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标题: 求助：多肽C端酰胺化处理后的拓扑文件的构建问题 [打印本页]

作者
Author: TOPGAO 时间: 2021-8-3 17:35
标题: 求助：多肽C端酰胺化处理后的拓扑文件的构建问题
本帖最后由 TOPGAO 于 2021-8-4 15:53 编辑

我在做模拟的时候，将多肽的C端酰胺化之后，构件拓扑出现报错，加了-ter发现选项里没有酰胺化这样的C端拓扑处理。
请教各位老师们，这样的情况该怎么处理，感激不尽

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-12 05:46
诸如amber力场目录下的aminoacids.rtp都有[ACE]，确保pdb文件里酰胺残基名也是ACE，并且原子名和rtp里的对应。不需要-ter

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