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标题: amber MD骨架RMSD求助 [打印本页]

作者
Author: Freshfish 时间: 2021-8-2 22:14
标题: amber MD骨架RMSD求助
本帖最后由 Freshfish 于 2021-8-2 22:18 编辑

各位老师好，

根据amber教程A3 MM-PBSA计算中（中文版本AMBER高级教程A3：MM-PBSA|Jerkwin），单次运行时长为500ps，运行4次获得总时长2ns的运算（抱歉，图片说明应该是500ps，我错误标成了ns）。

我有以下疑问：
（1）运行时长可以直接叠加吗，如果我要获得10ns的运行时长，运行20次即可？
（2）我自己的MD计划运行100ns，于是我运行了2个50ns的，可是我用cpptraj计算骨架RMSD时的情况如下，在第一个50ns和第二个50ns中间有一个明显的落差，而教程中的骨架RMSD则没有明显的落差。请问是我理解有问题，还是我利用measure_equil_rmsd.ptraj脚本提取有问题呢（脚本内容与教程中几乎一致）？

作者
Author: rpestana94 时间: 2021-8-3 00:43
Are you sure you selected the right coord file, it looks like for the second part of the simulation you take the initial coordinate intead of the previous coordinate

作者
Author: Freshfish 时间: 2021-8-3 09:25

rpestana94 发表于 2021-8-3 00:43
Are you sure you selected the right coord file, it looks like for the second part of the simulation ...

噢，我突然明白了。我第二次运行的确是以初始的坐标参数运行的，万分感谢！
又有一个小问题，如果这样的话，分多次运行的优势是什么呢，直接设置总时长1次运行不就好了吗？

作者
Author: rpestana94 时间: 2021-8-3 09:44

Freshfish 发表于 2021-8-2 20:25
噢，我突然明白了。我第二次运行的确是以初始的坐标参数运行的，万分感谢！
又有一个小问题，如果这样的 ...

You can do both and is fine, as far I know, but depending in what you want, you can use one or another, check this two links, are discussions about that:

https://www.researchgate.net/pos ... -multiple-short-MDs

https://www.researchgate.net/pos ... ltiple_run_dynamics

作者
Author: c00jsw00 时间: 2021-8-3 11:34
restart file 可以設定小一點...不過你的RMSD變動真的太大了..要檢查一下結構

作者
Author: fhh2626 时间: 2021-8-3 11:41

Freshfish 发表于 2021-8-3 09:25
噢，我突然明白了。我第二次运行的确是以初始的坐标参数运行的，万分感谢！
又有一个小问题，如果这样的 ...

你这种情况多次运行没有什么特别的优势，并且会放大initial bias的影响

作者
Author: Freshfish 时间: 2021-8-4 15:58

c00jsw00 发表于 2021-8-3 11:34
restart file 可以設定小一點...不過你的RMSD變動真的太大了..要檢查一下結構

你好，进一步请教一下， restart file设定小一点是什么意思？
RMSD变动大是因为这是一个蛋白-蛋白复合体，可能有一些构象变化，我将restrain_wt设定值提高了一些，RMSD变动小了很多。但是收敛时间依然是不太短。我尝试将restrain_wt设为500或者1000，结果会报错：“Coordinate resetting (SHAKE) cannot be accomplished, deviation is too large.”

作者
Author: Freshfish 时间: 2021-8-4 16:00

fhh2626 发表于 2021-8-3 11:41
你这种情况多次运行没有什么特别的优势，并且会放大initial bias的影响

我根据rpestana94推荐的网站，发现部分情况分多次运行更有好处。根据您的建议，单次运行更好，请教一下，是因为MD的运行对象有区别或者是有其他判断标准吗？
十分感谢。

作者
Author: fhh2626 时间: 2021-8-8 14:07

Freshfish 发表于 2021-8-4 16:00
我根据rpestana94推荐的网站，发现部分情况分多次运行更有好处。根据您的建议，单次运行更好，请教一下， ...

具有随机性的非平衡模拟才需要多次运行，平衡模拟单次、长时间运行更好

作者
Author: boinboinxu 时间: 2023-12-28 15:42

Freshfish 发表于 2021-8-3 09:25
噢，我突然明白了。我第二次运行的确是以初始的坐标参数运行的，万分感谢！
又有一个小问题，如果这样的 ...

请问第二次运行怎么选择以第一次的初始坐标计算RMSD呀？

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