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标题: 使用现成的甲烷水合物跑MD，在能量最小化这一步，原子名就对不上，无法继续 [打印本页]
作者
Author: 牧生    时间: 2021-8-18 21:55
标题: 使用现成的甲烷水合物跑MD，在能量最小化这一步，原子名就对不上，无法继续
本帖最后由 牧生 于 2021-8-18 22:13 编辑

一、尝试做甲烷水合物的模拟，使用CrystalMaker直接生成一个甲烷水合物的pdb晶胞，
(, 下载次数 Times of downloads: 55)

二、使用ligpargen在线得到甲烷的itp文件，把[ atomtypes ]内容剪切到ffnonbonded.itp，用opls力场，把forcefield.itp，ffnonbonded.itp等相关文件都复制到当前目录下
三、根据碳原子和氧原子的数量，手搓top文件为
#include "forcefield.itp"
;#include "tip4p-ice.itp"
#include "spce.itp"                ;这里用的三点水模型，计划在能量最小化以后，再转为四点水模型
#include "jiawan.itp"            ；其次才出现甲烷的itp
[ system ]
jiawan in water
[ molecules ]
; Compound        nmols
SOL           2484    ;先出现水
jiawan      432      ；再出现甲烷


四、对这个水合物晶胞进行能量最小化，就报错：

Setting the LD random seed to 1566708099
Generated 337431 of the 337431 non-bonded parameter combinations
Generating 1-4 interactions: fudge = 0.5
Generated 337431 of the 337431 1-4 parameter combinations
Excluding 2 bonded neighbours molecule type 'SOL'
Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'jiawan'
Warning: atom name 1 in topol.top and 333.gro does not match (OW - C)
Warning: atom name 2 in topol.top and 333.gro does not match (HW1 - C)
Warning: atom name 3 in topol.top and 333.gro does not match (HW2 - C)
Warning: atom name 4 in topol.top and 333.gro does not match (OW - C)
Warning: atom name 5 in topol.top and 333.gro does not match (HW1 - C)
Warning: atom name 6 in topol.top and 333.gro does not match (HW2 - C)
Warning: atom name 7 in topol.top and 333.gro does not match (OW - C)
Warning: atom name 8 in topol.top and 333.gro does not match (HW1 - C)
Warning: atom name 9 in topol.top and 333.gro does not match (HW2 - C)
Warning: atom name 10 in topol.top and 333.gro does not match (OW - C)
Warning: atom name 11 in topol.top and 333.gro does not match (HW1 - C)
Warning: atom name 12 in topol.top and 333.gro does not match (HW2 - C)
Warning: atom name 13 in topol.top and 333.gro does not match (OW - C)
Warning: atom name 14 in topol.top and 333.gro does not match (HW1 - C)
Warning: atom name 15 in topol.top and 333.gro does not match (HW2 - C)
Warning: atom name 16 in topol.top and 333.gro does not match (OW - C)
Warning: atom name 17 in topol.top and 333.gro does not match (HW1 - C)
Warning: atom name 18 in topol.top and 333.gro does not match (HW2 - C)
Warning: atom name 19 in topol.top and 333.gro does not match (OW - C)
Warning: atom name 20 in topol.top and 333.gro does not match (HW1 - C)
(more than 20 non-matching atom names)

WARNING 1 [file topol.top, line 17]:
  9612 non-matching atom names
  atom names from topol.top will be used
  atom names from 333.gro will be ignored

Removing all charge groups because cutoff-scheme=Verlet
Analysing residue names:
There are:  2484      Water residues
There are:   432      Other residues
Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups...
Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 28833.00
Calculating fourier grid dimensions for X Y Z
Using a fourier grid of 60x32x32, spacing 0.118 0.111 0.111
Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: 0.18
This run will generate roughly 57 Mb of data

There was 1 warning

-------------------------------------------------------
Program:     gmx grompp, version 2019.6
Source file: src\gromacs\gmxpreprocess\grompp.cpp (line 2315)

Fatal error:
Too many warnings (1).
If you are sure all warnings are harmless, use the -maxwarn option.
但是看起来，top中，甲烷和水的顺序是对了的，为何原子名也是对不上的？




五、如果，我把top里面甲烷和水的位置换一下，会有如下报错（当然，我知道这个是因为顺序不对而报错）。
Setting the LD random seed to 368889344
Generated 337431 of the 337431 non-bonded parameter combinations
Generating 1-4 interactions: fudge = 0.5
Generated 337431 of the 337431 1-4 parameter combinations
Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'jiawan'
Excluding 2 bonded neighbours molecule type 'SOL'
Warning: atom name 1 in topol.top and 333.gro does not match (C00 - C)
Warning: atom name 2 in topol.top and 333.gro does not match (H01 - C)
Warning: atom name 3 in topol.top and 333.gro does not match (H02 - C)
Warning: atom name 4 in topol.top and 333.gro does not match (H03 - C)
Warning: atom name 5 in topol.top and 333.gro does not match (H04 - C)
Warning: atom name 6 in topol.top and 333.gro does not match (C00 - C)
Warning: atom name 7 in topol.top and 333.gro does not match (H01 - C)
Warning: atom name 8 in topol.top and 333.gro does not match (H02 - C)
Warning: atom name 9 in topol.top and 333.gro does not match (H03 - C)
Warning: atom name 10 in topol.top and 333.gro does not match (H04 - C)
Warning: atom name 11 in topol.top and 333.gro does not match (C00 - C)
Warning: atom name 12 in topol.top and 333.gro does not match (H01 - C)
Warning: atom name 13 in topol.top and 333.gro does not match (H02 - C)
Warning: atom name 14 in topol.top and 333.gro does not match (H03 - C)
Warning: atom name 15 in topol.top and 333.gro does not match (H04 - C)
Warning: atom name 16 in topol.top and 333.gro does not match (C00 - C)
Warning: atom name 17 in topol.top and 333.gro does not match (H01 - C)
Warning: atom name 18 in topol.top and 333.gro does not match (H02 - C)
Warning: atom name 19 in topol.top and 333.gro does not match (H03 - C)
Warning: atom name 20 in topol.top and 333.gro does not match (H04 - C)
(more than 20 non-matching atom names)

WARNING 1 [file topol.top, line 16]:
  9612 non-matching atom names
  atom names from topol.top will be used
  atom names from 333.gro will be ignored


请大佬帮忙看看，为何这个pdb晶胞，在进行能量最小化这一步，原子名都对不上呢。如果强行忽略这个报错，那么能量最小化以后，晶体结构就散了。

附上所用的文件

(, 下载次数 Times of downloads: 50)
(, 下载次数 Times of downloads: 78)
(, 下载次数 Times of downloads: 60) (, 下载次数 Times of downloads: 39)
(, 下载次数 Times of downloads: 31)
(, 下载次数 Times of downloads: 30)


pdb文件略大，传到了蓝奏云，将后缀改为pdb即可https://wwa.lanzoui.com/i9fATstho8b







作者
Author: lyj714    时间: 2021-8-18 23:27
pdb中甲烷分子，水分子内部原子顺序都不是严格按照C-H-H-H-H和O-H-H的顺序出现的，能模拟成功就见鬼了。
作者
Author: 牧生    时间: 2021-8-19 08:11
lyj714 发表于 2021-8-18 23:27
pdb中甲烷分子，水分子内部原子顺序都不是严格按照C-H-H-H-H和O-H-H的顺序出现的，能模拟成功就见鬼了。

请大佬能不能授人以渔啊，如何得到一个排序正确的甲烷水合物pdb
作者
Author: lyj714    时间: 2021-8-21 11:54
牧生 发表于 2021-8-19 08:11
请大佬能不能授人以渔啊，如何得到一个排序正确的甲烷水合物pdb

我的建议是自己编写程序，对每一个C和O氧原子周围的H做一个遍历循环，计算找出C-H和O-H距离符合实际键长的H，按照C-H-H-H和O-H-H的顺序输出坐标即可。这就是授人以渔，但实际上如果你连最基本的编程都不会，那我的渔对你一点用处都没有，所以鱼比渔要更直接。
作者
Author: 牧生    时间: 2021-8-23 11:20
lyj714 发表于 2021-8-21 11:54
我的建议是自己编写程序，对每一个C和O氧原子周围的H做一个遍历循环，计算找出C-H和O-H距离符合实际键长 ...

感谢大佬对我的帮助。
sob大佬已经给予了鱼和渔了。但我仍然遇到了一个看似简单，我却一直无法解决的问题。请帮忙看一下问题出在哪里。

分别都试过使用amber力场，opls力场，都是一样的情况。

第一步：CrystalMaker建立了甲烷水合物晶胞，用Multiwfn理顺了pdb中的原子排序。确保了pdb中原子顺序严格按照C-H-H-H-H和O-H-H出现，晶胞大小为2.4×2.4×2.4

第二步：使用packmol建立了甲烷水合物和水的一个盒子，大小为2.4×2.4×4.0

第三步：能量最小以后，将得到的gro文件转为四点水模型。修改四点水模型后的gro文件中原子总数，并理顺gro中的原子编号。

第四步：低温下（260K）进行NPT模拟，可以看到水合物的部分基本保持原状，水的部分有缓慢结冰的迹象。

图形如下： (, 下载次数 Times of downloads: 48)     (, 下载次数 Times of downloads: 54)


问题出在下面的操作中，一旦用packmol加入的是甲烷和水分子，进行操作就出错了，具体如下：

第一步和之前一样：CrystalMaker建立了甲烷水合物晶胞，用Multiwfn理顺了pdb中的原子排序。确保了pdb中原子顺序严格按照C-H-H-H-H和O-H-H出现，晶胞大小为2.4×2.4×2.4

第二步，仅仅多加入了几个甲烷：使用packmol建立了甲烷水合物和水和10个甲烷分子的一个盒子，大小为2.4×2.4×4.0      （也尝试过只加一个甲烷，也会有问题。也试过建立层状的水合物——水——甲烷的体系，也有问题）

第三步：能量最小这一步就错了。虽然表面上看来进行完成了，但实际上，vmd打开得到的gro文件就有问题，
Warning) Unusual bond between residues:  2 (none) and 391 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  8 (none) and 389 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  11 (none) and 348 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  12 (none) and 229 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  15 (none) and 352 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  18 (none) and 203 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  18 (none) and 203 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  20 (none) and 261 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  22 (none) and 406 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  24 (none) and 209 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  24 (none) and 265 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  24 (none) and 209 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  30 (none) and 126 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  30 (none) and 226 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  35 (none) and 340 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  39 (none) and 344 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  40 (none) and 273 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  43 (none) and 298 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  43 (none) and 298 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  46 (none) and 367 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  46 (none) and 367 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  64 (none) and 270 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  66 (none) and 130 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  66 (none) and 166 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  66 (none) and 387 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  66 (none) and 387 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  67 (none) and 178 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  67 (none) and 225 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  67 (none) and 368 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  67 (none) and 384 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  68 (none) and 158 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  71 (none) and 397 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  71 (none) and 268 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  73 (none) and 171 (waters)
Info)    Segments: 1
Info)    Fragments: 1402   Protein: 0   Nucleic: 0
The alascan package could not be loaded:

图形如下：
(, 下载次数 Times of downloads: 35)

使用的文件如下：


(, 下载次数 Times of downloads: 39)
(, 下载次数 Times of downloads: 24)
(, 下载次数 Times of downloads: 23)
(, 下载次数 Times of downloads: 20)
(, 下载次数 Times of downloads: 21)
(, 下载次数 Times of downloads: 51)
(, 下载次数 Times of downloads: 51)

运行以下命令后，盒子中的水分子就乱了，使用的em.mdp文件都是同一个
gmx grompp -f em.mdp -c mix.gro -p topol.top -o em-sol.tpr -maxwarn 80
gmx mdrun -deffnm em-sol -v


请教一下怎么办
作者
Author: lyj714    时间: 2021-8-23 14:01
牧生 发表于 2021-8-23 11:20
感谢大佬对我的帮助。
sob大佬已经给予了鱼和渔了。但我仍然遇到了一个看似简单，我却一直无法解决的问 ...

top中的分子不能合并这一点我就先不说了，你这mix.gro中的甲烷水合物中的H2O顺序不对啊，323行你开始看，明显的H-H-O的顺序。
作者
Author: 牧生    时间: 2021-8-23 17:32
lyj714 发表于 2021-8-23 14:01
top中的分子不能合并这一点我就先不说了，你这mix.gro中的甲烷水合物中的H2O顺序不对啊，323行你开始看， ...

感谢大佬的帮助。。

我重新调了顺序，使用packmol建立了甲烷水合物+200水分子+10个甲烷分子的盒子，大小2.4×2.4×4，并检查看，甲烷全部是C-H-H-H-H，水分子都是H-H-O    （这里水分子用了培训班的pdb文件）

但是能量最小化，还是一样的提示，

Warning: atom name 1 in topol.top and mix.gro does not match (C00 - C)
Warning: atom name 2 in topol.top and mix.gro does not match (H01 - H)
Warning: atom name 3 in topol.top and mix.gro does not match (H02 - H)
Warning: atom name 4 in topol.top and mix.gro does not match (H03 - H)
Warning: atom name 5 in topol.top and mix.gro does not match (H04 - H)
Warning: atom name 6 in topol.top and mix.gro does not match (C00 - C)
Warning: atom name 7 in topol.top and mix.gro does not match (H01 - H)
Warning: atom name 8 in topol.top and mix.gro does not match (H02 - H)
Warning: atom name 9 in topol.top and mix.gro does not match (H03 - H)
Warning: atom name 10 in topol.top and mix.gro does not match (H04 - H)
Warning: atom name 11 in topol.top and mix.gro does not match (C00 - C)
Warning: atom name 12 in topol.top and mix.gro does not match (H01 - H)
Warning: atom name 13 in topol.top and mix.gro does not match (H02 - H)
Warning: atom name 14 in topol.top and mix.gro does not match (H03 - H)
Warning: atom name 15 in topol.top and mix.gro does not match (H04 - H)
Warning: atom name 16 in topol.top and mix.gro does not match (C00 - C)
Warning: atom name 17 in topol.top and mix.gro does not match (H01 - H)
Warning: atom name 18 in topol.top and mix.gro does not match (H02 - H)
Warning: atom name 19 in topol.top and mix.gro does not match (H03 - H)
Warning: atom name 20 in topol.top and mix.gro does not match (H04 - H)
(more than 20 non-matching atom names)



这些错误只是原子名对不上而已，我觉得是可以忽略的。-maxwarn 忽略以后，得到了gro文件，VMD打开这个gro时，有提示

Warning) Unusual bond between residues:  2 (none) and 315 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  3 (none) and 579 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  4 (none) and 109 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  4 (none) and 109 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  5 (none) and 275 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  7 (none) and 126 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  8 (none) and 362 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  9 (none) and 302 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  10 (none) and 388 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  10 (none) and 227 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  11 (none) and 165 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  12 (none) and 94 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  12 (none) and 294 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  13 (none) and 360 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  13 (none) and 360 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  13 (none) and 375 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  14 (none) and 426 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  14 (none) and 426 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  14 (none) and 426 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  14 (none) and 86 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  15 (none) and 485 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  15 (none) and 485 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  19 (none) and 169 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  20 (none) and 253 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  20 (none) and 165 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  20 (none) and 213 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  21 (none) and 294 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  28 (none) and 530 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  29 (none) and 362 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  29 (none) and 362 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  34 (none) and 267 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  34 (none) and 267 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  38 (none) and 256 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  39 (none) and 382 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  40 (none) and 141 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  44 (none) and 312 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  45 (none) and 77 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  46 (none) and 254 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  47 (none) and 170 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  47 (none) and 384 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  47 (none) and 238 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  48 (none) and 342 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  48 (none) and 348 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  48 (none) and 394 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  48 (none) and 346 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  54 (none) and 416 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  57 (none) and 412 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  60 (none) and 197 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  61 (none) and 82 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  62 (none) and 199 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  63 (none) and 327 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  65 (none) and 197 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  65 (none) and 282 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  65 (none) and 293 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  65 (none) and 405 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  67 (none) and 127 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  72 (none) and 383 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  72 (none) and 126 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  72 (none) and 383 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  72 (none) and 398 (waters)



既然顺序对了，那么可能的错误就是您提到的“top中的分子不能合并这一点我就先不说了”，请能否再次帮我一下，如何在这里写一个正确的top。

(, 下载次数 Times of downloads: 45)

(, 下载次数 Times of downloads: 43)


作者
Author: lyj714    时间: 2021-8-23 19:11
本帖最后由 lyj714 于 2021-8-23 19:16 编辑

后面回复
作者
Author: lyj714    时间: 2021-8-23 19:15
lyj714 发表于 2021-8-23 19:11
哪里来的自信说顺序对了，H-H-O你认为个spc.itp中的[ atoms ]字段出现的顺序一样？？？你仔细看看吧。我 ...

哪里来的自信说顺序对了，你这个gro中的是H-H-O，但是你spc.itp中的atoms字段可是OHH的顺序啊，除非你把spc.itp中所有东西，包括原子顺序，成键原子弄对，否则就错误的。另外我说的不能合并指的是top你的两部分甲烷不能合并到一起，分子字段这一部分展开以后必须和你的gro匹配才行，也就是说你只要另外加入了其他分子，不管之前有没有相同的分子，都不要合并，按照你的这个gro，后面的几个甲烷必须写到SOL的后面，
作者
Author: 牧生    时间: 2021-9-1 17:33
本帖最后由 牧生 于 2021-9-1 17:36 编辑
lyj714 发表于 2021-8-23 19:15
哪里来的自信说顺序对了，你这个gro中的是H-H-O，但是你spc.itp中的atoms字段可是OHH的顺序啊，除非你把s ...
感谢大佬的回答。做的甲烷水合物，有点像那么回事了。
有一个小疑问，看过一些文献，好多都是在纳秒就结晶了，我都跑了几微秒，才有一点结晶的迹象，这让我有点困惑。 (, 下载次数 Times of downloads: 41)

(, 下载次数 Times of downloads: 41)




现在有个新出现的问题，我做二氧化碳水合物，将二氧化碳水合物单胞扩展为2×2×2的超胞，然后使用packmol将二氧化碳水合物晶体和水，二氧化碳建立在一个盒子里面，然后将mix.pdb转为mix.gro，并在末尾加上盒子的尺寸，能量最小化以后，二氧化碳水合物晶体就瓦解了，证明我的参数不对。
提示报错为：
Warning: atom name 140 in topol.top and mix.gro does not match (O1 - O)
Warning: atom name 141 in topol.top and mix.gro does not match (O2 - O)
……
Warning: atom name 306 in topol.top and mix.gro does not match (O2 - O)

(more than 20 non-matching atom names)

top中也是按照gro中出现的水-二氧化碳-水-二氧化碳-水-二氧化碳的顺序来编排的。
我检查了一下，发现CO2中的氧原子被识别为水中的氧原子，请问一下如何解决。（原谅我又菜又爱玩）

(, 下载次数 Times of downloads: 39)
(, 下载次数 Times of downloads: 58)
(, 下载次数 Times of downloads: 44)
(, 下载次数 Times of downloads: 40)
(, 下载次数 Times of downloads: 32)
(, 下载次数 Times of downloads: 30)




作者
Author: 牧生    时间: 2021-9-5 16:19
本帖最后由 牧生 于 2021-9-5 16:22 编辑

问题已经解决，我犯了个很基础的错误。

将[ atomtypes ]写进ffnonbonded.itp，且分开写O1和O2，就能和itp中的O1和O2对应
C1         6     12.01     0.0000    A       0.2757   0.23388
O1         8     16.00     0.0000    A       0.3033   0.66937
O2         8     16.00     0.0000    A       0.3033   0.66937

我真是又菜又爱玩
作者
Author: foodie    时间: 2021-12-9 17:55
请问楼主，如何用Multiwfn理顺pdb文件中的甲烷和水的原子顺序呀
作者
Author: 牧生    时间: 2021-12-9 19:00
foodie 发表于 2021-12-9 17:55
请问楼主，如何用Multiwfn理顺pdb文件中的甲烷和水的原子顺序呀

http://bbs.keinsci.com/thread-21676-2-1.html

22楼和25楼
作者
Author: foodie    时间: 2021-12-9 21:31
牧生 发表于 2021-12-9 19:00
http://bbs.keinsci.com/thread-21676-2-1.html

22楼和25楼

感谢 成功解决~
作者
Author: 高处裹棉被    时间: 2022-3-15 22:58
牧生 发表于 2021-8-23 11:20
感谢大佬对我的帮助。
sob大佬已经给予了鱼和渔了。但我仍然遇到了一个看似简单，我却一直无法解决的问 ...

楼主好，我也遇到了同样的问题，想请教一下sob大佬说的方法是什么？
作者
Author: 牧生    时间: 2022-3-16 07:09
高处裹棉被 发表于 2022-3-15 22:58
楼主好，我也遇到了同样的问题，想请教一下sob大佬说的方法是什么？

http://bbs.keinsci.com/thread-21676-2-1.html
以及本帖第九楼


作者
Author: faylovesnow    时间: 2022-8-1 16:49
牧生 发表于 2021-8-23 17:32
感谢大佬的帮助。。

我重新调了顺序，使用packmol建立了甲烷水合物+200水分子+10个甲烷分子的盒子，大 ...

我现在已经使用sob老师的方法用Multiwfn理顺了pdb中的原子排序。确保了pdb中原子顺序严格按照C-H-H-H-H和O-H-H出现。能请教您如何创建对应的top吗？谢谢
作者
Author: 牧生    时间: 2022-8-1 16:55
faylovesnow 发表于 2022-8-1 16:49
我现在已经使用sob老师的方法用Multiwfn理顺了pdb中的原子排序。确保了pdb中原子顺序严格按照C-H-H-H-H和 ...

TIP4PICE用这里面的参数就行https://zhuanlan.zhihu.com/p/75785937?from_voters_page=true
甲烷的itp文件，用sobtop可以得到，或者ligpargen也不错
作者
Author: faylovesnow    时间: 2022-8-1 17:00
牧生 发表于 2022-8-1 16:55
TIP4PICE用这里面的参数就行https://zhuanlan.zhihu.com/p/75785937?from_voters_page=true
甲烷的itp文 ...

收到，谢谢您。
作者
Author: faylovesnow    时间: 2022-8-1 17:11
请教一个问题，这里用的三点水模型，计划在能量最小化以后，再转为四点水模型。请问为何如此操作呢？谢谢
作者
Author: 牧生    时间: 2022-8-1 17:19
faylovesnow 发表于 2022-8-1 17:11
请教一个问题，这里用的三点水模型，计划在能量最小化以后，再转为四点水模型。请问为何如此操作呢？谢谢

第一种方法：linux下用命令，但这个命令对于原子数从9999到10000的时候，就会因为没有空格而识别不了加虚原子的位点。
cat em.gro |awk '{print $0;if($2=="OW"){a=$1;b=$3;c=$4;d=$5;e=$6;}if($2=="HW2")printf("%8s     MW %4d%8.3f%8.3f%8.3f\n",a,b,c,d,e)}' > newicebox.gro


第二种方法：win下用一个小软件，第七楼，这个是万能的。但这个软件只能正确识别纯水，如果含有CH4或者CO2等，要自己核算真实的加了多少个虚原子（非常简单，有多少个水分子，就加多少个虚原子），从而手动将gro中的原子数量改成真实的原子个数，并使用gmx editconf命令重新把编号理一下。
http://bbs.keinsci.com/thread-9958-1-1.html
作者
Author: faylovesnow    时间: 2022-8-2 00:11
牧生 发表于 2022-8-1 17:19
第一种方法：linux下用命令，但这个命令对于原子数从9999到10000的时候，就会因为没有空格而识别不了加虚 ...

感谢您的科普，又学习到了。
我的本意是想问，为何不开始就使用4点水模型呢？谢谢
作者
Author: 牧生    时间: 2022-8-2 07:15
本帖最后由 牧生 于 2022-8-2 07:19 编辑
faylovesnow 发表于 2022-8-2 00:11
感谢您的科普，又学习到了。
我的本意是想问，为何不开始就使用4点水模型呢？谢谢

因为文献或软件中得到的水合物为三点水模型的晶胞，所以用三点水模型的水和三点水模型的晶胞一起建立自己想要模拟的盒子，然后在正式MD之前，用命令或者软件，统一转为四点水模型。

也可以先将三点水模型的水合物晶胞转为四点水模型，再用四点水模型的水和四点水模型的晶胞一起建立自己想要模拟的盒子。

我个人还是比较乐意直接就用第一个方法，用Multiwfn建立三点水模型的水合物超胞后，再用packmol建立三点水，超胞，气体的混合物盒子，em之后，统一转为四点水模型，再进行MD

只要在正式MD之前，都是四点水模型，这两种方法本质上没有区别的。

作者
Author: 高糕糕    时间: 2022-11-8 11:48
楼主，你好。

我遇到了10L和你一样的问题，请问是11L的回答吗？
问题是原子名不匹配，ffnonbonded.itp中的[ atomtypes ]不是原子类型吗？为什么要这样修改，直接改结构文件里的原子名将其与itp文件里的对应上可以吗？
作者
Author: 牧生    时间: 2022-11-8 12:31
本帖最后由 牧生 于 2022-11-8 12:32 编辑
高糕糕 发表于 2022-11-8 11:48
楼主，你好。

我遇到了10L和你一样的问题，请问是11L的回答吗？

比如水中氢，和甲烷的氢，实际上就要用不同的参数，它们是不一样的。
保险起见，我就把它们二者名字也改一下进行区别。
作者
Author: 高糕糕    时间: 2022-11-8 18:11
牧生 发表于 2022-11-8 12:31
比如水中氢，和甲烷的氢，实际上就要用不同的参数，它们是不一样的。
保险起见，我就把它们二者名字也改 ...

好的，我去试试。谢谢！
作者
Author: Pity    时间: 2023-3-10 23:31
牧生 发表于 2022-11-8 12:31
比如水中氢，和甲烷的氢，实际上就要用不同的参数，它们是不一样的。
保险起见，我就把它们二者名字也改 ...

楼主您好，我也遇到了同样的问题，但我照您11L解决方式更改后会出现原子C_EPM2d NOT FOUND的报错，不知这是怎么回事呢，本人比较小白还请楼主谅解
作者
Author: 牧生    时间: 2023-3-11 09:24
本帖最后由 牧生 于 2023-3-11 09:33 编辑
Pity 发表于 2023-3-10 23:31
楼主您好，我也遇到了同样的问题，但我照您11L解决方式更改后会出现原子C_EPM2d NOT FOUND的报错，不知这 ...

其实我以前做的不太正确，现在能非常正确的做MD了。

你目前遇到的这个问题，大概率是因为include的内容不太对。。因为你做甲烷水合物，那就使用sobtop得到甲烷的itp，将原子电荷替换为RESP电荷，include甲烷itp和tip4pice水即可。不需要改什么名字。
如果仍有疑惑，把各个文件传上来把



作者
Author: zheng1994517    时间: 2024-9-21 19:44
本帖最后由 zheng1994517 于 2024-9-21 19:57 编辑
牧生 发表于 2023-3-11 09:24
其实我以前做的不太正确，现在能非常正确的做MD了。

你目前遇到的这个问题，大概率是因为include的内 ...

老师您好，我也在做类似的研究，但我发现了一个和您之前碰到类似的问题，就是在模拟水合物过程中出现气泡。即使是在纯甲烷和水加水合物的体系中，气泡也十分明显，我怀疑过是因为建模尺寸问题，即溶液部分盒子过大，其中分子过少，导致气泡的出现，但我经过调整后发现也不是这个问题（packmol构建的盒子内水和甲烷的比例为5.75—这是很多水合物生成文献给的比例，然后已经插入到无法插入的情况），看到您这个评论，我想到了另一个问题，是不是甲烷ITP文件的问题呢？因为我的甲烷电荷采用的不是RESP电荷，而是AUTOFF中的1.2×CM5（采用这个的原因是跟采用的OPLS/AA力场拟合性较好），如果我改用RESP电荷是否气泡出现的现象将大大降低？又或许是我温度压力的问题（我NVT的弛豫以及NPT的模拟都是选取的270K 14MPa）？
作者
Author: 牧生    时间: 2024-9-22 08:37
zheng1994517 发表于 2024-9-21 19:44
老师您好，我也在做类似的研究，但我发现了一个和您之前碰到类似的问题，就是在模拟水合物过程中出现气泡 ...

如果你预先加入了甲烷水合物的晶胞作为种子，那么是没问题的。
我是直接用gaff+RESP电荷，从没什么问题。用opls+1.2CM5，也应该没问题。
5.75这个比例也没问题。

唯一问题，你这个体系，看起来甲烷用的是联合原子，这个文献中给出过参数，所以你不应该自己去用什么1.2CM5。
作者
Author: zheng1994517    时间: 2024-9-22 17:11
牧生 发表于 2024-9-22 08:37
如果你预先加入了甲烷水合物的晶胞作为种子，那么是没问题的。
我是直接用gaff+RESP电荷，从没什么问题 ...

感谢您百忙之中给予的答复！我这个用的是全原子模型，并且在初始建模过程中确实加入了水合物晶胞，这里附上我的甲烷ITP以及模拟的MDP文件(如果有问题请您指出，我将不尽感激)，水的话向您学的方法进行处理的（三点水最小化后转四点水继续最小化后，然后跑10PS的NPT用于收紧packmol建立的盒子，然后进行NVT，最后NPT模拟），如果用GAFF+RESP方法的话 我可以不太熟练的尝试一下（之前完全没用过这个，因为有关文献都用的是OPLS/AA力场），另外还想咨询您一下，聚合物加入水合物体系的话，我用全原子力场OPLS/AA+1.2CM5电荷是否妥当？如果甲烷分子改用了GAFF+RESP方法的话那么聚合物的也需要更改，我不晓得这个是否会出现其他问题，但我会努力尝试！
作者
Author: 牧生    时间: 2024-9-23 06:59
本帖最后由 牧生 于 2024-9-23 07:01 编辑
zheng1994517 发表于 2024-9-22 17:11
感谢您百忙之中给予的答复！我这个用的是全原子模型，并且在初始建模过程中确实加入了水合物晶胞，这里附 ...

GAFF和opls不兼容，全都用gaff或者全都用opls，不能混用。
NVT是完全没必要的。
聚合物用gaff也是非常好的，不会有问题。

详见http://sobereva.com/soft/Sobtop
作者
Author: zheng1994517    时间: 2024-9-29 19:50
牧生 发表于 2024-9-23 06:59
GAFF和opls不兼容，全都用gaff或者全都用opls，不能混用。
NVT是完全没必要的。
聚合物用gaff也是非常 ...

由于出差了，所以抱歉回复您晚了，我之前对甲烷分子的电荷采用了文献中的C0.24及H-0.06，这次尝试了甲烷分子采用1.2cm5的电荷，发现气泡现象明显降低，水合物生成速率增大
作者
Author: Dalin    时间: 2024-10-8 16:57
牧生 发表于 2024-9-23 06:59
GAFF和opls不兼容，全都用gaff或者全都用opls，不能混用。
NVT是完全没必要的。
聚合物用gaff也是非常 ...

老师您好，我在AUTOff网站上生成GAFF的甲烷，但是他提示GAFF和TIP4P/ice不兼容，可能会产生不准确的模拟结果，这个有影响吗？
作者
Author: 牧生    时间: 2024-10-8 18:03
Dalin 发表于 2024-10-8 16:57
老师您好，我在AUTOff网站上生成GAFF的甲烷，但是他提示GAFF和TIP4P/ice不兼容，可能会产生不准确的模拟 ...

完全不影响啊
作者
Author: grace123    时间: 2024-12-6 20:02
请问
作者
Author: grace123    时间: 2024-12-6 20:04
请问已经有甲烷水合物晶胞了，如何生成二氧化碳水合物晶胞呢，我是直接在甲烷水合物gro文件将两个氢删去，剩下的改为O，在MS扩成3X3X3，但是em时能量一直过大
作者
Author: 牧生    时间: 2024-12-15 10:27
grace123 发表于 2024-12-6 20:04
请问已经有甲烷水合物晶胞了，如何生成二氧化碳水合物晶胞呢，我是直接在甲烷水合物gro文件将两个氢删去， ...

用genice可以的哦。

你的操作，我在初学阶段也是这样干的，我觉得也没啥问题，但我强烈不推荐MS，用Multiwfn的主功能300里面有扩胞功能，挺好用的。



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