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标题: 求助CH2CF2单体连接成的长链体系散开问题 [打印本页]

作者
Author: 1971806673 时间: 2021-8-8 15:45
标题: 求助CH2CF2单体连接成的长链体系散开问题
老师，您好，我的模型是一条由CH2CF2单体连接成的具有84个重复单元的长链，我就进行了能量最小化，我看了一下结构文件，为什么模型都成了分开的一个又一个的小单元呢？
附上自己的mdp、gro、topol、itp文件，麻烦老师了。

作者
Author: 1971806673 时间: 2021-8-8 15:48
老师，这是能量最小化之后的结构

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-9 19:18
跑MD，如果只是没显示出C-C键长，但是C-C键长还是在合理范围，就不用管，纯粹是VMD判断的问题
仔细看此文
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

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