计算化学公社

标题: 求助：分子沿z轴放置问题 [打印本页]

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Author: 1971806673 时间: 2021-8-3 10:19
标题: 求助：分子沿z轴放置问题
老师您好，我构建了一条聚合物分子链，但是我把这条链放在一个盒子里的时候，发现这条链并不是沿着z轴方向的，请问老师有什么办法可以让这条链沿着z轴放置，并垂直x轴和y轴？麻烦老师了。

作者
Author: lyj714 时间: 2021-8-3 12:09
我很想知道当别人给你提供方法和解答的时候你有没有认真去看，正如我在你前面那个帖子的回复http://bbs.keinsci.com/thread-24448-1-1.html
生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem一文，中的介绍中有一段

输入的磷脂pdb文件中，磷脂头部应当冲着Z轴正方向。旋转分子可以在VMD或GaussView等程序里做，也可以通过GROMACS的editconf命令来做，比如
gmx editconf -f MGDG366.pdb -o MGDG366z.pdb -align -1 0 0 -princ -center 0 0 0

看了这个也不至于总是问这种问题。

作者
Author: 1971806673 时间: 2021-8-3 14:52

lyj714 发表于 2021-8-3 12:09
我很想知道当别人给你提供方法和解答的时候你有没有认真去看，正如我在你前面那个帖子的回复http://bbs.kei ...

好的好的，抱歉老师

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