计算化学公社

标题: 用多个mpi进程去跑mdrun的时候，需要加什么参数？ [打印本页]

作者
Author: jerrylp 时间: 2021-8-2 09:29
标题: 用多个mpi进程去跑mdrun的时候，需要加什么参数？
我刚接触gromacs，想问一下我如果想用多个mpi进程去跑mdrun的时候，需要加什么参数啊？
-np？还是-ntmpi
我用的-ntmpi，但是Fatal error:
Setting the number of thread-MPI ranks is only supported with thread-MPI and
GROMACS was compiled without thread-MPI
是什么意思啊，我编译的时候加上 -MPI=on这个参数了

作者
Author: jerrylp 时间: 2021-8-2 10:42
我的gromacs的编译参数
cmake ..
-DGMX_MPI=ON
-DCMAKE_C_COMPILER=mpicc
-DCMAKE_CXX_COMPILER=mpic++
-DCMAKE_BUILD_WITH_INSTALL_RPATH=TRUE
-DCMAKE_BUILD_WITH_INSTALL_NAME_DIR=TRUE
-DCMAKE_PREFIX_PATH=/usr/sw/yyzlib/xMath-SACA
-DBUILD_SHARED_LIBS=OFF -DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON
-DGMX_INSTALL_NBLIB_API=OFF
-DGMXAPI=OFF -DGMX_OPENMP=OFF
-DFFTWF_LIBRARY=/usr/sw/yyzlib/fftw-3.3.8f/lib/libfftw3f.a
-DFFTWF_INCLUDE_DIR=/usr/sw/yyzlib/fftw-3.3.8f/include
-DGMX_BLAS_USER=/home/export/online1/mdt00/shisuan/swqdsys/yumaoxue/yumaoxue/local/BLAS-3.8.0/libfblas.a
DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/export/online1/mdt00/shisuan/swqdsys/yumaoxue/yumaoxue/software/gmx

作者
Author: jimulation 时间: 2021-8-2 11:18
http://bbs.keinsci.com/thread-13861-1-1.html

作者
Author: jerrylp 时间: 2021-8-2 14:41
我用了-np 2 -ntomp 6 ，但是HYDU_create_process (utils/launch/launch.c:74): execvp error on file gmx_mpi (Permission denied)

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-2 20:21
如果不跨节点，绝对不要编译MPI版

仔细看此文怎么编译
GROMACS的安装方法（含全程视频演示）
http://sobereva.com/457（http://bbs.keinsci.com/thread-11821-1-1.html）

-ntmpi是thread-MPI方式并行才设的，跟MPI并行两码事

作者
Author: jerrylp 时间: 2021-8-3 15:25

sobereva 发表于 2021-8-2 20:21
如果不跨节点，绝对不要编译MPI版

仔细看此文怎么编译

我需要跨节点运行，就是在计算节点去进行计算

作者
Author: jerrylp 时间: 2021-8-3 15:25

sobereva 发表于 2021-8-2 20:21
如果不跨节点，绝对不要编译MPI版

仔细看此文怎么编译

还请您说明白一丢丢，谢谢🙏

作者
Author: snljty 时间: 2021-8-3 15:37

jerrylp 发表于 2021-8-3 15:25
还请您说明白一丢丢，谢谢🙏

3#给你的链接要多详细有多详细，你看都不看。

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