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标题: metad收敛问题求助 [打印本页]

作者
Author: sun666 时间: 2021-8-19 21:12
标题: metad收敛问题求助
请教各位前辈，我常数自己做了一个metad一个金属配合物在水中的运动，CV设为金属的z坐标。运行失败显示格外访问后加了上下墙。plumed.dat文件：

MOLINFO STRUCTURE=npt.pdb
#position of Ni
p: POSITION ATOM=1 NOPBC
# this is the metadynamics
uwall: UPPER_WALLS ARG=p.z AT=3.8 KAPPA=500 EPS=0.1
lwall: LOWER_WALLS ARG=p.z AT=1.2 KAPPA=500 EPS=0.1
metad: METAD ...
  ARG=p.z
  SIGMA=3.5
  HEIGHT=0.8
  PACE=500
  TEMP=298.15
  BIASFACTOR=10
  FILE=HILLS
# very permissive boundaries to avoid unexpected stops:
  GRID_MIN=1 GRID_MAX=4
...
PRINT ARG=p.z,metad.bias  FILE=COLVAR STRIDE=10

问题如下：

一：生成的COLVAR文件显示CV并没有像官网教程一样几乎同一时间访问了CV的整个空间。我的CV随时间变化如图1，不知道是否正确还是哪里有问题。
二：使用plumed sum_hills 生成的自由能图如图2，显示在水盒中心自由能最低，这是为什么，pbc边界条件不应该在哪个位置自由能都应该相同吗。
三：我在1.2与3.8位置设置了墙，而1.2与3.8处并没有出现自由能骤升的现象是为什么呢。
四：通过plumed sum_hills生成的自由能如何把“墙“考虑在内，也就是说如何显示真实的自由能图像

请前辈指点！

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2021-8-20 02:25
我没有检验收敛的经验，但有一个问题，我觉得你没有说清。在时间为700左右的时候，你关心的collective variable发生了突变，你有没有可视化相应时间段内的轨线，看看到底发生了什么？

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