计算化学公社

标题: 请问Gromacs可以计算内聚能密度吗？ [打印本页]

作者
Author: yyoungssea 时间: 2021-8-16 09:45
标题: 请问Gromacs可以计算内聚能密度吗？
请问gromacs能否计算内聚能密度，就像ms中的forcite模块？

作者
Author: yyoungssea 时间: 2021-8-16 19:22
本帖最后由 yyoungssea 于 2021-8-17 07:46 编辑

试着用计算组间相互作用的方法，计算分子间相互作用，貌似方法可行。思路如下：
1. 用python编写一个程序，用来制作index文件，将每一个残基或分子作为一个分组；
2. 采用rerun计算每个分组（也是每个分子）的相互作用，这里可能就是指分子内相互作用；
3. 用python编写程序，用来读取md.log中的相互作用能数据，并写入一个文本里保存；
4. 第2，3步可以用bat文件或bash文件循环执行；
5. 数据处理，分子间相互作用=体系总相互作用-每个分子的相互作用，内聚能密度=分子间相互作用/摩尔体积
以上思路只用于计算单帧（一般为最后一帧）的内聚能密度。

作者
Author: SherryLiu 时间: 2021-8-17 05:12

yyoungssea 发表于 2021-8-16 19:22
试着用计算组间相互作用的方法，计算分子间相互作用，貌似方法可行。思路如下：
1. 用python编写一个程序 ...

根据楼主给出的定义，应该可以用gmx_MM/PBSA来算结合自由能，可以查看这个帖子：http://bbs.keinsci.com/thread-23634-1-1.html。

作者
Author: yyoungssea 时间: 2021-8-17 07:43

SherryLiu 发表于 2021-8-17 05:12
根据楼主给出的定义，应该可以用gmx_MM/PBSA来算结合自由能，可以查看这个帖子：http://bbs.keinsci.com/ ...

好的，谢谢。

作者
Author: Nannan27 时间: 2023-6-8 10:54
您好，请问您用您所给出的方法算出内聚能密度了吗

作者
Author: Acee 时间: 2024-4-5 15:14
可以，我已实现内聚能密度的计算

作者
Author: Shuang-Jie 时间: 2024-4-8 11:47

Acee 发表于 2024-4-5 15:14
可以，我已实现内聚能密度的计算

您怎么算的方便分享一下不？

作者
Author: Acee 时间: 2024-4-8 12:35

Shuang-Jie 发表于 2024-4-8 11:47
您怎么算的方便分享一下不？

我开发了一个python package专门用来算这个，你需要的话可以关注这个MD Mimic Cosmos的公众号，上面有我的联系方式，我们可以一起探讨一下

作者
Author: tangwenke 时间: 2024-12-30 20:02

Acee 发表于 2024-4-8 12:35
我开发了一个python package专门用来算这个，你需要的话可以关注这个MD Mimic Cosmos的公众号，上面有我 ...

你好你的微信名不存在

作者
Author: tangwenke 时间: 2024-12-30 20:03

Acee 发表于 2024-4-8 12:35
我开发了一个python package专门用来算这个，你需要的话可以关注这个MD Mimic Cosmos的公众号，上面有我 ...

你好你的用户名不存在

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