计算化学公社

标题: 求助：用ORCA命令正常，用PBS没输出 [打印本页]

作者
Author: drizzt 时间: 2021-8-12 08:45
标题: 求助：用ORCA命令正常，用PBS没输出
就简单算个苯，log文件输出：以下参数无效: ben.inp除了配置也没几句话

#!/bin/bash

#PBS -N ORCA
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -q test
#PBS -j oe

NODES=`cat $PBS_NODEFILE | uniq`

cd $PBS_O_WORKDIR

FILENAME=ben.inp
orca ${FILENAME} > ${FILENAME//inp/log}

作者
Author: Jerryluo 时间: 2021-8-12 10:05
试试绝对路径

作者
Author: drizzt 时间: 2021-8-12 10:31

Jerryluo 发表于 2021-8-12 10:05
试试绝对路径

也没用，这个其实也是绝对路径，写在/etc/profile上的别名；这种pbs形式gaussian完全正常工作的

作者
Author: tiandikuoyuan 时间: 2021-8-12 14:36
ben.inp 具体内容是什么，你提交任务用的代码是什么，提交Gaussian任务的时候确定提交到pbs队列了吗？

作者
Author: drizzt 时间: 2021-8-12 14:54

tiandikuoyuan 发表于 2021-8-12 14:36
ben.inp 具体内容是什么，你提交任务用的代码是什么，提交Gaussian任务的时候确定提交到pbs队列了吗？

就一个计算苯的文件(做测试），直接用/usr/local/orca411/orca ben.inp > ben.log命令行输入正常工作。用上面的命令写入pbs.sh，然后qsub pbs.sh，这样传上去几秒就完成了，输出只有一个空的ben.log文件

作者
Author: drizzt 时间: 2021-8-12 15:06
#!/bin/bash
#PBS -N ORCA
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -q test
#PBS -j oe
cd $PBS_O_WORKDIR
FILENAME=ben.inp
g16 < ${FILENAME//inp/gjf} > ${FILENAME//inp/out}
/usr/local/orca411/orca ${FILENAME} > ${FILENAME//inp/log}
改成这样能正常跑完Gaussian，ORCA输出空文件

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-8-12 15:15

drizzt 发表于 2021-8-12 08:06
#!/bin/bash
#PBS -N ORCA
#PBS -l nodes=1:ppn=4

在命令行直接调用/usr/local/orca411/orca，输出什么？

作者
Author: wxhwbh 时间: 2021-8-12 15:19
你别光看ORCA输出文件，PBS的任务会同时给出日志文件（一般是XXX.o{任务ID}和XXX.e{任务ID}），报错的信息要在这里面找

作者
Author: drizzt 时间: 2021-8-12 15:23

wzkchem5 发表于 2021-8-12 15:15
在命令行直接调用/usr/local/orca411/orca，输出什么？

命令行调用运行完输出ben.log和其他一堆文件(gbw之类)

作者
Author: drizzt 时间: 2021-8-12 15:55

wxhwbh 发表于 2021-8-12 15:19
你别光看ORCA输出文件，PBS的任务会同时给出日志文件（一般是XXX.o{任务ID}和XXX.e{任务ID}），报错的信息 ...

把#PBS -j oe 换成 #PBS -o /home/xxx/my.out #PBS -e /home/xxx/my.err
算完后在本地找不到这两个文件，不知道在哪里
原来算gaussian都是直接看它在当前文件夹下的输出文件

作者
Author: abin 时间: 2021-8-12 17:34
通过/etc/profile 或者.bashrc来初始化程序设定，
而后再通过PBS进行作业调度，
这种做法都是自找苦吃，都是愚蠢的做法。

把所有的设定写在PBS中，清空其他地方的设定，才是正常的操作。

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