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标题: Materials studio动力学模拟后，导出的轨迹能否被gromacs后处理 [打印本页]

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Author: a9471163 时间: 2021-8-21 12:33
标题: Materials studio动力学模拟后，导出的轨迹能否被gromacs后处理
本帖最后由 a9471163 于 2021-8-21 12:46 编辑

各位老师，最近学了用compass力场做动力学模拟，请问：
做完模拟后，MS轨迹转xyz格式的方法是有的，可是MS轨迹能否转成tjj，xtc或者pdb呢，以便被gromacs处理
想被gromacs处理，是不是还需要准备一个tpr文件，这个怎么得到呢

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Author: snljty 时间: 2021-8-21 13:00
用http://sobereva.com/143把xtd转成xyz，然后用vmd能转成trr。

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Author: a9471163 时间: 2021-8-21 13:11

snljty 发表于 2021-8-21 13:00
用http://sobereva.com/143把xtd转成xyz，然后用vmd能转成trr。

嗯嗯，谢谢大佬，可缺少tpr的话，用gromacs后处理轨迹，计算氢键、RDF、簇分析，伞形采样做自由能等，都实现不了吧

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Author: sobereva 时间: 2021-8-21 13:55

a9471163 发表于 2021-8-21 13:11
嗯嗯，谢谢大佬，可缺少tpr的话，用gromacs后处理轨迹，计算氢键、RDF、簇分析，伞形采样做自由能等，都 ...

看具体什么分析，做不同分析需要的信息不一样。诸如如果只需要提供轨迹，或者只需要提供轨迹和一个pdb/gro文件，那就可以
对于涉及能量的分析肯定没法做

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Author: a9471163 时间: 2021-8-21 14:21

sobereva 发表于 2021-8-21 13:55
看具体什么分析，做不同分析需要的信息不一样。诸如如果只需要提供轨迹，或者只需要提供轨迹和一个pdb/gr ...

明白了，谢谢老师，看来gromacs是能做部分后处理分析

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