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标题: 求助：部分正常二面角参数不显示 [打印本页]

作者
Author: 1971806673 时间: 2021-8-17 21:13
标题: 求助：部分正常二面角参数不显示
老师，您好，我自己写的PVDF的rtp文件，定义了头基-中间部分-尾基的[atoms]、[bonds]、[angles]、[dihedrals]部分的参数，但是在定义过程中，[angles]并没有定义头基和中间部分连接处的键角信息，[dihedrals]也是这样，运行gmx pdb2gmx的时候，生成的top文件缺少键角和二面角的参数，缺少的参数正好是三部分连接处原子的参数，我将运行错误粘贴了，麻烦老师可以看一下，rtp应该做一个什么修改？谢谢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-17 23:51
rtp文件里需要指定和上一个以及下一个残基的原子的成键项
参考自带的氨基酸的rtp

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