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标题: msd模块的几个问题 [打印本页]

作者
Author: huangtingyanyi 时间: 2021-8-11 20:41
标题: msd模块的几个问题
通过gmx_mpi msd 得到的msd.xvg文件，部分内容如下：
# GROup of MAchos and Cynical Suckers
#
@ title "Mean Square Displacement"
@ xaxis  label "Time (ps)"
@ yaxis  label "MSD (nm\S2\N)"
@TYPE xy
# MSD gathered over 1000 ps with 1001 restarts
# Diffusion constants fitted from time 100 to 900 ps
# D[       ZN] = 0.0120 (+/- 0.0023) (1e-5 cm^2/s)
      0          0
      1  0.00293015
      2 0.0036664
      3  0.00404295

有两个问题1：为什么得到的扩散系数会这么小，比实验值少一个数量级？
            2： y轴的单位是nm\S2\N，但是一般文献上是A^2,这个怎么换算的？

如下是跑nvt的参数
integrator  = md       ; leap-frog integrator
nsteps    = 1000000    ; 2 * 500000 = 1000 ps = 1 ns
dt       = 0.001    ; 2 fs

; Output control
nstxout    = 1000    ; save coordinates every 1.0 ps
nstvout    = 1000    ; save velocities every 1.0 ps
nstenergy = 1000    ; save energies every 1.0 ps
nstlog    = 1000    ; update log file every 1.0 ps

; Bond parameters
continuation          = no       ; first dynamics run
constraint_algorithm = lincs    ; holonomic constraints
constraints          = none    ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
lincs_iter             = 1       ; accuracy of LINCS
lincs_order          = 4       ; also related to accuracy

; Neighborsearching
cutoff-scheme = Verlet
ns_type       = grid    ; search neighboring grid cells
nstlist       = 10       ; 20 fs, largely irrelevant with Verlet
rcoulomb       = 1.4    ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw          = 1.4    ; short-range van der Waals cutoff (in nm)

; Electrostatics
coulombtype    = PME ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
pme_order    = 4    ; cubic interpolation
fourierspacing  = 0.16  ; grid spacing for FFT

; Temperature coupling is on
tcoupl          = nose-hoover ; modified Berendsen thermostat
nsttcouple    = -1
nh-chain-length  = 1
tc-grps       = System ; two coupling groups - more accurate
tau_t          = 0.2          ; time constant, in ps
ref_t          = 298.15          ; reference temperature, one for each group, in K

; Pressure coupling is off
pcoupl    = no       ; no pressure coupling in NVT
Pcoupltype  = isotropic

; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar)
tau_p          = 0.5
compressibility  = 4.5e-5
ref_p          = 1.
refcoord_scaling = com

; Periodic boundary conditions
pbc    = xyz          ; 3-D PBC

; Dispersion correction
DispCorr = EnerPres  ; account for cut-off vdW scheme

; Velocity generation
gen_vel    = no    ; assign velocities from Maxwell distribution

作者
Author: Kangtor 时间: 2021-8-11 21:13
一般与实验值有较大误差是由于力场参数不好，或者缺少极化（针对特殊的体系）

你发个文献中的截图看看，我用的都是cm^2/s

作者
Author: huangtingyanyi 时间: 2021-8-11 21:26

Kangtor 发表于 2021-8-11 21:13
一般与实验值有较大误差是由于力场参数不好，或者缺少极化（针对特殊的体系）

你发个文献中的截图看看， ...

改变力场的参数影响太大了，只能慢慢调试了。

作者
Author: Kangtor 时间: 2021-8-11 23:17

huangtingyanyi 发表于 2021-8-11 21:26
改变力场的参数影响太大了，只能慢慢调试了。

不好意思，没看清楚。我以为你说的扩散系数的单位

gromacs的MSD指的应该是平均了每个粒子后的nm^2

作者
Author: Kangtor 时间: 2021-8-11 23:20

huangtingyanyi 发表于 2021-8-11 21:26
改变力场的参数影响太大了，只能慢慢调试了。

一般来说，力场参数你是没办法随便调整的，除非有特殊的目的。
但是你可以把计算结果之间定性去比较，一般都能得到合适的结论，尤其是在定性一致的方面

作者
Author: huangtingyanyi 时间: 2021-8-12 01:12

Kangtor 发表于 2021-8-11 23:20
一般来说，力场参数你是没办法随便调整的，除非有特殊的目的。
但是你可以把计算结果之间定性去比较，一 ...

好的，非常感谢啊！

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