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标题: 将三点水模型转为四点水模型后，gro文件里面的很多原子就没有了 [打印本页]

作者
Author: 牧生 时间: 2021-8-17 09:28
标题: 将三点水模型转为四点水模型后，gro文件里面的很多原子就没有了
本帖最后由牧生于 2021-8-17 11:46 编辑

事件起因：
一、使用amber力场，甲烷分子的itp由在线服务器http://bio2byte.be/acpype/得到。    将培训班教程里面的2304.gro转为2304.pdb以后，再用packmol建立冰+水+甲烷的体系tolerance 2.0
add_box_sides 1.2
output mix.pdb

structure ice.pdb
  number 1
  inside box 0. 0. 0. 28. 32. 30.
end structure

structure H2O.pdb
  number 800
  inside box 0. 0. 30. 28. 32. 60.
end structure

structure jiawan.pdb
  number 5
  inside box 0. 0. 30. 28. 32. 60.
end structure

二、将mix.pdb进行能量最小化以后，得到一个em-sol.gro文件

三、使用命令cat em-sol.gro |awk '{print $0;if($2=="OW"){a=$1;b=$3;c=$4;d=$5;e=$6;}if($2=="HW2")printf("%8s    MW %4d%8.3f%8.3f%8.3f\n",a,b,c,d,e)}' > newicebox.gro转为四点水模型，    并gmx editconf -f newicebox.gro -o newicebox2.gro，理顺编号

四、在topol里面把水模型改为四点水模型，在newicebox2.gro里面的原子总数改成四点水模型以后的总数
发现错误：
五、再次对newicebox2.gro能量最小化，就在第4730行出现错误，这一行是盒子的尺寸

Program:    gmx grompp, version 2019.6
Source file: src\gromacs\fileio\groio.cpp (line 142)

Fatal error:
Invalid line in newicebox2.gro for atom 4730:
2.91500 3.30700 6.04300

官方的解释为：
Invalid line in coordinate file for atom X

This error arises if the format of the .gro file is broken in some way. The most common explanation is that the second line in the .gro file specifies an incorrect number of atoms, causing grompp to continue searching for atoms but finding box vectors.

我检查了一下newicebox2.gro和newicebox.gro，差别在于，使用命令gmx editconf -f newicebox.gro -o newicebox2.gro转为四点水以后，有很多原子就不见了，请问一下这是为何。
(, 下载次数 Times of downloads: 7)

(, 下载次数 Times of downloads: 19)

(, 下载次数 Times of downloads: 11)

找到原因了，应该先在newicebox.gro里面的原子总数改成四点水模型以后的总数，再进行gmx editconf -f newicebox.gro -o newicebox2.gro理顺编号。

作者
Author: UPC-Ning 时间: 2021-8-24 21:13
想请教您一下使用packmol组建box时，必须要提供水分子的.pdb文件后续想使用spc三点水模型在.top文件中include spc.itp 后续做能量最小化时grompp处理.top文件时总是提醒warning: atom name 1 in .top and .pdb does not match。这种怎么解决呢无论是更改residue名称还是将H O H 位置更改为O H H 都是相同的提醒您知道怎么更换水模型的使用嘛

作者
Author: 牧生 时间: 2021-8-24 21:23
本帖最后由牧生于 2021-8-24 21:25 编辑

UPC-Ning 发表于 2021-8-24 21:13
想请教您一下使用packmol组建box时，必须要提供水分子的.pdb文件后续想使用spc三点水模型在.top文件中in ...

我很努力去理解你的描述，我的理解如下：

1、你用的什么力场，如果是opls力场，就需要把OW， HW那些改成opls里面的编号。

2、如果要将HHO改成OHH，使用Multiwfn非常容易就可以实现。

作者
Author: UPC-Ning 时间: 2021-8-24 22:40

牧生发表于 2021-8-24 21:23
我很努力去理解你的描述，我的理解如下：

1、你用的什么力场，如果是opls力场，就需要把OW， HW那些改 ...

使用的GROMOS96 54a7力场水分子的pdb结构文件从ATB上下载在packmol组建盒子后想使用spc三点水模型如何引用这样您理解了吗？

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2021-8-25 08:13

UPC-Ning 发表于 2021-8-24 21:13
想请教您一下使用packmol组建box时，必须要提供水分子的.pdb文件后续想使用spc三点水模型在.top文件中in ...

不需要管它，直接-maxwarn 1忽略，gmx会自动采用top中的原子名称。

作者
Author: 牧生 时间: 2021-8-25 09:08
(, 下载次数 Times of downloads: 19)
(, 下载次数 Times of downloads: 9)

使用ATB修改的力场，一定会有一个提醒，-maxwarn 1忽略即可

作者
Author: UPC-Ning 时间: 2021-8-25 09:08

Entropy.S.I 发表于 2021-8-25 08:13
不需要管它，直接-maxwarn 1忽略，gmx会自动采用top中的原子名称。

之前尝试过使用-maxwarn 1，确实可以但在后续跑能量最小化时未到设置步数就停止了，使用energy分析后发现Potential Energy虽然收敛了但数值为正且很大 Force也很大

作者
Author: 牧生 时间: 2021-8-25 09:11
能量最小化时未到设置步数就停止了

这个现象不一定就不对，主要看下一步的MD能跑得起来就OK

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2021-8-25 09:13

UPC-Ning 发表于 2021-8-25 09:08
之前尝试过使用-maxwarn 1，确实可以但在后续跑能量最小化时未到设置步数就停止了，使用energy分析后发 ...

这是非常常见且正常的情况，只要MD跑起来正常就行了。除非top里的原子名称顺序和结构文件对不上。

作者
Author: UPC-Ning 时间: 2021-8-25 09:44

牧生发表于 2021-8-25 09:11
能量最小化时未到设置步数就停止了

这个现象不一定就不对，主要看下一步的MD能跑得起来就OK

好的谢谢您

作者
Author: UPC-Ning 时间: 2021-8-25 09:45

Entropy.S.I 发表于 2021-8-25 09:13
这是非常常见且正常的情况，只要MD跑起来正常就行了。除非top里的原子名称顺序和结构文件对不上。

好的谢谢您

作者
Author: shady13 时间: 2023-5-30 11:09

牧生发表于 2021-8-24 21:23
我很努力去理解你的描述，我的理解如下：

1、你用的什么力场，如果是opls力场，就需要把OW， HW那些改 ...

您好，如果想用tip4-ice的水分子在gaff力场下模拟水冰转化，想生成top和tip文件但是sobtop无法识别虚拟原子DU，是应该把gaff力场手动添加到gromacs里在生成吗，谢谢啦

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