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标题: 用MS下的Dmol3模块进行过渡态搜索时生成的轨迹图问题 [打印本页]

作者
Author: ysmmsy8 时间: 2021-8-3 18:44
标题: 用MS下的Dmol3模块进行过渡态搜索时生成的轨迹图问题
本帖最后由 ysmmsy8 于 2021-8-3 18:44 编辑

各位老师好：我在在MS下的Dmol3模块进行过渡态搜索，反应物和产物的结构模型都已经优化好且都无虚频，进行过渡态搜索前原子匹配后生成的轨迹文件中，吸附的气体分子跑到盒子外边了，请教一下各位老师这种情况是出于什么原因，该怎么进行调整？
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作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-8-4 08:48
反应物产物都调整为Origin，如果有超出周期的原子，把分数坐标±1调整到0~1范围；然后再试试看。

作者
Author: ysmmsy8 时间: 2021-8-7 09:51

卡开发发发表于 2021-8-4 08:48
反应物产物都调整为Origin，如果有超出周期的原子，把分数坐标±1调整到0~1范围；然后再试试看。

好滴好滴谢谢老师啦

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