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标题: gromacs力场中锰离子力场参数补全求助 [打印本页]

作者
Author: Chris——szk 时间: 2021-8-4 14:07
标题: gromacs力场中锰离子力场参数补全求助
各位老师好，我最近做的一个酶当中含有锰离子，所以想问一下老师们如何在gromacs的力场文件中添加进去锰离子的相关参数进行模拟呢？或者那里网站上有二价锰离子的参数么？谢谢

作者
Author: 5撇到3撇 时间: 2021-8-4 23:33
这个是不是要去力场网站上面下载相关的力场文件呢

作者
Author: Chris——szk 时间: 2021-8-5 00:16

5撇到3撇发表于 2021-8-4 23:33
这个是不是要去力场网站上面下载相关的力场文件呢

这个我已经查到了，然后是要下载力场文件的，然后根据自己体系加参数，因为我是用的charmm力场，所以就是在merge.rtp文件中加上锰的原子类型和电荷等参数，然后再atomtypes.atp文件中加上锰原子和他的相对原子质量，然后再向ffnonbonded.itp文件中添加参数，可以找文献，也可以Google搜一下，全部准备完之后估计就没什么问题了

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