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标题: 离子配合物迁移速率求助 [打印本页]

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Author: sun666 时间: 2021-8-18 20:35
标题: 离子配合物迁移速率求助
比较离子配合物Ni(NH3)n(H2O)6-n 2+  (n=0-6）在水中的迁移速率。利用GROMACS的计算MSD，npt下模拟了5ns。去4-5ns轨迹进行MSD分析，但是得到的图不是单调增加的，结果如下图。
我对NH3中的N原子与Ni之间利用[intermolecular_interactions]增加了限制：
[intermolecular_interactions]
[bonds]
;ai    aj    10 low up1 up(nm) kdr
1    2       10 0.21400 0.21400 0.21400 100
1    6       10 0.21400 0.21400 0.21400 100
1    10    10 0.21400 0.21400 0.21400 100
1    14    10 0.21400 0.21400 0.21400 100

求助老师出现这种情况该如何解决呢，或者没有又其他软件或者方法计算Ni(NH3)n(H2O)6-n 2+  (n=0-6）的迁移速率

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-18 22:13
先看看轨迹，到底配合物结构维持好没有，并且也看看其运动行为
定量数据奇怪的情况必须图形化观察

作者
Author: sun666 时间: 2021-8-19 10:16

sobereva 发表于 2021-8-18 22:13
先看看轨迹，到底配合物结构维持好没有，并且也看看其运动行为
定量数据奇怪的情况必须图形化观察

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-20 06:44
大致看了一眼没明显问题

基于当前最后的状态，跑个长时间轨迹，比如10ns，对整个轨迹绘制MSD看看情况。如果中间区段相对平直就用中间的。靠后部分统计误差大不用在意也不用纳入拟合

作者
Author: sun666 时间: 2021-8-22 21:26

sobereva 发表于 2021-8-20 06:44
大致看了一眼没明显问题

基于当前最后的状态，跑个长时间轨迹，比如10ns，对整个轨迹绘制MSD看看情况。 ...

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