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标题: gmx energy里的读取的enthalpy项它所选取的标准状态是什么？ [打印本页]

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Author: fwan1006 时间: 2021-8-19 16:27
标题: gmx energy里的读取的enthalpy项它所选取的标准状态是什么？
如题，我用gmx energy读取一个体系的enthalpy值，读取出来的结果是103.359 kJ/mol，温度是240K；
然后我在NIST数据库里查的对应体系对应温度的焓值为-42.091 kJ/mol，数据库里说这个数据是取该物质的标准沸点温度398.77K下焓值为0的标准状态来得到的；
那么gmx energy读取的enthalpy值是以什么标准状态来算的呢？或者说这两个值我要怎么给它们对应到一起呢？
找过manual没有找到相关的标准状态的描述，烦请各位有了解的或者有什么参考文献我可以借阅的提醒一下！谢谢各位老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-20 07:17
你也以相同方法计算398.77K下焓值，然后和当前情况求差就完了

内能等于体系总能量（动能+势能）的时间平均，加上pV就是焓。势能的零点就是力场定义的零点

作者
Author: fwan1006 时间: 2021-8-20 13:53
本帖最后由 fwan1006 于 2021-8-20 14:03 编辑

sobereva 发表于 2021-8-20 07:17
你也以相同方法计算398.77K下焓值，然后和当前情况求差就完了

内能等于体系总能量（动能+势能）的时间平 ...

谢谢SOB老师！
但是这样做存在的问题是：由于数据库里给的标准状态是在沸点的温度下，但是gromacs模拟沸点又不准，很可能我在沸点温度下进行模拟，整个体系就汽化了，还是很难解决这个问题。
我有个想法是：取一系列gromacs模拟的等间隔温度点下的焓值作图再外推，这样焓值为0时候的温度就是它的标准状态的温度，想问下老师我这个想法行吗？
此外还有关于这句：内能+pV就是焓，老师您的意思是gmx energy里选取这三项应该有Total Energy + pV = Enthalpy 的这个关系吗？但是我选了一个轨迹读出来是这样的：
(, 下载次数 Times of downloads: 13)
体系是3000个分子，是我对这句话的理解有问题吗？

再次感谢老师!

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-21 13:16

fwan1006 发表于 2021-8-20 13:53
谢谢SOB老师！
但是这样做存在的问题是：由于数据库里给的标准状态是在沸点的温度下，但是gromacs模拟沸 ...

用诸如OPC水模型，沸点可以算得挺准
你也可以不用控压，直接在沸点密度对应的盒子尺寸下计算焓

注意-nmol选项

(, 下载次数 Times of downloads: 18)

作者
Author: fwan1006 时间: 2021-8-23 17:31

sobereva 发表于 2021-8-21 13:16
用诸如OPC水模型，沸点可以算得挺准
你也可以不用控压，直接在沸点密度对应的盒子尺寸下计算焓

谢谢SOB老师！
去掉-nmol选项之后，Total Energy + pV = Enthalpy的关系式确实可以直观的看到了。关于老师的建议：
一是用OPC水模型算沸点；我是计算纯物质的沸点如正辛烷的沸点，之前有模拟过，温度设定还没到实际沸点的时候分子就汽化了。
二是不控压；老师您的意思是指用NVT模拟在沸点温度和沸点密度对应的盒子尺寸下模拟吗？
再次感谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-24 06:25

fwan1006 发表于 2021-8-23 17:31
谢谢SOB老师！
去掉-nmol选项之后，Total Energy + pV = Enthalpy的关系式确实可以直观的看到了。关于老 ...

是

作者
Author: fwan1006 时间: 2021-8-24 15:37

sobereva 发表于 2021-8-24 06:25
是

老师，我按您的方式去做了NVT模拟，但是NVT模拟的结果用gmx energy去读没有Enthalpy这一项啊，想用Total Energy + pV来算发现也没有pV这一项。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-25 09:12

fwan1006 发表于 2021-8-24 15:37
老师，我按您的方式去做了NVT模拟，但是NVT模拟的结果用gmx energy去读没有Enthalpy这一项啊，想用Total ...

读压力，自己乘上V

作者
Author: fwan1006 时间: 2021-8-26 16:40

sobereva 发表于 2021-8-25 09:12
读压力，自己乘上V

老师，我想着按您的方法去做，但是我想先在NPT模拟的结果中验证一下这个pV的值是怎么来的。
这是一次NPT模拟（240K,1bar，3000个辛烷分子）结果的图：
(, 下载次数 Times of downloads: 6)
这个图里，Enthalpy = Total Energy + pV没有问题，但是这个pV的值我怎么算也和这个Pressure * Volume对不上。
一个是符号的问题，这个Pressure读取的值是负值，查了一些资料是说这个体系在这次模拟过程中盒子膨胀了的意思，但是不知道怎么应用到计算里；
第二个是直接用这个数值去计算，-0.24949bar * 763.662nm3 = -0.24949e5 Pa * 763.662e-27 m3 = -190.526e-22 J = -190.526e-25 kJ
再转成kJ/mol， -190.526e-25 / 3000 * 6.02e23 = -0.3823e-2 kJ/mol

不知道这么转换对不对，然后如果对的话和这个pV值对不上，或者程序里pV的计算值不是这么得到的，想再请老师帮忙解答一下，万分感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-27 06:40

fwan1006 发表于 2021-8-26 16:40
老师，我想着按您的方法去做，但是我想先在NPT模拟的结果中验证一下这个pV的值是怎么来的。
这是一次NPT ...

不要拿average直接相乘，而是要把每一帧的压力和体积相乘，最后再取时间平均。自己用excel就可以实现

作者
Author: fwan1006 时间: 2021-8-30 12:33

sobereva 发表于 2021-8-27 06:40
不要拿average直接相乘，而是要把每一帧的压力和体积相乘，最后再取时间平均。自己用excel就可以实现

感谢老师。但是对于NVT模拟来说，体积V是固定下来的，那对pressure每一帧取时间平均和直接用平均来乘是一样的；
第二个是我在NPT模拟里也试了一下对pressure和volume逐帧相乘再平均，给出的值是-967.9597 bar*nm3，按上一个回答里的方式转换过来是-0.01942 kJ/mol；但是gmx energy直接读的pV值是45.9888 kJ/mol，还是对应不上，不知道是哪里有问题，想请老师再帮忙解答一下。

作者
Author: aklize 时间: 2025-9-18 15:11

fwan1006 发表于 2021-8-30 12:33
感谢老师。但是对于NVT模拟来说，体积V是固定下来的，那对pressure每一帧取时间平均和直接用平均来乘是一 ...

我现在也在计算一个小分子混合体系的内能，但是这个混合体系在NPT下的内能波动很大，在NVT下算出的内能却很平稳，但是我从NVT下的der文件中提取出来的压力却和学长你这种情况一样，都是负值，想请教一下学长有什么头绪吗

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