计算化学公社

标题: 求助：NAMD格式martini3水模型参数和top文件求取 [打印本页]
作者
Author: WVzzz    时间: 2021-8-14 15:51
标题: 求助：NAMD格式martini3水模型参数和top文件求取
分子模型太大，看到MARTINI3在结合自由能方面做的不错，想试一下。大家有什么途径下载，官网好像并没有更新数据
作者
Author: fhh2626    时间: 2021-8-14 16:25
NAMD并不能支持Martini力场，如果想做粗粒化的话可以考虑SIRAH力场
作者
Author: WVzzz    时间: 2021-8-14 16:35
fhh2626 发表于 2021-8-14 16:25
NAMD并不能支持Martini力场，如果想做粗粒化的话可以考虑SIRAH力场

可是老哥，官网有martini粗粒化的教程啊。martini3好像对于结合自由能计算搞得挺好了，用这个SIRAH力场我怕到时候质疑我。。。不懂，求教老哥
作者
Author: WVzzz    时间: 2021-8-14 16:45
fhh2626 发表于 2021-8-14 16:25
NAMD并不能支持Martini力场，如果想做粗粒化的话可以考虑SIRAH力场

不过  他要求PME OFF 是不是不能计算能量了就是说，只能研究构象变化
作者
Author: WVzzz    时间: 2021-8-14 16:54
但是博文中，说计算能量也是可以的，系统性质正确的话
http://wap.sciencenet.cn/blog-548663-1000243.html?mobile=1
作者
Author: k64_cc    时间: 2021-8-14 20:58
WVzzz 发表于 2021-8-14 16:45
不过  他要求PME OFF 是不是不能计算能量了就是说，只能研究构象变化

Martini现在已经不要求PME off了，Martini 3那篇文章就是全开PME算的。

这玩意最大的兼容性问题其实是Martini的Coulomb部分要改介电常数。目前应该只有Gromacs支持这个神奇的改变，而且不一定什么时候就会把它删了。
作者
Author: WVzzz    时间: 2021-8-14 22:05
k64_cc 发表于 2021-8-14 20:58
Martini现在已经不要求PME off了，Martini 3那篇文章就是全开PME算的。

这玩意最大的兼容性问题其实是 ...

对啊，研究了一晚上，下载了martini3只有gmx的itp，但别的粗粒化又很难支撑精确度。头疼。。。
作者
Author: fhh2626    时间: 2021-8-15 14:12
WVzzz 发表于 2021-8-14 16:35
可是老哥，官网有martini粗粒化的教程啊。martini3好像对于结合自由能计算搞得挺好了，用这个SIRAH力场我 ...

那就是个半成品，只能当玩具
作者
Author: WVzzz    时间: 2021-8-15 16:42
本帖最后由 WVzzz 于 2021-8-15 16:45 编辑
fhh2626 发表于 2021-8-15 14:12
那就是个半成品，只能当玩具

老哥，1.如果考虑隐性溶剂的话，能量平衡后，直接MMPBSA和FEP能不能行。。。2.粗粒化的话，虽然那个sirah的官网下载我暂时上不去，具体有什么文件我不知道，如果用的话    是用直接 支持charmm的SIRAH2参数和top文件那个对吧，求解
作者
Author: HZW    时间: 2021-8-16 20:39
fhh2626 发表于 2021-8-14 16:25
NAMD并不能支持Martini力场，如果想做粗粒化的话可以考虑SIRAH力场

FU老师也关注到了SIRAH力场啊，现在已经包括在amber20里边了，不过gmx和amber都可以用SIRAH力场模拟。
作者
Author: fhh2626    时间: 2021-8-17 11:15
WVzzz 发表于 2021-8-15 16:42
老哥，1.如果考虑隐性溶剂的话，能量平衡后，直接MMPBSA和FEP能不能行。。。2.粗粒化的话，虽然那个sirah ...

用AmberTools生成amber格式的输入文件，用NAMD读入
作者
Author: fhh2626    时间: 2021-8-17 11:17
HZW 发表于 2021-8-16 20:39
FU老师也关注到了SIRAH力场啊，现在已经包括在amber20里边了，不过gmx和amber都可以用SIRAH力场模拟。

我也注意到了，SIRAH的力场形式和CHARMM/Amber一样，兼容性强，而且可以描述蛋白质的构象变化，比较看好未来的发展
作者
Author: WVzzz    时间: 2021-8-18 18:14
fhh2626 发表于 2021-8-17 11:15
用AmberTools生成amber格式的输入文件，用NAMD读入

哦哦，懂了，谢老师，还有点问题请教一下
在我们新买的工作站 CPU 80%占用下 ，GPU好像没怎么利用上啊，这种情况怎么调整，下面附图
(, 下载次数 Times of downloads: 29) (, 下载次数 Times of downloads: 46) (, 下载次数 Times of downloads: 35)
作者
Author: fhh2626    时间: 2021-8-19 09:32
WVzzz 发表于 2021-8-18 18:14
哦哦，懂了，谢老师，还有点问题请教一下
在我们新买的工作站 CPU 80%占用下 ，GPU好像没怎么利用上啊， ...

跑平衡模拟用NAMD3.0，跑自由能计算用NAMD2.15，你用19年的主程序肯定不会多快
作者
Author: WVzzz    时间: 2021-8-20 11:49
fhh2626 发表于 2021-8-19 09:32
跑平衡模拟用NAMD3.0，跑自由能计算用NAMD2.15，你用19年的主程序肯定不会多快

好的，老师我试一下，多谢老师
作者
Author: tjuptz    时间: 2021-9-23 21:36
fhh2626 发表于 2021-8-17 11:17
我也注意到了，SIRAH的力场形式和CHARMM/Amber一样，兼容性强，而且可以描述蛋白质的构象变化，比较看好 ...

fu老师，我看SIRAH for gmx力场包的ISSUES里最后一条写道
# Using sirah.ff on NAMD
  It is not possible to run the SIRAH package build for GROMACS on NAMD.
  NAMD only accepts combination rule 1 in GMX topologies, while SIRAH uses 2
SIRAH for amber的力场则没有此问题是吧
作者
Author: fhh2626    时间: 2021-9-24 10:46
tjuptz 发表于 2021-9-23 21:36
fu老师，我看SIRAH for gmx力场包的ISSUES里最后一条写道
# Using sirah.ff on NAMD
  It is not possi ...

是的，NAMD不支持Gromacs格式，只支持Amber格式
作者
Author: tjuptz    时间: 2021-9-24 11:34
fhh2626 发表于 2021-9-24 10:46
是的，NAMD不支持Gromacs格式，只支持Amber格式

了解了，谢谢
作者
Author: 喵星大佬    时间: 2021-10-24 02:40
本帖最后由 喵星大佬 于 2021-10-24 02:42 编辑
fhh2626 发表于 2021-8-17 11:17
我也注意到了，SIRAH的力场形式和CHARMM/Amber一样，兼容性强，而且可以描述蛋白质的构象变化，比较看好 ...

这主要还是因为这个力场的粗粒程度远不如Martini，就说蛋白/肽的粗粒来说，平均2个非氢原子变一个珠子，而Martini力场最常用的R珠子是4变1，可以说是介于Martini和Gromos之间的粗粒化力场，精度和对各种过程的描述能力也介于之间是很容易理解的。肽的骨架结构来看基本可以说就是一种把极性氢也给联合了的联合原子力场
作者
Author: tjuptz    时间: 2021-10-24 22:03
喵星大佬 发表于 2021-10-24 02:40
这主要还是因为这个力场的粗粒程度远不如Martini，就说蛋白/肽的粗粒来说，平均2个非氢原子变一个珠子， ...

这个力场主要还是针对生物体系的，以实验数据为标准拟合参数，不像martini可以广泛参数化各种体系
作者
Author: 喵星大佬    时间: 2021-10-24 22:29
tjuptz 发表于 2021-10-24 22:03
这个力场主要还是针对生物体系的，以实验数据为标准拟合参数，不像martini可以广泛参数化各种体系

不知道靠这玩意描述DNA Origami之类的体系能不能做的动，反正全原子力场一般的计算条件是不现实的
作者
Author: fhh2626    时间: 2021-10-25 09:39
喵星大佬 发表于 2021-10-24 02:40
这主要还是因为这个力场的粗粒程度远不如Martini，就说蛋白/肽的粗粒来说，平均2个非氢原子变一个珠子， ...

能用20fs步长的就是好猫
作者
Author: tjuptz    时间: 2021-11-28 17:45
本帖最后由 tjuptz 于 2021-12-16 11:48 编辑
k64_cc 发表于 2021-8-14 20:58
Martini现在已经不要求PME off了，Martini 3那篇文章就是全开PME算的。

这玩意最大的兼容性问题其实是 ...

看了下namd也支持改dielectric？
作者
Author: DwyaneWan    时间: 2024-4-12 01:47
fhh2626 发表于 2021-8-19 09:32
跑平衡模拟用NAMD3.0，跑自由能计算用NAMD2.15，你用19年的主程序肯定不会多快

Fu老师，跑自由能用namd2.15，不用3.0是什么原因呢？
作者
Author: fhh2626    时间: 2024-4-12 09:34
DwyaneWan 发表于 2024-4-12 01:47
Fu老师，跑自由能用namd2.15，不用3.0是什么原因呢？

现在要用3.0b6了

2021年NAMD3.0，尤其是主要的GPU-resident mode还不支持Colvars
作者
Author: DwyaneWan    时间: 2024-4-13 01:59
fhh2626 发表于 2024-4-12 09:34
现在要用3.0b6了

2021年NAMD3.0，尤其是主要的GPU-resident mode还不支持Colvars

的确，我一用colvars,不知道为啥5万原子体系，一天只有40ns
作者
Author: fhh2626    时间: 2024-4-13 14:55
DwyaneWan 发表于 2024-4-13 01:59
的确，我一用colvars,不知道为啥5万原子体系，一天只有40ns

用最新版本，在config文件中加上CUDASOAIntegrate  on，然后提交作业是选择用1个CPU核心（+p1）



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