lyj714 发表于 2021-8-18 23:27
pdb中甲烷分子,水分子内部原子顺序都不是严格按照C-H-H-H-H和O-H-H的顺序出现的,能模拟成功就见鬼了。
牧生 发表于 2021-8-19 08:11
请大佬能不能授人以渔啊,如何得到一个排序正确的甲烷水合物pdb
lyj714 发表于 2021-8-21 11:54
我的建议是自己编写程序,对每一个C和O氧原子周围的H做一个遍历循环,计算找出C-H和O-H距离符合实际键长 ...
牧生 发表于 2021-8-23 11:20
感谢大佬对我的帮助。
sob大佬已经给予了鱼和渔了。但我仍然遇到了一个看似简单,我却一直无法解决的问 ...
lyj714 发表于 2021-8-23 14:01
top中的分子不能合并这一点我就先不说了,你这mix.gro中的甲烷水合物中的H2O顺序不对啊,323行你开始看, ...
lyj714 发表于 2021-8-23 19:11
哪里来的自信说顺序对了,H-H-O你认为个spc.itp中的[ atoms ]字段出现的顺序一样???你仔细看看吧。我 ...
lyj714 发表于 2021-8-23 19:15
哪里来的自信说顺序对了,你这个gro中的是H-H-O,但是你spc.itp中的atoms字段可是OHH的顺序啊,除非你把s ...
foodie 发表于 2021-12-9 17:55
请问楼主,如何用Multiwfn理顺pdb文件中的甲烷和水的原子顺序呀
牧生 发表于 2021-12-9 19:00
http://bbs.keinsci.com/thread-21676-2-1.html
22楼和25楼
牧生 发表于 2021-8-23 11:20
感谢大佬对我的帮助。
sob大佬已经给予了鱼和渔了。但我仍然遇到了一个看似简单,我却一直无法解决的问 ...
高处裹棉被 发表于 2022-3-15 22:58
楼主好,我也遇到了同样的问题,想请教一下sob大佬说的方法是什么?
牧生 发表于 2021-8-23 17:32
感谢大佬的帮助。。
我重新调了顺序,使用packmol建立了甲烷水合物+200水分子+10个甲烷分子的盒子,大 ...
faylovesnow 发表于 2022-8-1 16:49
我现在已经使用sob老师的方法用Multiwfn理顺了pdb中的原子排序。确保了pdb中原子顺序严格按照C-H-H-H-H和 ...
牧生 发表于 2022-8-1 16:55
TIP4PICE用这里面的参数就行https://zhuanlan.zhihu.com/p/75785937?from_voters_page=true
甲烷的itp文 ...
faylovesnow 发表于 2022-8-1 17:11
请教一个问题,这里用的三点水模型,计划在能量最小化以后,再转为四点水模型。请问为何如此操作呢?谢谢
牧生 发表于 2022-8-1 17:19
第一种方法:linux下用命令,但这个命令对于原子数从9999到10000的时候,就会因为没有空格而识别不了加虚 ...
faylovesnow 发表于 2022-8-2 00:11
感谢您的科普,又学习到了。
我的本意是想问,为何不开始就使用4点水模型呢?谢谢
高糕糕 发表于 2022-11-8 11:48
楼主,你好。
我遇到了10L和你一样的问题,请问是11L的回答吗?
牧生 发表于 2022-11-8 12:31
比如水中氢,和甲烷的氢,实际上就要用不同的参数,它们是不一样的。
保险起见,我就把它们二者名字也改 ...
牧生 发表于 2022-11-8 12:31
比如水中氢,和甲烷的氢,实际上就要用不同的参数,它们是不一样的。
保险起见,我就把它们二者名字也改 ...
Pity 发表于 2023-3-10 23:31
楼主您好,我也遇到了同样的问题,但我照您11L解决方式更改后会出现原子C_EPM2d NOT FOUND的报错,不知这 ...
牧生 发表于 2023-3-11 09:24
其实我以前做的不太正确,现在能非常正确的做MD了。
你目前遇到的这个问题,大概率是因为include的内 ...
zheng1994517 发表于 2024-9-21 19:44
老师您好,我也在做类似的研究,但我发现了一个和您之前碰到类似的问题,就是在模拟水合物过程中出现气泡 ...
牧生 发表于 2024-9-22 08:37
如果你预先加入了甲烷水合物的晶胞作为种子,那么是没问题的。
我是直接用gaff+RESP电荷,从没什么问题 ...
zheng1994517 发表于 2024-9-22 17:11
感谢您百忙之中给予的答复!我这个用的是全原子模型,并且在初始建模过程中确实加入了水合物晶胞,这里附 ...
牧生 发表于 2024-9-23 06:59
GAFF和opls不兼容,全都用gaff或者全都用opls,不能混用。
NVT是完全没必要的。
聚合物用gaff也是非常 ...
牧生 发表于 2024-9-23 06:59
GAFF和opls不兼容,全都用gaff或者全都用opls,不能混用。
NVT是完全没必要的。
聚合物用gaff也是非常 ...
Dalin 发表于 2024-10-8 16:57
老师您好,我在AUTOff网站上生成GAFF的甲烷,但是他提示GAFF和TIP4P/ice不兼容,可能会产生不准确的模拟 ...
grace123 发表于 2024-12-6 20:04
请问已经有甲烷水合物晶胞了,如何生成二氧化碳水合物晶胞呢,我是直接在甲烷水合物gro文件将两个氢删去, ...
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