2 14:51

ChemG 发表于 2021-8-2 05:38
如果做频率肯定会发现三个环共面的此结构有虚频。部分文献是没有固定原子，优化至没有虚频的结构。这样就有 ...

理论上应该把被固定原子对Hessian的贡献投影掉，再做频率分析。不过我不知道高斯是不是这么做的，或者说是否支持这么做

作者
Author: din5g 时间: 2021-8-2 19:45

zjxitcc 发表于 2021-8-2 01:16
你把这个体系截成了团簇用高斯算是吧？那哪里有地方给你考虑空间群。。。周期性都没了哪来空间群

多谢zjxitcc老师，我的意思是在结构优化前，调整结构使其满足对称性再优化

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Author: Pamela 时间: 2021-8-2 21:19
请问你固定N原子后优化出来是平面吗？

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