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标题: When I calculate viscosity, I got a error Atomtype c3 not found [打印本页]

作者
Author: srwjp001 时间: 2021-8-20 15:28
标题: When I calculate viscosity, I got a error Atomtype c3 not found
本帖最后由 srwjp001 于 2021-8-21 11:59 编辑

this is a enthanol water system

The error is

Atomtype c3 not found

The commend is

gmx grompp -f vis.mdp -c ../eq.gro -t ../eq.cpt -p ../mix.top -o vis.tpr

the .itf which is the upload one includes ethanol Atomtyp.

could you give a hand to deal with my case?

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-21 14:07
确保你改的是amber99sb-ildn.ff下面的ffnonbonded.itp、里面有c3的定义

全都拼错了，以后发帖时候认真些
enthanol
commend
.itf
Atomtyp

作者
Author: srwjp001 时间: 2021-8-22 08:43
thank you for your comment, Sob Sir

作者
Author: jim 时间: 2023-8-12 21:01

sobereva 发表于 2021-8-21 14:07
确保你改的是amber99sb-ildn.ff下面的ffnonbonded.itp、里面有c3的定义

全都拼错了，以后发帖时候认真些 ...

gromacs-2022.5/share/top/amber99sb-ildn.ff/里面好像没C3定义，请问是gromacs-2022.5版本原因吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-12 23:31

jim 发表于 2023-8-12 21:01
gromacs-2022.5/share/top/amber99sb-ildn.ff/里面好像没C3定义，请问是gromacs-2022.5版本原因吗？

AMBER力场本来就没有C3原子类型
GAFF里才有c3，而且是小写的

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