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标题: 请问聚合物体系NPT之后，tot-energy为正值，potential energy为负值是否正常 [打印本页]

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Author: 哪有这么脆弱 时间: 2021-8-12 13:57
标题: 请问聚合物体系NPT之后，tot-energy为正值，potential energy为负值是否正常
本帖最后由哪有这么脆弱于 2021-8-13 13:42 编辑

老师们好，在em这一步，势能为负，在10得3次方数量级，在第一步NPT过程中我设置得压强为100bar,下面是我这一步得NPT文件：
define =
integrator = md
dt       = 0.001 ; ps
nsteps    = 10000000 ; 2ns
comm-grps  = system
energygrps =
;
nstxout = 50000
nstvout = 50000
nstfout = 50000
nstlog  = 10000
nstenergy = 10000
nstxout-compressed = 10000
compressed-x-grps  = system
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = PME
rcoulomb    = 1.2
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 1.2
DispCorr    = no
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t = 1.0
tc_grps = system
ref_t = 298.15
;
Pcoupl    = Berendsen
pcoupltype = isotropic
tau_p = 1.0
ref_p = 100.0
compressibility = 4.5e-5
;
gen_vel  = no
gen_temp = 298.15
gen_seed = -1
;
freezegrps  =
freezedim =
constraints = hbonds

第二次NPT压力设置为1bar，
把上一步中得ref_p设置为1，平衡后，未去除周期性条件时候，最后一帧
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发现这一步总能量为正，势能为负  这是正常得吗？
初始构型为
(, 下载次数 Times of downloads: 23)

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-12 22:20
标题说 “tot-energy为负值，potential energy为正值”，内容说 “这一步总能量为正，势能为负”，自相矛盾

作者
Author: 哪有这么脆弱 时间: 2021-8-13 13:42

sobereva 发表于 2021-8-12 22:20
标题说 “tot-energy为负值，potential energy为正值”，内容说 “这一步总能量为正，势能为负”，自相矛 ...

抱歉抱歉，社长打错勒，是总能量为正，势能为负

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-13 22:50

哪有这么脆弱发表于 2021-8-13 13:42
抱歉抱歉，社长打错勒，是总能量为正，势能为负

mdp看不出有明显问题
应该正常

作者
Author: k64_cc 时间: 2021-8-14 21:05
如果你跑liquid benzene，你会惊喜地发现总能量和势能全是正的。有机物盒子这样挺正常的，不要慌。

作者
Author: 哪有这么脆弱 时间: 2021-8-15 19:14
好的谢谢各位老师

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