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标题: 如何利用g09的counterpoise=2计算溶质与溶剂的结合能？ [打印本页]

作者
Author: maipi 时间: 2021-8-17 11:37
标题: 如何利用g09的counterpoise=2计算溶质与溶剂的结合能？
本帖最后由 maipi 于 2021-8-17 11:36 编辑

最近看到一篇文献利用高斯进行（1：1）溶质与溶剂的结合能计算，文献计算结果如图1所示，pdf见附件。由于本人之前没有接触过Gaussian09，也没有量化基础，遂有几个问题请教下各位老师。1、我用的高斯版本为Gaussian09 A.01。溶剂为分别为水、甲醇、乙醇、正丙醇。溶质为盐酸二甲双胍。其静电势图如下图2，计算结合能我用的是# b97d/6-31g(d,p) Counterpoise=2。详见下图3。
2、关于优化流程：我是将溶质单独进行优化，然后优化好的log输出文件转成gjf文件，再利用gaussview添加溶剂分子另存为一个新的gjf进行优化，最后利用counterpoise=2进行结合能的计算。这样可以吗？如果不对请老师指出。
3、关于结合能计算的gjf使用是否正确？
3、文献中的site是根据静电势图进行选择的，那在GaussView里搭建这两个分子的时候，就是直接在已经优化好的溶质电负性为负的本分与溶剂电负性为正的部分画在一起？具体这两个分子是要靠的很近吗？

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作者
Author: snljty 时间: 2021-8-17 15:16
这个计算结合能的级别太低，完全不能接受。可以看看卢老师博文
《谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理》
http://sobereva.com/46
《在ORCA中做counterpoise校正并计算分子间结合能的例子》
http://sobereva.com/542
《谈谈量子化学中基组的选择》
http://sobereva.com/336
泛函选择的也很奇怪。
看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272

作者
Author: maipi 时间: 2021-8-17 15:25

snljty 发表于 2021-8-17 15:16
这个计算结合能的级别太低，完全不能接受。可以看看卢老师博文
《谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理》
ht ...

好的谢谢你。除了方法和基组的问题外，我这样的计算流程有什么问题吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-17 20:33
根据静电势判断溶剂分子放什么位置不是十分稳妥的做法。一方面这不考虑极化作用，另一方面这忽视了色散作用。特别是像甲苯、氯仿这种低极性分子，色散作用对结合方式影响巨大。最靠谱也是最佳的做法是用genmer+molclus做溶质+溶剂的二聚体构型搜索，仔细看
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
Molclus主页：http://www.keinsci.com/research/molclus.html

另外，如果你是要考察溶剂环境下的结合强度，而非真空下的结合强度，应当带溶剂模型，这对结合能影响甚巨。注意counterpoise计算时不能直接带着溶剂模型，此文说了
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46

尽量别用那么早期的G09版本，bug巨多

当前用的计算级别太烂，发文章没什么希望

作者
Author: maipi 时间: 2021-8-17 22:52

sobereva 发表于 2021-8-17 20:33
根据静电势判断溶剂分子放什么位置不是十分稳妥的做法。一方面这不考虑极化作用，另一方面这忽视了色散作用 ...

好的谢谢老师

作者
Author: 耳东宝99 时间: 2022-3-24 22:04

maipi 发表于 2021-8-17 22:52
好的谢谢老师

兄弟，你学会了吗？能否交流下

作者
Author: maipi 时间: 2022-4-18 22:15

耳东宝99 发表于 2022-3-24 22:04
兄弟，你学会了吗？能否交流下

还在摸索中

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