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标题: 关于胶束的能量最小化的问题求解 [打印本页]

作者
Author: JefferSon 时间: 2021-8-19 15:35
标题: 关于胶束的能量最小化的问题求解
sob老师，各位大神好，
我最近在模拟AAMD级别的胶束
综下所述就是，我这个能量10^8这么大，合理吗，胶束体系，144400个原子，感谢~~

具体主要是通过packmol直接构建球形模型
因为先不做自组装 （ps. 我也做过自组装在dpd下和cgmd下都是形成同心球但不知为何amber力场下的aamd形成的不太对劲，更像是链的随意堆积，我就没有做下去了，这里如果有大神懂的话究极求解~~~）
在这里我做了一个跟sob老师不同的是，我没有留空腔或者填充水球，我的球半径直接从零开始，不知道是不是因为这个问题导致不合理接触太多，但是理想的胶束模型原本就是内核没有水的，然后还有一个就是sob老师的sds是用PM7优化的，我的聚合物太大，高斯忍不下，在跑一天还没产出后，我果断用双精度gromacs了，不知道这里又会不会是个问题，但我感觉应该还好。
然后这样200条聚合物建出来的胶束，是胶束的形状，但是vmd显示有一点我一直觉得很奇怪，如下图所示，4键的不应该只有C吗，为什么会有这么多白点，这里可能是我蠢了，也感谢大家的答疑，谢谢~~
然后能量又很大，我再搞一波双精度，这里就出问题了，我只能在半牛顿法下优化到10^8，而进一步cg之则会狂飙，然后取最小值，我没有进行后一步的计算，但我之前算过即使在高能量下，也可以填充好水盒子(我预实验是25条聚合物，总共40w原子加起来)跑完em，eq(升温)，an(退火)，nvt1(粗稳定)，npt(预平衡)，nvt2(产出)，但就是我总感觉不对，感觉胶束好像被冻住一样，一动不动，哪怕跑完100ns，感谢~~

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-20 07:29
“为什么会有这么多白点”这个问题按0键进入查询模式看看白点对应的是什么原子便知

“半牛顿法”叫准牛顿法

没必要在em上纠结，只要动力学能正常跑得起来就行

胶束怎么会冻住没有细节没法说。可能参数问题（如控温），也可能力场问题

怀疑不合理接触太多就先构造个相对松散的模型再试

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