计算化学公社

标题: 过渡态搜索失败，求指导 [打印本页]

作者
Author: 计算小白请关照 时间: 2021-8-20 15:01
标题: 过渡态搜索失败，求指导
(, 下载次数 Times of downloads: 37) (, 下载次数 Times of downloads: 40)

cut-off :500, k-POINTS: 8*8*8, RMS: 0.01

outmol:QST cycle limit reached
QST cycle:                                     5
Maximum number of QST cycles:                   5
Transition state search failed
Please check the endpoints
Cumulative number of energy/gradient calls: 129
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
Energy of reactant:                -34387.06785 eV
Energy of product:                -34385.81062 eV
Energy of intermediate:          -34385.69447 eV
Location of intermediate:             0.85705
Barrier from reactant:                1.37337 eV
Barrier from product:                   0.11615 eV
Energy of reaction:                   1.25722 eV

求大佬们指导？接下来应该怎样去做？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-8-20 21:11
只给这些图看不出来，你应该描述一下你算的是什么反应，反应物、产物分别是什么，预期大体的反应途径是什么样的。单给一个结构，没有任何信息量

作者
Author: 计算小白请关照 时间: 2021-8-20 23:23

wzkchem5 发表于 2021-8-20 21:11
只给这些图看不出来，你应该描述一下你算的是什么反应，反应物、产物分别是什么，预期大体的反应途径是什么 ...

反应是这样子的，就是V原子（灰色的）从初始反应物的位置跳跃到生成物对应的空位上，只有这一条直接的扩散路径，计算整个跳跃过程的能量壁垒。
(, 下载次数 Times of downloads: 35) 反应物 (, 下载次数 Times of downloads: 44) 生成物。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-8-21 02:08

计算小白请关照发表于 2021-8-20 16:23
反应是这样子的，就是V原子（灰色的）从初始反应物的位置跳跃到生成物对应的空位上，只有这一条直接的扩 ...

检查一下反应过程中波函数有没有突变，比如自旋布居数突然变化。对于成键类型比较复杂的第一过渡周期元素，常常有不止一个稳定的波函数，如果几何优化中途在两个稳定波函数之间跳跃，就有可能导致不收敛。
这个不是导致不收敛的概率最大的原因，但是是最容易忽略的原因。检查了波函数没问题以后，可以尝试以现在这个没有完全收敛的TS为初始结构，直接做过渡态精修试试

作者
Author: 计算小白请关照 时间: 2021-8-21 21:36

wzkchem5 发表于 2021-8-21 02:08
检查一下反应过程中波函数有没有突变，比如自旋布居数突然变化。对于成键类型比较复杂的第一过渡周期元素 ...

在Outmol文件中如何看波函数变化？ (, 下载次数 Times of downloads: 2) 。您说的进行TS精修就是这里的TS confirmation吗？

作者
Author: 计算小白请关照 时间: 2021-8-21 23:30

wzkchem5 发表于 2021-8-21 02:08
检查一下反应过程中波函数有没有突变，比如自旋布居数突然变化。对于成键类型比较复杂的第一过渡周期元素 ...

(, 下载次数 Times of downloads: 28) (, 下载次数 Times of downloads: 38) (, 下载次数 Times of downloads: 36) (, 下载次数 Times of downloads: 35)
这是大致的计算参数设置

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-8-22 02:53

计算小白请关照发表于 2021-8-21 16:30
这是大致的计算参数设置

我觉得可以先试试把Max. number of QST steps改大

作者
Author: 计算小白请关照 时间: 2021-8-22 13:40

wzkchem5 发表于 2021-8-22 02:53
我觉得可以先试试把Max. number of QST steps改大

谢谢，我先试试

作者
Author: 计算小白请关照 时间: 2021-10-10 14:28
(, 下载次数 Times of downloads: 37) 1. 这个是在QST step调到15之后，还未收敛。 (, 下载次数 Times of downloads: 39) 在1.中未收敛的末态与初始又链接做了一次过渡态搜索，结果也是未收敛。 (, 下载次数 Times of downloads: 48) 此外，我对1中末态与原始product也进行了一次过渡态搜索，结果仍未收敛。现在不知道该怎样去做，有个前辈建议我调整RMS的值从0.01调到0.05或者0.25试下，或者对不扩散的原子进行弛豫冻结。但是之前我第一次试过弛豫冻结，对未掺杂的基体找到的过渡态的值与文献中CINEB值差别较大，反而未弛豫冻结的情况下扩散壁垒的值比较接近。在这里想请教下大家:有什么更深层的建议？谢谢

作者
Author: 计算小白请关照 时间: 2021-10-10 14:28

wzkchem5 发表于 2021-8-22 02:53
我觉得可以先试试把Max. number of QST steps改大

还请前辈们在指导一二，谢谢

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-10-10 15:58
本帖最后由 wzkchem5 于 2021-10-10 09:00 编辑

计算小白请关照发表于 2021-10-10 07:28
还请前辈们在指导一二，谢谢

从图看，搞不好这个反应的过渡态本来就不存在。你的反应物和产物都优化过且算过频率吗？确定没有虚频吗？

作者
Author: 计算小白请关照 时间: 2021-10-10 21:47

wzkchem5 发表于 2021-10-10 15:58
从图看，搞不好这个反应的过渡态本来就不存在。你的反应物和产物都优化过且算过频率吗？确定没有虚频吗？

反应物和产物都优化过，但是没有计算频率。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-10-10 23:42

计算小白请关照发表于 2021-10-10 14:47
反应物和产物都优化过，但是没有计算频率。

建议算一下频率看看有没有虚频。原则上两个没有虚频的结构之间的单分子反应必然是有势垒的（只不过不一定只经过一个势垒），但是如果其中一个结构有虚频，那就有可能是无垒过程，这种情况下你就永远也找不到过渡态

作者
Author: 计算小白请关照 时间: 2021-10-11 09:42

wzkchem5 发表于 2021-10-10 23:42
建议算一下频率看看有没有虚频。原则上两个没有虚频的结构之间的单分子反应必然是有势垒的（只不过不一定 ...

我明白你的意思了，如果初始和末态原本就不是基态，可能在这两者之间就没有过渡态了。，如果尝试降低RMS的值，让扫描步长快点，会不会就有可能找到过渡态，之前会不会有可能是扫描速度太慢，在局部最小值之间一直震荡？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-10-11 15:12

计算小白请关照发表于 2021-10-11 02:42
我明白你的意思了，如果初始和末态原本就不是基态，可能在这两者之间就没有过渡态了。，如果尝试降低RMS ...

不是基态不基态的问题，而是是不是局部极小值点的问题。初态和末态必须都是局部极小值点，结果才是有意义的。所以必须做频率计算，没有任何替代方法（如果不做频率计算确定没有虚频，文章根本不可能发表，早晚也要做）。你说的步长问题根本就没在点子上

作者
Author: 计算小白请关照 时间: 2021-10-11 16:14

wzkchem5 发表于 2021-10-11 15:12
不是基态不基态的问题，而是是不是局部极小值点的问题。初态和末态必须都是局部极小值点，结果才是有意义 ...

好的，谢谢前辈耐心指导

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