计算化学公社

标题: 氧化石墨烯结构XYZ分享 [打印本页]

作者
Author: 函数与激情 时间: 2021-8-18 10:59
标题: 氧化石墨烯结构XYZ分享
最近做的一个课题涉及到氧化石墨烯建模，根据文献Structure of Graphite Oxide Revisited中（J. Phys. Chem. B 1998, 102, 4477-4482）的结构画了一个，然后用GFN2-XTB优化了，现将坐标分享一下，如有问题，概不负责

。

作者
Author: murphy 时间: 2022-4-20 15:42
好东西啊，你这篇文章发表了吗，我可以引用你的结构

作者
Author: 段家康 时间: 2022-5-3 15:06
这个本来就是这样子吗，还是我哪里搞错了。

作者
Author: wolfli369 时间: 2022-5-3 16:06
结构弯曲太厉害

作者
Author: gog 时间: 2022-5-4 08:40

wolfli369 发表于 2022-5-3 16:06
结构弯曲太厉害

弯曲才正常。除了理论模型，现实中不存在绝对平整的平面状石墨烯。氧化石墨烯，更得是弯曲起伏的海浪面结构

作者
Author: wolfli369 时间: 2022-5-5 07:44

gog 发表于 2022-5-4 08:40
弯曲才正常。除了理论模型，现实中不存在绝对平整的平面状石墨烯。氧化石墨烯，更得是弯曲起伏的海浪面结 ...

谢谢解答

作者
Author: 牧生 时间: 2023-4-4 16:14
如果我要用这个结构去做水溶液中的氧化石墨烯模拟，那么，我该用什么方法去计算RESP电荷呢？

这个结构有400多个原子，且有很多共轭的键。如果直接用懒人脚本，B97-3c去优化结构合适吗？如果提高计算级别，可能机子会有点带不动。

作者
Author: cherryp 时间: 2023-7-1 16:36
本帖最后由 cherryp 于 2023-7-1 16:40 编辑

博主您好，我是用vmd和namd做计算，然后需要的文件是pdb、和psf，我这个是一个石墨烯的pdb文件，您分享的这个pdb里面是不是不太一样，这个结构怎么去统一一下，还请指点一下，感谢，感谢！

作者
Author: zhujiabao 时间: 2024-11-6 08:54

牧生发表于 2023-4-4 16:14
如果我要用这个结构去做水溶液中的氧化石墨烯模拟，那么，我该用什么方法去计算RESP电荷呢？

这个结构有 ...

请教一下牧生，这个问题你是如何解决的呢，我现在也想用这个模型

作者
Author: 牧生 时间: 2024-11-6 09:21
本帖最后由牧生于 2024-11-6 13:38 编辑

zhujiabao 发表于 2024-11-6 08:54
请教一下牧生，这个问题你是如何解决的呢，我现在也想用这个模型

用过一些建立石墨烯的工具，发现这个最简单，最好用，但是竟然上一次更新都是12年前了

https://github.com/thatchristoph/vmd-cvs-github/tree/master/plugins/nanotube

试试这个吧，建立一个更小的模型，就当做小分子来计算。

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