计算化学公社

标题: 求助 QMMM跑动力学过程报错QM区域原子与MM区域原子距离太近 [打印本页]

作者
Author: elpa 时间: 2021-8-14 22:59
标题: 求助 QMMM跑动力学过程报错QM区域原子与MM区域原子距离太近
本帖最后由 elpa 于 2021-8-15 09:05 编辑

cp2k 用QMMM跑动力学，QM区域中心是两个金属离子，周围是60个水分子，MM区域都是水分子。跑到200步时报错提示两个粒子距离太近，查看结构发现是qm区域反应产生的一个质子（蓝色）与MM区域水分子中的氢原子（橙色）距离太近。QM区域已经设置反弹墙防止QM中的水分子跑出来，两个原子接触的地方就在墙，也就是QM CELL的边界。蓝色质子在QM CELL内，即墙内；橙色氢原子在QM CELL外，即墙外。  我怀疑报错是因为QM区域和MM区域氢之间排斥力太小。但我已经参照该例子(exercises:2018_ethz_mmm:h2o_md [CP2K Open Source Molecular Dynamics ])里H的LJ参数设置了QMMM部分的NONBONDED部分，但我感觉H的LJ参数太小，而且氢质子和水分子里的氢，电荷与LJ参数应该也不同。
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以下是QMMM部分输入文件
CELL ABC 39 39 39
QM CELL  A  15.4  B  13  C  17.4
&QMMM
CENTER EVERY_STEP
CENTER_TYPE PBC_AWARE_MAX_MINUS_MIN
ECOUPL GAUSS
USE_GEEP_LIB 10
NOCOMPATIBILITY TRUE

&WALLS
   TYPE       REFLECTIVE
   WALL_SKIN 0.5 0.5 0.5
&END

&FORCEFIELD
.......
   &LENNARD-JONES
      atoms H H
      EPSILON [kcalmol]  0.046
      SIGMA [angstrom] 0.400
      RCUT [angstrom] 6
      &END LENNARD-JONES
......
&END FORCEFIELD

&END QMMM

另外，我有一个问题，在QM/MM边界处的MM部分里的原子受力是怎么计算的？是受到QM原子的静电力和范德华力共同作用吗？如果是，那静电力怎么计算的？

作者
Author: elpa 时间: 2021-8-14 23:06
CELL ABC 39 39 39
QM CELL  A  15.4  B  13  C  17.4
&QMMM
CENTER EVERY_STEP
CENTER_TYPE PBC_AWARE_MAX_MINUS_MIN
ECOUPL GAUSS
USE_GEEP_LIB 10
NOCOMPATIBILITY TRUE

&WALLS
   TYPE       REFLECTIVE
   WALL_SKIN 0.5 0.5 0.5
&END

&FORCEFIELD
.......
   &LENNARD-JONES
      atoms H H
      EPSILON [kcalmol]  0.046
      SIGMA [angstrom] 0.400
      RCUT [angstrom] 6
      &END LENNARD-JONES
......
&END FORCEFIELD

&END QMMM

作者
Author: elpa 时间: 2021-8-14 23:07
本帖最后由 elpa 于 2021-8-15 08:47 编辑

elpa 发表于 2021-8-14 23:06
CELL ABC 39 39 39
QM CELL A 15.4 B 13 C 17.4
&QMMM

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-14 23:48

elpa 发表于 2021-8-14 23:07
这是我输入文件里QMMM部分

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了

作者
Author: elpa 时间: 2021-8-15 08:46

sobereva 发表于 2021-8-14 23:48
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

好的老师

作者
Author: elpa 时间: 2021-8-16 10:51
我把QMMM部分FORCEFIELD 里H的LJ参数随意增大很多就不报错了。但是不合理。

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