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标题: 研究DNA碱基与金属离子配位热稳定性应当使用何种动力学程序及力场？ [打印本页]

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Author: 一个用户名 时间: 2021-8-12 16:46
标题: 研究DNA碱基与金属离子配位热稳定性应当使用何种动力学程序及力场？
分子动力学纯新手。最近在科研中想做一个人工碱基-金属离子-天然碱基构成碱基对，控制DNA双螺旋热稳定性，但是一直做不出理想的结果，就打算从零开始学一下分子模拟，做一些初筛。看到sob老师说GROMACS不适合配位研究，请问应该使用AMBER代替吗？以及，应当选择哪一种力场较为合适呢？谢谢！

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Author: sobereva 时间: 2021-8-12 22:23
我从来没在没有前提的情况下说过“GROMACS不适合配位研究”
稳固的配位键在gmx里加上bond项就完了
这种问题，gmx干不了的amber照样干不了
说清楚什么金属离子

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Author: 一个用户名 时间: 2021-8-12 22:49

sobereva 发表于 2021-8-12 22:23
我从来没在没有前提的情况下说过“GROMACS不适合配位研究”
稳固的配位键在gmx里加上bond项就完了
这种问 ...

老师的意思是，如果已知金属离子的配位情况，直接将其视作确定的化学键进行处理就可以了，与使用AMBER或者gmx无关吗？

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Author: sobereva 时间: 2021-8-12 23:50

一个用户名发表于 2021-8-12 22:49
老师的意思是，如果已知金属离子的配位情况，直接将其视作确定的化学键进行处理就可以了，与使用AMBER或 ...

是

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