计算化学公社

标题: ORCA5.0.1并行计算开始前orca_gstep这步很慢？ [打印本页]

作者
Author: hzfish 时间: 2021-8-10 19:50
标题: ORCA5.0.1并行计算开始前orca_gstep这步很慢？
ORCA5.0.1并行计算开始前orca_gstep这步很慢？大家有没有遇到？怎么解决？
谢谢！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-8-10 20:57
你指的是相对慢（比ORCA 4慢），还是绝对慢？
orca_gstep是没有并行化的，用时正比于内坐标数的3倍，所以对于100个原子以上的体系，确实可以明显感觉到在orca_gstep上面花时间

作者
Author: hzfish 时间: 2021-8-10 21:58

wzkchem5 发表于 2021-8-10 20:57
你指的是相对慢（比ORCA 4慢），还是绝对慢？
orca_gstep是没有并行化的，用时正比于内坐标数的3倍，所以 ...

我体系比较大，459个原子，ONIOM分两计算，QM层17个原子，其余原子为QM2层，QM计算方法，b3lyp/g d3bj def2-TZVP def2/J，QM2计算方法XTB1。
我主观感觉比较慢，没有和ORCA 4比较。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-8-10 22:34

hzfish 发表于 2021-8-10 14:58
我体系比较大，459个原子，ONIOM分两计算，QM层17个原子，其余原子为QM2层，QM计算方法，b3lyp/g d3bj de ...

这么大的体系，快要超出Opt能做的范围了，应该改用L-Opt，优化步数多一些，但每步更快（时间只和原子数的一次方成正比）

作者
Author: hzfish 时间: 2021-8-11 08:51
本帖最后由 hzfish 于 2021-8-11 10:28 编辑

wzkchem5 发表于 2021-8-10 22:34
这么大的体系，快要超出Opt能做的范围了，应该改用L-Opt，优化步数多一些，但每步更快（时间只和原子数的 ...

L-opt只在MD水平的优化？
L-opt可以用于柔性描述吗？
我测试柔性描述，好像不行，输入文件如下：
!  L-opt
%maxcore 2000
%pal nprocs 2 end
%geom scan
D 3 0 4 13 =0.064,120.064,24
end
end
* xyz 0 1
Ga             -0.45847800 0.00412600 -0.00002600
Br             -1.31815500 2.14974900 -0.14925400
Br             -1.13038700 -1.27126700 -1.82184300
Br             -1.13010600 -1.00673800 1.97996500
As                1.97744900 0.07118900 -0.00487200
C                2.66769100 1.85262600 -0.12887500
H                3.76704200 1.85631000 -0.13377500
H                2.29197100 2.43415700 0.72450100
H                2.28441500 2.31274700 -1.05026900
C                2.72847500 -0.92125400 -1.47258100
H                2.35401000 -0.49647100 -2.41398700
H                2.37682000 -1.95972700 -1.40244700
H                3.82702800 -0.88856600 -1.44971500
C                2.72870100 -0.70850700 1.58502700
H                2.34274800 -0.16671100 2.45933000
H                2.38939300 -1.75126300 1.65232800
H                3.82702100 -0.66581900 1.56384300
*

oniom计算可以使用吗？
哪里可以找到算例?
谢谢！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-8-11 15:01

hzfish 发表于 2021-8-11 01:51
L-opt只在MD水平的优化？
L-opt可以用于柔性描述吗？
我测试柔性描述，好像不行，输入文件如下：

L-Opt应该是所有种类的计算都可以用，但是确实可能不支持柔性扫描

作者
Author: hzfish 时间: 2021-8-11 21:30

wzkchem5 发表于 2021-8-11 15:01
L-Opt应该是所有种类的计算都可以用，但是确实可能不支持柔性扫描

能简单介绍下L-opt的计算原理吗？
在orca_manual中没找到相关文献。
谢谢！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-8-11 22:18

hzfish 发表于 2021-8-11 14:30
能简单介绍下L-opt的计算原理吗？
在orca_manual中没找到相关文献。
谢谢！

Opt默认是在内坐标下用BFGS算法，L-Opt是在笛卡尔坐标基下用L-BFGS算法。所以L-Opt相比Opt在两个地方节省了时间，一个是笛卡尔坐标和内坐标之间的互相转换，另一个是用L-BFGS（O(N) scaling）代替了BFGS（O(N^3) scaling），但是两者都会使得迭代步数变多，所以L-Opt主要是在orca_gstep计算时间与梯度计算时间可比的时候用，比如几百个原子的DFT计算，又比如半经验计算

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)