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标题: 求助：关于分子动力学模拟RMSD的group选择 [打印本页]

作者
Author: 年年是陶大猫 时间: 2021-8-18 16:07
标题: 求助：关于分子动力学模拟RMSD的group选择
请问各位老师，对小分子和蛋白质进行分子动力学模拟，计算RMSD是group两次都选择一样的是什么含义呢？是该结构相对于初始结构的RMSD嘛？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-18 22:02
第一次让你选根据哪个组对轨迹进行叠合消除平动转动，第二次让你选（根据叠合后的轨迹）对哪个组计算RMSD。二者完全是独立的，根据实际需要选择

作者
Author: 年年是陶大猫 时间: 2021-8-19 11:19

sobereva 发表于 2021-8-18 22:02
第一次让你选根据哪个组对轨迹进行叠合消除平动转动，第二次让你选（根据叠合后的轨迹）对哪个组计算RMSD。 ...

sob老师，那描述蛋白质和小分子的稳定性，可以选两次backbone,再选两次ligand嘛？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-20 06:34

年年是陶大猫发表于 2021-8-19 11:19
sob老师，那描述蛋白质和小分子的稳定性，可以选两次backbone,再选两次ligand嘛？

如果你用骨架的波动程度衡量蛋白质的稳定性，两次选backbone可以
但小分子的稳定性没有统一的评判方式，你得说清楚你打算怎么来评判稳定性。选两次ligand只不过是衡量小分子在模拟过程中自身构象波动情况，不体现和蛋白质结合的稳定性

作者
Author: 年年是陶大猫 时间: 2021-8-20 10:26

sobereva 发表于 2021-8-20 06:34
如果你用骨架的波动程度衡量蛋白质的稳定性，两次选backbone可以
但小分子的稳定性没有统一的评判方式， ...

谢谢sob老师

作者
Author: a-Student 时间: 2023-8-25 11:38
本帖最后由 a-Student 于 2023-8-26 20:37 编辑

sobereva 发表于 2021-8-18 22:02
第一次让你选根据哪个组对轨迹进行叠合消除平动转动，第二次让你选（根据叠合后的轨迹）对哪个组计算RMSD。 ...

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