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标题: gromacs多种分子体系，对其中一种分子加了位置限制后跑NPT出现空洞 [打印本页]

作者
Author: 尘劫 时间: 2021-8-17 09:27
标题: gromacs多种分子体系，对其中一种分子加了位置限制后跑NPT出现空洞
本帖最后由尘劫于 2021-8-17 09:27 编辑

我的结构主要分成上下两层，第一层分子A，首先建立一个10*10*6的盒子，insert-molecular插入分子，然后不加位置限制跑了一下NPT收缩盒子到大概7*7*5. 然后修改NPT之后的体系，用editconf在z方向增大盒子到20，最后依次插入分子B和C。这个时候我想只收缩盒子的z方向，xy方向不收缩，而且A分子层作为基底在z方向加了[position_restrain]所以使用了各项异性的控压。但是跑完3ns之后出现了空洞，盒子也仅在开始的一段时间收缩了一下就不收缩了，所以在此求助一下各位怎么解决这个问题。这是我的NPT设置参数文件。
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这是我的结构
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这是我跑完NPT之后的结构，出现了空洞，盒子也只在开始的时候收缩了一下
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这是位置限制文件的itp
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作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-17 20:42
分别尝试
refcoord-scaling改为com
不设位置限制
不开DispCorr

作者
Author: 尘劫 时间: 2021-8-18 10:49

sobereva 发表于 2021-8-17 20:42
分别尝试
refcoord-scaling改为com
不设位置限制

好的，谢谢sob老师。我之前试过不设位置限制，就没有空洞，盒子收缩的很好，我再试试另外两种方法

作者
Author: 尘劫 时间: 2021-8-20 08:54

sobereva 发表于 2021-8-17 20:42
分别尝试
refcoord-scaling改为com
不设位置限制

sob老师，尝试了不设位置限制结构没有空洞。但是单独尝试了另外两种，结构都是有空洞，而且这两种结合使用的时候结构甚至出现了分层。这是为什么啊？

作者
Author: 尘劫 时间: 2021-8-20 09:54
refcoord-scaling改成了com以及dispcorr改成了no，结构分层了

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-21 13:34

尘劫发表于 2021-8-20 09:54
refcoord-scaling改成了com以及dispcorr改成了no，结构分层了

可能是用了z方向位置限制导致z方向压力计算有问题，导致z方向控压后盒子尺寸不合理
如果没有绝对必要用限制就别用

作者
Author: xxzj 时间: 2021-10-5 08:24

sobereva 发表于 2021-8-21 13:34
可能是用了z方向位置限制导致z方向压力计算有问题，导致z方向控压后盒子尺寸不合理
如果没有绝对必要用 ...

老师，我npt跑完出现了下面的结果，盒子大小也没有变化，所以想请问老师是分子自身结构的问题吗？ (, 下载次数 Times of downloads: 11)

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-5 22:44

xxzj 发表于 2021-10-5 08:24
老师，我npt跑完出现了下面的结果，盒子大小也没有变化，所以想请问老师是分子自身结构的问题吗？

绝对不要用constraints = all-bonds
别写DispCorr = EnerPres
没更多信息没法判断，至少得有gro文件

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