计算化学公社

标题: 求助按照教程绘制不出静电势着色图 [打印本页]

作者
Author: lgygdx 时间: 2021-8-9 22:03
标题: 求助按照教程绘制不出静电势着色图
按照教程使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（http://sobereva.com/443）
绘制不出静电势着色图

multiwfn 版本：3.8
VMD版本：194

在VMD中输入pt命令，提示
vmd > pt
invalid command name "pt"

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-9 23:14
不要用VMD 1.9.4非正式版，bug一堆

Multiwfn 3.8目前根本就没正式发布过，分清楚正式版和开发版，仔细看阅读此文
Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452

vmd.rc没严格按照我博文http://sobereva.com/443配置，或者脚本文件没放到VMD目录下。

帖子标题必须恰当命名，绝对不要把我博文原文名字直接当做你的帖子标题名！这会造成极大的混乱，严重破坏论坛秩序！给你改了，下次注意
本论坛对帖子标题有严格规定，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html

作者
Author: lgygdx 时间: 2021-8-10 09:08
好的好的
以后会注意标题的

使用了Multiwfn_3.7_bin_Win64版本，
按照教程又重新做了一遍
在VMD中输入pt
显示
vmd > pt
ERROR) Could not read file mol1.pdb
Unable to load file 'mol1.pdb' using file type 'pdb'.
vmd >

现在问题是出在哪里了呢

作者
Author: renlangfen 时间: 2021-8-10 09:44

lgygdx 发表于 2021-8-10 09:08
好的好的
以后会注意标题的

我咋记得必须保存为1的呢

作者
Author: lgygdx 时间: 2021-8-10 10:46
哪里保存为1哈？

作者
Author: lyj714 时间: 2021-8-10 11:01
本帖最后由 lyj714 于 2021-8-10 11:03 编辑

让你不要用官网发布的1.9.4 alpha版本的vmd你不要犟，自己没有debug能力就老实用vmd1.9.3，按照社长的教程一步一步走，一个字一个字读清楚步骤。不成功不可能。

作者
Author: lgygdx 时间: 2021-8-10 12:26
问题解决了

multiwfn 改用3.7
VMD 改用 1.9.3

可能最关键的失误：
复制到multiwfn目录下的所有.bat文件中都要把路径改成VMD的真实路径，
的确是阅读不认真，只看视频想当然改了一个.bat.文件的路径

谢谢各位

感谢sobevera

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-10 13:23

lgygdx 发表于 2021-8-10 12:26
问题解决了

multiwfn 改用3.7

要用目前最新的Multiwfn版本，速度快得多，看
巨幅降低Multiwfn结合VMD绘制分子表面静电势图耗时的一个关键技巧
http://sobereva.com/602（http://bbs.keinsci.com/thread-23859-1-1.html）

不要用过时的3.7

作者
Author: lgygdx 时间: 2021-8-10 14:04
好的

作者
Author: lgygdx 时间: 2021-8-10 15:04

sobereva 发表于 2021-8-9 23:14
不要用VMD 1.9.4非正式版，bug一堆

Multiwfn 3.8目前根本就没正式发布过，分清楚正式版和开发版，仔细看 ...

绘制静电势成功了，
使用multiwfn 3.7和3.8dev 做电子密度等值面着色展现分子范德华表面静电势分布时，输入命令iso，
没有图像，出现以下提示：

vmd > iso
ERROR) Could not read file density1.cub
Unable to load file 'density1.cub' using file type 'cube'.
vmd >

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-10 15:18

lgygdx 发表于 2021-8-10 15:04
绘制静电势成功了，
使用multiwfn 3.7和3.8dev 做电子密度等值面着色展现分子范德华表面静电势分布时， ...

要么用的不是vmd 1.9.3，要么cub文件有问题

作者
Author: lgygdx 时间: 2021-8-10 15:29

sobereva 发表于 2021-8-10 15:18
要么用的不是vmd 1.9.3，要么cub文件有问题

VMD 是1.9.3的
请教cub文件有问题，需要怎么处理呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-10 16:10

lgygdx 发表于 2021-8-10 15:29
VMD 是1.9.3的
请教cub文件有问题，需要怎么处理呢？

压缩后上传。压缩后如果超过5MB传网盘

作者
Author: lgygdx 时间: 2021-8-10 16:18
标题: 使用命令提示符操作后结果
本帖最后由 lgygdx 于 2021-8-10 16:26 编辑

C:\Users\John\Desktop\iso.pnpC:\Users\John>D:\Multiwfn_3.8_dev_bin_Win64\espiso.bat
C:\Users\John>Multiwfn 1.fch -ESPrhoiso 0.001  0<ESPiso.txt
系统找不到指定的文件。

C:\Users\John>move /Y density.cub density1.cub
系统找不到指定的文件。

C:\Users\John>move /Y totesp.cub ESP1.cub
系统找不到指定的文件。

C:\Users\John>Multiwfn 2.fch -ESPrhoiso 0.001  0<ESPiso.txt
系统找不到指定的文件。

C:\Users\John>move /Y density.cub density2.cub
系统找不到指定的文件。

C:\Users\John>move /Y totesp.cub ESP2.cub
系统找不到指定的文件。

C:\Users\John>Multiwfn 3.fch -ESPrhoiso 0.001  0<ESPiso.txt
系统找不到指定的文件。

C:\Users\John>move /Y density.cub density3.cub
系统找不到指定的文件。

C:\Users\John>move /Y totesp.cub ESP3.cub
系统找不到指定的文件。

C:\Users\John>Multiwfn 4.fch -ESPrhoiso 0.001  0<ESPiso.txt
系统找不到指定的文件。

C:\Users\John>move /Y density.cub density4.cub
系统找不到指定的文件。

C:\Users\John>move /Y totesp.cub ESP4.cub
系统找不到指定的文件。

C:\Users\John>move /Y *.cub "D:\Program Files (x86)\VMD"
存在一个重名文件，或是找不到文件。

作者
Author: lgygdx 时间: 2021-8-10 16:19
截图

作者
Author: lgygdx 时间: 2021-8-10 16:43

sobereva 发表于 2021-8-10 16:10
压缩后上传。压缩后如果超过5MB传网盘

问题已解决
文件位置没放对

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-10 18:16

lgygdx 发表于 2021-8-10 16:19
截图

图根本没贴出来
仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么贴图

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-10 18:17

lgygdx 发表于 2021-8-10 16:18
C:%users\John>D:\Multiwfn_3.8_dev_bin_Win64\espiso.bat
C:%users\John>Multiwfn 1.fch -ESPrhoiso 0.00 ...

“系统找不到指定的文件”这种事明摆着是文件路径错误，结合计算机最基本常识仔细检查

作者
Author: wangqy1 时间: 2023-10-22 23:39

lgygdx 发表于 2021-8-10 09:08
好的好的
以后会注意标题的

打开ESPpt.vmd可以看到注释，要运行这个脚本，要保证生成的mol1.pdb, vtx1.pdb, mol2.pdb, vtx2.pdb都在vmd的当前目录下，因此把multiwfn下生成的这几个文件复制过来就好了

作者
Author: Shalomgao1234 时间: 2023-10-25 19:18
检查VMD.rc文件

作者
Author: wangxuran 时间: 2023-12-1 17:23

Shalomgao1234 发表于 2023-10-25 19:18
检查VMD.rc文件

你好，请问显示系统找不到指定文件，VMD.rc中要检查哪一项

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)