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标题: 求助gromacs模拟甲醇盒子报错 [打印本页]

作者
Author: wangaogui 时间: 2021-8-6 16:40
标题: 求助gromacs模拟甲醇盒子报错
刚接触gromacs，我的课题是做小分子的气液平衡，就想拿甲醇先练手，按照sob老师（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）教程里面现成的甲醇盒子pdb文件，opls-aa力场自带甲醇的itp，include进去之后如图，opls-aa力场里的aminoacids.rtp也在最后把甲醇加进去了，甲醇分子在rtp，itp等文件里面统一叫meth，但是输入gmx pdb2gmx -f methanol-box.pdb -p methanol.top -o meth.gro之后还是显示Fatal error:Residue '' not found in residue topology database

请问是哪里出了错，这种非蛋白质体系的建立应该是个什么步骤

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-6 22:24
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的过于含糊的标题“求助gromacs”改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-6 22:41
完全不需要用pdb2gmx

top的内容和结构文件对应就行了，小分子构成的体系直接手写top，用pdb2gmx完全多此一举、徒增麻烦

第二个include里//改成/

作者
Author: wangaogui 时间: 2021-8-9 14:18

sobereva 发表于 2021-8-6 22:41
完全不需要用pdb2gmx

top的内容和结构文件对应就行了，小分子构成的体系直接手写top，用pdb2gmx完全多此 ...

感谢sob老师，今天再试试

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