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标题: 利用高斯优化Ni15团簇，优化出来的结构散架了应该如何解决？ [打印本页]

作者
Author: 4ftermath 时间: 2021-8-15 22:18
标题: 利用高斯优化Ni15团簇，优化出来的结构散架了应该如何解决？
我利用高斯优化Ni15团簇，团簇原子坐标来自于剑桥的一个数据库（具体参考http://mu****g.com/t-5443513-1），输入文件如下（坐标我乘了Ni的晶格常数）
%chk=D:\GAUSSIAN CAL\Ni15.chk
%nprocshared=24
%mem=24000MB
# opt freq b3lyp/lanl2dz guess=huckel geom=connectivity
scf=(fermi,maxcyc=500)

Ni15

0 1
Ni                0.00000000 0.00000000 0.00000000
Ni                0.00000000 0.00000000 2.23500000
Ni                0.00000000 0.00000000 -2.23500000
Ni                1.13510000 -1.96610000 1.04080000
Ni                1.13510000 1.96610000 1.04080000
Ni                1.96610000 1.13510000 -1.04080000
Ni                1.96610000 -1.13510000 -1.04080000
Ni                0.00000000 2.27030000 -1.04080000
Ni             -1.13510000 -1.96610000 1.04080000
Ni                0.00000000 -2.27030000 -1.04080000
Ni             -1.13510000 1.96610000 1.04080000
Ni             -2.27030000 0.00000000 1.04080000
Ni             -1.96610000 1.13510000 -1.04080000
Ni             -1.96610000 -1.13510000 -1.04080000
Ni                2.27030000 0.00000000 1.04080000

1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 5 1.0 6 1.0 7 1.0 8 1.0 9 1.0 10 1.0 11 1.0 12 1.0 13 1.0 14 1.0 15 1.0
2 4 1.0 5 1.0 9 1.0 11 1.0 12 1.0 15 1.0
3 6 1.0 7 1.0 8 1.0 10 1.0 13 1.0 14 1.0
4 7 1.0 9 1.0 10 1.0 15 1.0
5 6 1.0 8 1.0 11 1.0 15 1.0
6 7 1.0 8 1.0 15 1.0
7 10 1.0 15 1.0
8 11 1.0 13 1.0
9 10 1.0 12 1.0 14 1.0
10 14 1.0
11 12 1.0 13 1.0
12 13 1.0 14 1.0
13 14 1.0
14
15

输入的图像如下：
(, 下载次数 Times of downloads: 24)
输出的图像：
(, 下载次数 Times of downloads: 25)
请各位高手指点一下，感激不尽，输出文件在附件中

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-8-15 23:23
参见http://sobereva.com/414
另：你选择的泛函严重不合理，关于如何给这种体系选取正确的泛函，参见http://sobereva.com/272

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-15 23:35
不要带着guess=huckel，这比起默认的初猜差远了

maxcyc=500这种关键词毫无意义，对于不知道监控计算进程的初学者还会白浪费大量时间
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

过渡金属团簇绝对不应当用B3LYP。用TPSS、PBE、BP86、MN15L等都合适得多

基组建议改用SDD

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-8-16 00:00
那B3LYP算Ni团簇？？？？用TPSS或者MN15L啊

作者
Author: 4ftermath 时间: 2021-8-16 09:57

wzkchem5 发表于 2021-8-15 23:23
参见http://sobereva.com/414
另：你选择的泛函严重不合理，关于如何给这种体系选取正确的泛函，参见http: ...

谢谢您的帮助，我去仔细研究一下

作者
Author: 4ftermath 时间: 2021-8-16 09:58

sobereva 发表于 2021-8-15 23:35
不要带着guess=huckel，这比起默认的初猜差远了

maxcyc=500这种关键词毫无意义，对于不知道监控计算进程 ...

谢谢sob老师的意见，我去试一试

作者
Author: 4ftermath 时间: 2021-8-16 09:59

喵星大佬发表于 2021-8-16 00:00
那B3LYP算Ni团簇？？？？用TPSS或者MN15L啊

谢谢您，我去试试

作者
Author: 4ftermath 时间: 2021-8-16 11:01

sobereva 发表于 2021-8-15 23:35
不要带着guess=huckel，这比起默认的初猜差远了

maxcyc=500这种关键词毫无意义，对于不知道监控计算进程 ...

sob老师，我按照您说的试了一下，出现了一点问题，恳请您的帮助
报错信息如下：
No stored fitting set matched to this AO basis.
Error termination via Lnk1e in E:\G09W\l301.exe

这是我的输入文件：
%chk=D:\GAUSSIAN CAL\Ni15.chk
%nprocshared=48
%mem=48000MB
# opt freq tpsstpss/sdd/fit geom=connectivity

Ni15

0 1
Ni                0.00000000 0.00000000 0.00000000
Ni                0.00000000 0.00000000 2.23500000
Ni                0.00000000 0.00000000 -2.23500000
Ni                1.13510000 -1.96610000 1.04080000
Ni                1.13510000 1.96610000 1.04080000
Ni                1.96610000 1.13510000 -1.04080000
Ni                1.96610000 -1.13510000 -1.04080000
Ni                0.00000000 2.27030000 -1.04080000
Ni             -1.13510000 -1.96610000 1.04080000
Ni                0.00000000 -2.27030000 -1.04080000
Ni             -1.13510000 1.96610000 1.04080000
Ni             -2.27030000 0.00000000 1.04080000
Ni             -1.96610000 1.13510000 -1.04080000
Ni             -1.96610000 -1.13510000 -1.04080000
Ni                2.27030000 0.00000000 1.04080000

1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 5 1.0 6 1.0 7 1.0 8 1.0 9 1.0 10 1.0 11 1.0 12 1.0 13 1.0 14 1.0 15 1.0
2 4 1.0 5 1.0 9 1.0 11 1.0 12 1.0 15 1.0
3 6 1.0 7 1.0 8 1.0 10 1.0 13 1.0 14 1.0
4 7 1.0 9 1.0 10 1.0 15 1.0
5 6 1.0 8 1.0 11 1.0 15 1.0
6 7 1.0 8 1.0 15 1.0
7 10 1.0 15 1.0
8 11 1.0 13 1.0
9 10 1.0 12 1.0 14 1.0
10 14 1.0
11 12 1.0 13 1.0
12 13 1.0 14 1.0
13 14 1.0
14
15

作者
Author: biogon 时间: 2021-8-16 11:19

4ftermath 发表于 2021-8-16 11:01
sob老师，我按照您说的试了一下，出现了一点问题，恳请您的帮助
报错信息如下：
No stored fitting s ...

fit去了

作者
Author: snljty 时间: 2021-8-16 11:54

4ftermath 发表于 2021-8-16 11:01
sob老师，我按照您说的试了一下，出现了一点问题，恳请您的帮助
报错信息如下：
No stored fitting s ...

Gaussian里sdd没有内置的辅助基组，可以用Auto来生成，不过没什么必要，Gaussian的密度拟合本来就做的不够好，而且自己拟合的辅助基组效率也不够高。就十五个镍，有48核，根本算不了多长时间。

作者
Author: wcxxgk 时间: 2023-8-26 12:54
您好！麻烦问一下您这个结构散架的问题解决了吗？我优化一个硼团簇也面临同样的问题，所以想问一下是否有合适的泛函和基组可以推荐一下？谢谢！

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