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标题: PLUMED做metad求助 [打印本页]

作者
Author: sun666 时间: 2021-8-2 09:28
标题: PLUMED做metad求助
各位前辈好。请问GRID_MIN到GRID_MAX的范围要包括全空间吗，而不能在某一区域进行。比如z方向的位置（p.z）一定是0到盒子z方向的边长。

我在做metad的时候出现了以下报错：
+++ PLUMED error
+++ at Grid.cpp:170, function PLMD::GridBase::index_t
PLMD::GridBase::getIndex(const std::vector<unsigned int>&) const
+++ message follows +++
ERROR: the system is looking for a value outside the grid along the 1 (p.z)
index!

在格子外进行搜索，但是我看生成的HILLS文件最后面的内容显示p.z在4-5之间。而我设置的p.z为2.5-7.5，并没有超范围，为什么会出现这种情况。

plumed.dat内容为：
MOLINFO STRUCTURE=npt.pdb
Ni: GROUP ATOMS=24227
-o: GROUP ATOMS=24255
d: DISTANCE ATOMS=Ni,-o
p: POSITION ATOM=24227
metad: METAD ...
  ARG=d,p.z
  SIGMA=0.35,0.35
  HEIGHT=1
  PACE=500
  TEMP=298.15
  BIASFACTOR=10
  FILE=HILLS
# very permissive boundaries to avoid unexpected stops:
  GRID_MIN=0.1,2.5 GRID_MAX=4,8.5
...
PRINT ARG=d,p.z,metad.bias  FILE=COLVAR STRIDE=10

作者
Author: 王肖索 时间: 2025-1-21 15:40
我也遇到了这个问题，请问楼主是怎么解决的呢

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