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标题: Connfab构象搜索0个 [打印本页]

作者
Author: zhouwenhao 时间: 2021-8-11 15:25
标题: Connfab构象搜索0个
新手小白，用Ooenbabel里的Confab进行构象搜索，每次都显示0个分子，试了好几种分子，包括一些柔性分子。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-8-11 15:37
给完整输入输出文件（包括stderr输出，如果有的话），否则无法回答

作者
Author: zhouwenhao 时间: 2021-8-11 15:54

wzkchem5 发表于 2021-8-11 15:37
给完整输入输出文件（包括stderr输出，如果有的话），否则无法回答

上传不了图片，输入文件是chemdraw3D生成的mol2格式，结构是自己画的，类似于丙烷，1号碳上连了羟基、氯原子、溴原子，他不是应该有好几种构象吗？输出时显示0 molecules converted.

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-11 15:58
先把此文里的例子重复，用帖子里相同的文件当输入文件
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html（http://sobereva.com/575）

如果重复不出来，确保用的是windows版最新的Openbabel

作者
Author: gzcnp_yp 时间: 2021-8-11 16:59
Ooenbabel使用构象搜索功能时，需要安装Eigen2 or Eigen3库，不然用不了conformers和confab功能。官方的window版的Ooenbabel好象没把 Eigen库引入

作者
Author: zhouwenhao 时间: 2021-8-11 20:03

sobereva 发表于 2021-8-11 15:58
先把此文里的例子重复，用帖子里相同的文件当输入文件
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索 ...

molclus联合confab对Actos.pdb做了构象搜索，也搜出来了591个构象，但最后一行有显示 0 moleclues converted. 这是咋回事？我的Openbabel是好的吗？

作者
Author: zhouwenhao 时间: 2021-8-11 20:16

gzcnp_yp 发表于 2021-8-11 16:59
Ooenbabel使用构象搜索功能时，需要安装Eigen2 or Eigen3库，不然用不了conformers和confab功能。官方的win ...

really？我就是想做个ECD和核磁计算辅助一下，想求一个高斯输入GIF文件的模板！

作者
Author: zhouwenhao 时间: 2021-8-11 20:41

zhouwenhao 发表于 2021-8-11 20:03
molclus联合confab对Actos.pdb做了构象搜索，也搜出来了591个构象，但最后一行有显示 0 moleclues conver ...

sob老师，我是新手，还想问一个问题。生成的traj.xyz要通过Molclus调用高斯进行优化，为什莫不把这个traj.xyz文件直接用高斯去跑呢？是不是高斯软件只能跑一个坐标，就是最优构象。我做ECD，核磁的话是不是也是选能量最低的一个构象？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-8-11 21:21

zhouwenhao 发表于 2021-8-11 13:41
sob老师，我是新手，还想问一个问题。生成的traj.xyz要通过Molclus调用高斯进行优化，为什莫不把这个traj ...

选能量最低的构象是一种近似，正规的方法是取最低的若干个构象分别计算，再做Boltzmann平均。仅当最低的构象比第二低的构象低很多（比如至少低2kcal/mol），或预期最低的几个构象计算结果差别不大时（比如一个刚性色素连一个柔性烷基链，你要算这个体系的UV-Vis，烷基链虽然可以取很多构象，但是不管取什么构象算出来的UV-Vis都不会有什么差别，此时可以不对烷基链的构象做平均），才可以只取最低的那个构象

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-12 01:57

gzcnp_yp 发表于 2021-8-11 16:59
Ooenbabel使用构象搜索功能时，需要安装Eigen2 or Eigen3库，不然用不了conformers和confab功能。官方的win ...

是Openbabel
我就是直接用的官网上的windows版OpenBabel-3.0.0-x86.exe，没安装任何额外的库，使用正常。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-12 01:59

zhouwenhao 发表于 2021-8-11 20:03
molclus联合confab对Actos.pdb做了构象搜索，也搜出来了591个构象，但最后一行有显示 0 moleclues conver ...

别管提示什么，就看产生的结构文件对不对

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-12 02:00

zhouwenhao 发表于 2021-8-11 20:16
really？我就是想做个ECD和核磁计算辅助一下，想求一个高斯输入GIF文件的模板！

那叫gjf

把这些都认真仔细看了，包括里面引的其它相关博文，仔细一个字一个字看过就不会再有任何相关疑问
使用Multiwfn绘制NMR谱
http://sobereva.com/565（http://bbs.keinsci.com/thread-19711-1-1.html）
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314（http://bbs.keinsci.com/thread-2413-1-1.html）
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD、VCD和ROA光谱图
http://sobereva.com/224
使用Multiwfn绘制构象权重平均的光谱
http://sobereva.com/383（http://bbs.keinsci.com/thread-6186-1-1.html）

作者
Author: zhouwenhao 时间: 2021-8-12 11:07

wzkchem5 发表于 2021-8-11 21:21
选能量最低的构象是一种近似，正规的方法是取最低的若干个构象分别计算，再做Boltzmann平均。仅当最低的 ...

学习了，谢谢大佬

作者
Author: zhouwenhao 时间: 2021-8-12 11:07

sobereva 发表于 2021-8-12 02:00
那叫gjf

把这些都认真仔细看了，包括里面引的其它相关博文，仔细一个字一个字看过就不会再有任何相关 ...

好的，谢谢Sob老师！

作者
Author: zhouwenhao 时间: 2021-8-12 14:23
本帖最后由 zhouwenhao 于 2021-8-12 14:32 编辑

sobereva 发表于 2021-8-12 01:59
别管提示什么，就看产生的结构文件对不对

**Molecule 1
..title = Actos.pdb
..number of rotatable bonds = 7
==============================
*** Open Babel Error  in OpenBabel::OBForceFieldMMFF94::ParseParamFile
  Cannot open parameter file
!!Cannot set up forcefield for this molecule
!!Skipping

这是啥意思？我设置力场了？我就用chemdra3D里的MMFF94优化一下结构
还有一个错误C:\Users\ASUS>obabel 123.mol2 -O traj.xyz --confab --verbose --conf 10000
==============================
*** Open Babel Error  in OpenBabel::OBConversion::OpenAndSetFormat
  Cannot open 123.mol2
0 molecules converted

作者
Author: xuhj199508 时间: 2021-8-12 16:20

zhouwenhao 发表于 2021-8-12 14:23
**Molecule 1
..title = Actos.pdb
..number of rotatable bonds = 7

我用Openbabel把你的结构转成3D后，再用Confab模块正常生成了包含7个构象的traj.xyz。
或许你可以试一下直接用Gaussview画出结构再进行构象搜索。

作者
Author: zhouwenhao 时间: 2021-8-12 17:06

xuhj199508 发表于 2021-8-12 16:20
我用Openbabel把你的结构转成3D后，再用Confab模块正常生成了包含7个构象的traj.xyz。
或许你可以试一下 ...

Openbabel里的Confab?我用这个它得到的traj.xyz文件是空的。然后用系统命令模式可以搜到591个构象。

作者
Author: gzcnp_yp 时间: 2021-8-12 17:45
刚才测试了一下OpenBabel-3.1.1-x64 window版本confab是可以用的，可能是原来的命令自己用错了，另外 sob老师在博文中提到“Confab无法产生环的不同构象，产生的构象中环的结构和输入的结构相同。如果环的构象很关键的话，应当用前述的分子动力学的方式产生给molclus用的traj.xyz。”，天然有机分子基本都是多环体系，这样的话就不能用confab直接搜构象了，那用分子动力学能保证搜全多环体系的多数低能构象吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-12 22:33

zhouwenhao 发表于 2021-8-12 14:23
**Molecule 1
..title = Actos.pdb
..number of rotatable bonds = 7

没有叫chemdra3D的程序。
和chem3D里是否做优化毫无直接联系
应当是安装问题。重装再试，并且最好换个目录

作者
Author: Mr.zhen 时间: 2023-6-20 10:42
不知楼主的问题已经解决了没有，我也遇到了类似问题，我试了二十几种有机分子，大多数都能正常运算，只有两个显示Cannot set up forcefield for this molecule，但不知其原因，尝试将报错的分子的某个原子替换一下就又正常了

作者
Author: xuhj199508 时间: 2023-6-20 11:18
本帖最后由 xuhj199508 于 2023-6-20 15:50 编辑

Mr.zhen 发表于 2023-6-20 10:42
不知楼主的问题已经解决了没有，我也遇到了类似问题，我试了二十几种有机分子，大多数都能正常运算，只有两 ...

应该是confab使用的MMFF94力场没有包含你分子中的某些原子。

作者
Author: Mr.zhen 时间: 2023-6-21 14:17

xuhj199508 发表于 2023-6-20 11:18
应该是confab使用的MMFF94力场没有包含你分子中的某些原子。

我尝试了有机物DMT（C5H12NO3PS2）与结构很像的OMT（C5H12NO4PS），其中OMT只是将DMT中的一个双键S替换为了双键O，就导致DMT无法计算，而OMT计算正常。所以原子种类似乎也不是原因所在

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