计算化学公社

标题: 使用簇模型+混合基组优化碱基对构象，基组选择是否合理？ [打印本页]

作者
Author: 一个用户名 时间: 2021-8-16 09:59
标题: 使用簇模型+混合基组优化碱基对构象，基组选择是否合理？
本帖最后由一个用户名于 2021-8-16 16:13 编辑

课题组需要研究一个天然碱基-金属离子-人工碱基碱基对的稳定性，但将碱基对剥离出来跑优化总是会偏离平面构象，因此我设想使用簇模型解决该问题。 (, 下载次数 Times of downloads: 16)

如图，我计划保留并冻结上一层和下一层的碱基对，并冻结中层碱基对核糖两侧的氧原子，以限制碱基对的偏移。为此，我目前有两个疑问：
1. 现有电脑只有4核，更高核数服务器需要租赁。该结构有接近130个原子，是否会出现优化跑不动的情况？
2. 我计划使用TPSSh-D3(BJ)泛函；Cu使用SDD基组，冻结原子使用6-31G**，非冻结原子使用6-311G**。不知老师对该组合有无优化建议？
【更新】有的老师提到4核太少，我准备租更高核数（12或者16）的服务器，请老师们以这个为准。

作者
Author: biogon 时间: 2021-8-16 12:36
4核是甭想了

作者
Author: hdhxx123 时间: 2021-8-16 13:20
130+原子四核优化精度只能xtb；你下面说的那个精度还不错，（是SDD），但是需要的服务器级别是http://sobereva.com/444博文里的较好双路服务器起步

作者
Author: 一个用户名 时间: 2021-8-16 16:14

hdhxx123 发表于 2021-8-16 13:20
130+原子四核优化精度只能xtb；你下面说的那个精度还不错，（是SDD），但是需要的服务器级别是http://sober ...

（SDD已更正）那请问如果是12或者16核的，这个精度可以吗？

作者
Author: hdhxx123 时间: 2021-8-16 20:12

一个用户名发表于 2021-8-16 16:14
（SDD已更正）那请问如果是12或者16核的，这个精度可以吗？

精度对这么大的体系没问题，只是怕你要跑太久

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-16 21:43
有个16核机子DFT优化这个没压力

上下两层用6-31G*也可以接受

为节约时间可以去掉氢的极化，对当前问题影响甚微

作者
Author: 一个用户名 时间: 2021-8-16 21:51

sobereva 发表于 2021-8-16 21:43
有个16核机子DFT优化这个没压力

上下两层用6-31G*也可以接受

明白，感谢卢老师

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