计算化学公社

标题: How can i go on and kill this fatal error? [打印本页]

作者
Author:
srwjp001    时间: 2021-8-19 14:16
标题: How can i go on and kill this fatal error?
Hello, thank you for open this SOS page.


I used

gmx grompp -f eq.mdp -c em.gro -p mix.top -o eq.tpr
to  practice water / ethanol system

BUT, gmx gave me back

Fatal error:
Group ethanol referenced in the .mdp file was not found in the index file.
Group names must match either [moleculetype] names or custom index group
names, in which case you must supply an index file to the '-n' option
of grompp.

Could you give me one hand?




作者
Author:
sobereva    时间: 2021-8-20 07:14
程序不认识ethanol这个group,不知道指什么
自己建立索引文件,在里面定义叫ethanol的组,grompp的时候-n指定这个索引文件
作者
Author:
srwjp001    时间: 2021-8-20 07:50
sobereva 发表于 2021-8-20 07:14
程序不认识ethanol这个group,不知道指什么
自己建立索引文件,在里面定义叫ethanol的组,grompp的时候-n ...

Thank you Sob, you are so kind.




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