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标题: orca B97-3c优化300原子高分子SCF error termination报错 [打印本页]

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Author: liangsirskku 时间: 2021-8-21 00:30
标题: orca B97-3c优化300原子高分子SCF error termination报错
本人试图用ORCA优化一个共轭高分子Poly(quinoxaline-2,3-diyl)。方法B97-3c。（最终目标是算通过计算不同聚合度下的HOMO-LUMO band，外推到聚合度100）。第一次尝试了聚合度为5，正常。再尝试聚合度为8，正常。聚合度10 （300原子，应该是算不小的体系了），错误：
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run。

检查了.out文件，
job aborted:
[ranks] message

[0] terminated

[1-3] process exited without calling finalize

[4] terminated

[5] process exited without calling finalize

[6-7] terminated

[8-9] process exited without calling finalize

---- error analysis -----

[1-3,5,8-9] on DESKTOP-N2EIUME
E:\ORCA\orca_scf_mpi.exe ended prematurely and may have crashed. exit code 0xc0000094

---- error analysis -----

ORCA finished by error termination in SCF
Calling Command: mpiexec -np 10  E:\ORCA\orca_scf_mpi.exe p10.gbw b p10
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run

搜索相关关键词也没有发现问题解决方法。
不知有熟悉的大佬能否指点一二。
万分感谢。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-8-21 02:18
内存不足。这个体系太大了，如果一定要跑，可以加大maxcore，如果你的机子没那么大内存，可以降低并行核数，这样就可以把maxcore加得更大。
但是聚合物的HOMO-LUMO gap基本上用200个原子以内外推就可以得到非常好的线性。你可以把1~8都算一遍，如果1~8的线性非常好，那就用这些外推就行了。再者，实验不管用什么方法测出的带隙，和计算的能级差都只是近似对应关系，计算的HOMO-LUMO gap并不严格对应任何实验可观测量（见http://sobereva.com/543），所以本来这个外推也不需要做得很准，因为外推误差一般远小于HOMO-LUMO gap与实验带隙的差别。

作者
Author: liangsirskku 时间: 2021-8-21 13:19

wzkchem5 发表于 2021-8-21 02:18
内存不足。这个体系太大了，如果一定要跑，可以加大maxcore，如果你的机子没那么大内存，可以降低并行核数 ...

好的，谢谢你的分析。其实我已经在WSL下用Gaussian16算了，并无任何异常。关于ORCA，一内存不够：我纳闷的是ORCA并没有out of memory之类的报错。而且我一直注意着内存占用情况，从开始运行到报错停止，RAM占用均未超过20G。我抱着检验的目的，按wzkchem5所指示的，将核数调整为5，RAM给到10000.在运行后不到一分钟仍然报错。检查了out文件，报错内容没有改变。二：我也怀疑过初始结构可能有问题，比如某些原子靠得太近。但是聚合度为5，8的情况均无异常。增加到10便不行，增加两个单体片段影响这么大吗?

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-21 13:59
可以找个linux机子试试

作者
Author: paramecium86 时间: 2021-8-21 14:10
我试了试在虚拟机上跑了跑和楼主一模一样的输入文件，是可以正常计算的。最大的内存大概占用到26GB左右。没有报错。

作者
Author: liangsirskku 时间: 2021-8-22 03:09
本帖最后由 liangsirskku 于 2021-8-22 03:25 编辑

sobereva 发表于 2021-8-21 13:59
可以找个linux机子试试

折腾了下午

，在WSL上装好了orca。验证性的运行同样的inp文件，运行正常

。windows orca奇怪崩溃，WSL上正常，请问社长这可能是什么原因呢？另外，在WSL上安装orca-5.0.1按照社长的教程并无问题
主要是openmpi-4.1.1安装容易出问题：Ubuntu20.4上用sudo apt install automake1.15而实际上安装的是automake1.15.1.这将导致无法正常安装openmpi.
如在官网上下载了automake-1.15,模仿http://bbs.keinsci.com/thread-16293-1-1.html文中的方法解压，安装也会出现一些奇怪的问题。
而使用 wget http://ftp.gnu.or。。。。再安装便无异常。（https://blog.51cto.com/u_12877374/2866838）
另外，安好了automake应关闭Ubuntu，再进入，再安装openmpi，否者也会出现奇怪报错。

作者
Author: liangsirskku 时间: 2021-8-22 03:14

paramecium86 发表于 2021-8-21 14:10
我试了试在虚拟机上跑了跑和楼主一模一样的输入文件，是可以正常计算的。最大的内存大概占用到26GB左右。 ...

我在WSL上跑了，正常（%maxcore 3000 %pal nprocs 10）。内存占用30G. 纳闷为何Windows不行。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-22 03:17

liangsirskku 发表于 2021-8-22 03:09
折腾了下午，在WSL上装好了orca。验证性的运行同样的inp文件，运行正常。windows orca奇怪崩溃，WS ...

正常情况下，那样大小的体系做普通泛函的计算吃不了多少内存，所以只能认为是windows版自身的问题
可能和当前你的运行环境有关系，没细节不好说。也可能开发者在windows下基于MSMPI的测试不如linux下基于OpenMPI的测试充分，有些内存分配问题没发现。一般来说大型计算很少用windows版来做。

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