计算化学公社

标题: CDA电荷分解的片段定义问题 [打印本页]
作者
Author: 风飞    时间: 2015-12-30 19:48
标题: CDA电荷分解的片段定义问题
老师：您好！我们在做CDA电荷分解的时候，需要定义两个片段，请问对于这两个片段的电荷或者是多重度进行定义的时候，我们是否有依据呢？对于已知的片段，我们可以根据常识，例如您给的例子中的CH3NH2(根据常识把片段CH3和片段CO定义为自由基），那请问，对于其他不知道的它是否带电荷（或者带几个电荷）或者是自由基的这种片段，我们需要怎样来定义它的电荷（自选多重度）呢？还是我们根据化学直觉去判断，如何保证总的电荷（自旋多重度）和复化合物是一致的就可以了呢？谢谢老师！
作者
Author: sobereva    时间: 2015-12-31 00:59
先确定要怎么划分，然后根据化学直觉、或者计算原子电荷加和为片段电荷，考虑怎么设定片段电荷合适。建议尽量让片段都是闭壳层状态，这样不用alpha和beta分别讨论，讨论方便些。
作者
Author: 风飞    时间: 2015-12-31 01:21
老师：首先，谢谢您这么晚了还帮我们解答问题！对于您说的我还有几点疑问：问1：您说“先确定要怎么划分”。是说：先要确定片段的组成吗？例如：[Sb3Au3Sb3]3-,这样一个Sandwich化合物，先确定片段1为Sb3,片段2为Au3Sb3,然后再判断它的电荷，是吗？问2：您说"计算原子电荷加和为片段电荷" 这个部分，是从out文件中的 Mulliken charges中看，还是需要重新算NBO的NPA电荷来看呢？
作者
Author: sobereva    时间: 2015-12-31 01:53
风飞 发表于 2015-12-31 01:21
老师：首先，谢谢您这么晚了还帮我们解答问题！对于您说的我还有几点疑问：问1：您说“先确定要怎么划分” ...

1 是的
2 计算原子电荷的方法很多，见此文的对比讨论http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml。NPA几乎总是比Mulliken要好，但绝对不是唯一选择。
作者
Author: 风飞    时间: 2015-12-31 20:43
老师：您好！在对CDA的一个片段用高斯优化的时候，出现错误如下请问是怎么回事呢？谢谢！错误：” Symmetry not used in FoFCou.“我的输入文件：#p pbe1pbe/def2tzvp nosymm pop=full IOp(3/32=2)，第一个片段高斯优化正常结束，
作者
Author: sobereva    时间: 2015-12-31 22:56
风飞 发表于 2015-12-31 20:43
老师：您好！在对CDA的一个片段用高斯优化的时候，出现错误如下请问是怎么回事呢？谢谢！错误：” Symmetry ...

这根本不是出错提示，不用管
作者
Author: 风飞    时间: 2015-12-31 23:03
可是它就是linkdie了
作者
Author: 风飞    时间: 2015-12-31 23:12
本帖最后由 风飞 于 2016-1-1 09:53 编辑
风飞 发表于 2015-12-31 23:03
可是它就是linkdie了

我的输入文件是:#p pbe1pbe/def2tzvp nosymm pop=full IOp(3/32=2),请问还有可能是什么原因呢？
作者
Author: 风飞    时间: 2016-1-1 09:59
本帖最后由 风飞 于 2016-1-1 16:05 编辑
风飞 发表于 2015-12-31 23:03
可是它就是linkdie了

老师：您好!首先祝您元旦快乐！抱歉的是在这过节之际还打扰您！附件是我之前报错（出现的错误是： Symmetry not used in FoFCou.  Harris En= -1504.63199867423   JPrj=0 DoOrth=F DoCkMO=F. Leave Link  401 at Sat Dec 13 20:45:43 2014, MaxMem=   104857600 cpu:        10.0）的输入文件，谢谢老师！


作者
Author: sobereva    时间: 2016-1-1 12:52
风飞 发表于 2016-1-1 09:59
老师：您好!首先祝您元旦快乐！抱歉的是在这过节之际还打扰您！附件是我之前报错（出现的错误是： Symmet ...

可能是bug，换成def2SVP试试。或者不写3/32=2试试（之后用fch文件作为CDA输入文件），或者换老版本试试
作者
Author: 风飞    时间: 2016-1-1 13:20
本帖最后由 风飞 于 2016-1-1 13:30 编辑
sobereva 发表于 2016-1-1 12:52
可能是bug，换成def2SVP试试。或者不写3/32=2试试（之后用fch文件作为CDA输入文件），或者换老版本试试

老师：那对于其余片段和复合物是否需要统一下，例如：如果是第一种：换成def2SVP,是否需要重新优化，用def2SVP输出的那个结构文件，                                                                                        如果是第二种：另外的片段是否也不写3/32=2.
                                                                                        如果是第三种：之前您说高斯的老版本不直接支持def2TZVP,我是否需要拷入定义直接进行计算····
         最后：老师：高斯怎么这么多的bug呢？
作者
Author: sobereva    时间: 2016-1-1 13:53
风飞 发表于 2016-1-1 13:20
老师：那对于其余片段和复合物是否需要统一下，例如：如果是第一种：换成def2SVP,是否需要重新优化，用de ...

1 不用
2 如果你用fch文件作为输入，都不需要写任何IOp
3 从G09 B.01开始都支持直接写def2
作者
Author: 风飞    时间: 2016-1-1 15:39
本帖最后由 风飞 于 2016-1-1 16:04 编辑

恩，好的，谢谢老师，我试了试，发现去掉IOP没有用，如果用第一种方法，基组换成def2svp,片段和化合物都要在def2svp下进行，是吗？
作者
Author: sobereva    时间: 2016-1-1 20:23
风飞 发表于 2016-1-1 15:39
恩，好的，谢谢老师，我试了试，发现去掉IOP没有用，如果用第一种方法，基组换成def2svp,片段和化合物都要 ...

对
片段和复合物计算基组必须严格一致
作者
Author: 风飞    时间: 2016-1-16 20:47
本帖最后由 风飞 于 2016-1-26 10:56 编辑

老师：您好！在做CDA分解的时候出现闪退，可以麻烦您帮忙看看吗？我检查了关键词和原子序号，没找到原因，谢谢！
作者
Author: sobereva    时间: 2016-1-16 22:44
风飞 发表于 2016-1-16 20:47
老师：您好！在做CDA分解的时候出现闪退，可以麻烦您帮忙看看吗？我检查了关键词和原子序号，没找到原因， ...

不会闪退啊，用3.3.9(dev)版没问题。如果你的版本老，换成新版本

PS：较大的文本文件的附件请压缩后再上传，以节省论坛空间。
作者
Author: 风飞    时间: 2016-1-17 10:10
sobereva 发表于 2016-1-16 22:44
不会闪退啊，用3.3.9(dev)版没问题。如果你的版本老，换成新版本

PS：较大的文本文件的附件请压缩后再 ...

老师：我又试了试，并且把版本也重新装了，可是还是出现了闪退，我输入整体化合物的时候，定义片段为两个，但是当我输入第一个片段的时候，就闪退了，
作者
Author: sobereva    时间: 2016-1-17 10:15
风飞 发表于 2016-1-17 10:10
老师：我又试了试，并且把版本也重新装了，可是还是出现了闪退，我输入整体化合物的时候，定义片段为两个 ...

你载入的顺序不对吧，先载入
SbAuSb-(-3).out
然后依次
SbAuSb-(-3)_-sb.out
SbAuSb-(-3)_-_sbAu.out
作者
Author: 风飞    时间: 2016-1-17 11:17
sobereva 发表于 2016-1-17 10:15
你载入的顺序不对吧，先载入
SbAuSb-(-3).out
然后依次

老师：您好！我载入的顺序是按照您说的来做的，所以````,
作者
Author: sobereva    时间: 2016-1-18 00:26
风飞 发表于 2016-1-17 11:17
老师：您好！我载入的顺序是按照您说的来做的，所以````,

能正常载入啊，载入过程的输出信息都在附件里，你仔细对照一下
作者
Author: 风飞    时间: 2016-1-20 14:55
本帖最后由 风飞 于 2016-1-20 15:00 编辑
sobereva 发表于 2016-1-18 00:26
能正常载入啊，载入过程的输出信息都在附件里，你仔细对照一下

老师：您好！不知道为什么，在我的电脑上定义第一个片段时就会出现闪退的情况，这个可能是什么原因呢？谢谢，我重新装了multiwfn,还是这样，但是我其他的有一个结构却能用CDA，迷惑
作者
Author: sobereva    时间: 2016-1-20 15:03
风飞 发表于 2016-1-20 14:55
老师：您好！不知道为什么，在我的电脑上定义第一个片段时就会出现闪退的情况，这个可能是什么原因呢？谢 ...

看看是不是路径太长了，或者路径有奇怪的字符
作者
Author: 风飞    时间: 2016-1-20 15:10
本帖最后由 风飞 于 2016-1-20 15:32 编辑
sobereva 发表于 2016-1-20 15:03
看看是不是路径太长了，或者路径有奇怪的字符

老师：我把我传给您的文件下载下来放到了另外一台电脑的桌面上，运行了一遍，还是在定义第一个片段的时候出现了闪退，可是我传给您，您就可以用，我这边就不行呢？您说是不是路劲太长，我是否需要重新生成新的out文件然后设置保存路劲短一些，还是只是移下位置呢？老师我上传了载入的过程的图片，麻烦您看看，谢谢，，
作者
Author: sobereva    时间: 2016-1-20 20:10
风飞 发表于 2016-1-20 15:10
老师：我把我传给您的文件下载下来放到了另外一台电脑的桌面上，运行了一遍，还是在定义第一个片段的时候 ...

别带双引号
文件路径有空格的时候你若直接把文件拖进去就会自动加上双引号
作者
Author: 风飞    时间: 2016-1-20 21:07
sobereva 发表于 2016-1-20 20:10
别带双引号
文件路径有空格的时候你若直接把文件拖进去就会自动加上双引号

恩，老师，弄好了。我把文件名中的空格给删了，就好了，，谢谢老师！
作者
Author: 风飞    时间: 2016-1-20 22:29
sobereva 发表于 2016-1-1 20:23
对
片段和复合物计算基组必须严格一致

老师：您好！对于CDA分析的结果，我有如下不明之处：
1）d:表示的是片段1向片段2提供电子，b:表示片段2向片段1提供电子，d-b表示:片段1向片段2转移的净电子数，在我的部分输出结果中（黄色方框中），发现b值为负值，而且还比较大，：这个是否说明:片段2向片段1转移了-0.19个电子，也就是说片段1向片段2转移了0.19个e,可是这个为什么不和前面的d值一样呢？就像图片中的轨道98和99，很明显，轨道98的d值远远大于轨道99的，但是由于b值得差异，导致净电子转移的值99号大于98号，请问这说明什么问题呢？
2）老师：您帖子中说r非常的负，说明该轨道的形成降低了电子之间的斥力，请问这个“非常负”是指的是相对于该CDA的输出结果的值，还是有一定的范围和标准呢？
3）是否负的r所对应的轨道都是成键轨道呢？
4）这里的轨道编号是否和分子轨道的编号是对应的？
5）在您帖子中分析了b最大，d最大，这些是否也是只是一个相对于该CDA的输出结果而言，没有一定的标准，
6）您分析了b,d最大，r非常的负，那请问b（d)最负是否表示：片段1（2）想片段2（1）转移的电子最多，例如：d最负：片段2向片段1转移的电子最多，r非常负，表示成键轨道，若r非常正，表示的是什么呢？
这些问题有些重复啰嗦，还请老师见谅，期待老师的答复，谢谢!
作者
Author: sobereva    时间: 2016-1-21 05:35
风飞 发表于 2016-1-20 22:29
老师：您好！对于CDA分析的结果，我有如下不明之处：
1）d:表示的是片段1向片段2提供电子，b:表示片段2 ...


1 d、b是分别计算的，公式不一样，d是用片段1的占据轨道与片段2的空轨道计算的，b是片段2的占据轨道与片段1的空轨道计算的。CDA特别适用的情况d、b都为正值，像此例b很负，说明可能有显著的极化效应掺进去，此时不能靠-0.19这个值说明电子转移。

2 没有什么标准

3 基本都是

4 和复合物的分子轨道编号对应

5 对

6 d、b的负值没法用于讨论电子转移，是极化作用所致。正值时才能讨论电子转移（但极化效应还是会掺入其中影响其数值）。

CDA主要就是给你个用于讨论电子转移的定性数据，定量算准整体转移量的话得用可靠的原子电荷计算方法计算片段电荷来讨论。
作者
Author: 风飞    时间: 2016-1-21 09:38
sobereva 发表于 2016-1-21 05:35
1 d、b是分别计算的，公式不一样，d是用片段1的占据轨道与片段2的空轨道计算的，b是片段2的占据轨道与 ...

谢谢老师您的解答，那请问，r（涉及到极化效应的电子）为负基本可以 表示成键，那么r为正是否可以表示为反键轨道呢？还是可以表示其他？在什么情况下，他可以表示反键轨道呢？，谢谢！
作者
Author: sobereva    时间: 2016-1-21 09:54
风飞 发表于 2016-1-21 09:38
谢谢老师您的解答，那请问，r（涉及到极化效应的电子）为负基本可以 表示成键，那么r为正是否可以表示为 ...

正的情况一般对应反键轨道，建议结合轨道图形再进一步确认
作者
Author: 风飞    时间: 2016-1-21 10:43
sobereva 发表于 2016-1-21 09:54
正的情况一般对应反键轨道，建议结合轨道图形再进一步确认

恩 ，好的 谢谢老师！同样是否是正值越大，表示反键越程度越高
作者
Author: sobereva    时间: 2016-1-21 12:09
风飞 发表于 2016-1-21 10:43
恩 ，好的 谢谢老师！同样是否是正值越大，表示反键越程度越高

往往如此
作者
Author: 风飞    时间: 2016-1-21 12:12
sobereva 发表于 2016-1-21 12:09
往往如此

谢谢老师！
作者
Author: 风飞    时间: 2016-1-26 10:53
sobereva 发表于 2016-1-21 12:09
往往如此

老师：您好！您看对于对于这样一个层状化合物，想考察C6H6对Pd3的贡献，在做CDA分析的时候，您觉得有必要分解为三个片段吗？例如分为片段1：C6H6 片段2：(PdCO)3 片段3：C6H6。还是可以就直接分解为两个片段：片段1：C6H6，片段2：(PdCO)3C6H6,您怎样看？谢谢！
作者
Author: sobereva    时间: 2016-1-26 16:53
风飞 发表于 2016-1-26 10:53
老师：您好！您看对于对于这样一个层状化合物，想考察C6H6对Pd3的贡献，在做CDA分析的时候，您觉得有必要 ...

没法说对Pd3的贡献，只能说C6H6与Pd3的相互作用。
可以分解为三个片段
作者
Author: 风飞    时间: 2016-1-26 19:39
本帖最后由 风飞 于 2016-1-26 19:47 编辑
sobereva 发表于 2016-1-26 16:53
没法说对Pd3的贡献，只能说C6H6与Pd3的相互作用。
可以分解为三个片段

老师：您好！您之前说在CDA分析的结果中b和d出现负值是极化作用造成的，所以我们一般不考虑负的d和b的值，那么请问有-b或者是-d存在的那一行的d-b和r是否也不考虑和分析，例如图片中的94号中b和d都是正值，因此可以考虑d-b和r的值，相反95-99中d和b都是其中有一个或者是有两个是负值，所以他们所对应d-b和r的可以不考虑。但是我们可以单独的考虑正值的d和b,是吗？
作者
Author: sobereva    时间: 2016-1-27 10:03
风飞 发表于 2016-1-26 19:39
老师：您好！您之前说在CDA分析的结果中b和d出现负值是极化作用造成的，所以我们一般不考虑负的d和b的值 ...


如果d、b之一或两个都是明显负值，就不要讨论d-b，此时也没什么意义，没法对应电荷转移
如果负值很小，d-b还是可以讨论的。
作者
Author: 风飞    时间: 2016-1-27 10:13
sobereva 发表于 2016-1-27 10:03
如果d、b之一或两个都是明显负值，就不要讨论d-b，此时也没什么意义，没法对应电荷转移
如果负值很小 ...

恩 ，好 的 谢谢老师！
作者
Author: 风飞    时间: 2016-3-13 09:38
本帖最后由 风飞 于 2016-3-13 10:09 编辑
sobereva 发表于 2016-1-26 16:53
没法说对Pd3的贡献，只能说C6H6与Pd3的相互作用。
可以分解为三个片段

老师：最近做 一个CDA分析，又出现问题了，我的把金属片段和非金属片段分开了，各个输入文件，请您看看附件，我把我的化合物拆分成了5个片段，由于片段1至片段4都是输入文件都是一样的，所以就只给您看了一个，由于体系中存在金属Co,所以加了匽示基组，但是单独定义片段金属时，不管有没有加那个pseudo=read,都出现这种错误，请问是什么原因呢？谢谢！
作者
Author: sobereva    时间: 2016-3-13 09:49
风飞 发表于 2016-3-13 09:38
老师：最近做 一个CDA分析，又出现问题了，我的把金属片段和非金属片段分开了，各个输入文件，请您看看附 ...

哪有附件？
作者
Author: 风飞    时间: 2016-3-13 10:10
sobereva 发表于 2016-3-13 09:49
哪有附件？

抱歉，老师可能是网速不好，传的时候出问题了，已经传好了 谢谢
作者
Author: sobereva    时间: 2016-3-13 10:13
风飞 发表于 2016-3-13 10:10
抱歉，老师可能是网速不好，传的时候出问题了，已经传好了 谢谢


截图看不全，你直接把高斯输入输出文件打包发上来
作者
Author: 风飞    时间: 2016-3-13 10:28
本帖最后由 风飞 于 2016-3-13 13:55 编辑
sobereva 发表于 2016-3-13 10:13
截图看不全，你直接把高斯输入输出文件打包发上来

老师：您好！输入文件和对应out文件已经上传
作者
Author: sobereva    时间: 2016-3-13 10:34
风飞 发表于 2016-3-13 10:28
老师：您好！输入文件和对应out文件已经上传

CDA分析一定不要用弥散函数，在此文里特别强调了：
http://www.hanspub.org/journal/P ... .aspx?paperID=16370

Co2片段计算时可看到提示
Standard basis: SDD (6D, 10F)
而其它片段和整体计算时都是现实(5D, 7F)，因此不对应。为解决此问题，计算Co2的时候加上5d 7f关键词。
作者
Author: 风飞    时间: 2016-3-13 10:48
本帖最后由 风飞 于 2016-3-13 10:59 编辑
sobereva 发表于 2016-3-13 10:34
CDA分析一定不要用弥散函数，在此文里特别强调了：
http://www.hanspub.org/journal/PaperInformation.a ...


老师：好的，谢谢老师。由于之前优化加了弥散，那么我现在进行CDA计算，是重新优化呢？还是只需要在定义片段的时候去掉弥散即可呢？谢谢！CDA分析说，ECDA并不适合超过两个片段的分析，因此对多个片段的净电子转移的分析，我们可以直接看CDA的d-b的结果是吗？您博文中说这个并不是很可靠，请问老师。您怎样看呢？谢谢！
作者
Author: sobereva    时间: 2016-3-13 12:58
风飞 发表于 2016-3-13 10:48
老师：好的，谢谢老师。由于之前优化加了弥散，那么我现在进行CDA计算，是重新优化呢？还是只需要在定 ...


去掉弥散再算单点即可。
如果你要考察每两个片段之间的转移，只能靠d-b，虽然不总是很可靠。如果感兴趣的只是最终片段的电荷分布，还是用合适的方法计算原子电荷考察为宜。
作者
Author: 风飞    时间: 2016-3-13 15:08
sobereva 发表于 2016-3-13 12:58
去掉弥散再算单点即可。
如果你要考察每两个片段之间的转移，只能靠d-b，虽然不总是很可靠。如果感兴 ...

谢谢老师！
作者
Author: 风飞    时间: 2020-5-12 16:29
sobereva 发表于 2016-1-21 05:35
1 d、b是分别计算的，公式不一样，d是用片段1的占据轨道与片段2的空轨道计算的，b是片段2的占据轨道与 ...

老师，您好，您说d和b为负值的时候不能用于讨论电子转移，那请问带有负值的d和b轨道否影响对应r的讨论呢？例如上图的98号轨道，d具有明显的负值，其r也是最负，因此得出98号轨道体现出明显的反键轨道特征，我想问的是：即使d具有明显的负值，该结论也不会发生改变？是吗？
作者
Author: sobereva    时间: 2020-5-12 22:52
风飞 发表于 2020-5-12 16:29
老师，您好，您说d和b为负值的时候不能用于讨论电子转移，那请问带有负值的d和b轨道否影响对应r的讨论呢 ...

d,b是什么情况和r没直接关系。为负的时候照常讨论r



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